钱谦益命令把看押的士兵摘下吴昌时的凌云巾拿了过来，摸到顶部有一小片软绵绵微凸不平的东西，用小刀割开，像是一片风干的肉皮，众人一查看，才确定是刺客石田介耳朵上残缺的一部分。郑三俊指认刺客时，就是以石田介耳朵少了一片作为一个特征的。
钱谦益稍微一想就明白了是怎么回事，这耳朵残片应该是一直被石田介贴身收藏，多半是他在日本时被一个有关系的女子咬下来的，也许那个女子死了，他为了纪念这个女子，就把这片耳朵风干，贴身藏在挂饰里，算是一种日本人的怪癖。
到南京时，吴昌时招待石田介的女子，发现了这片耳朵，就乘着石田介不注意偷走或者掉包了。吴昌时事后又见了这个女子并且留宿，这个女子乘吴昌时睡熟后，偷偷把这片耳朵缝进了吴昌时的凌云巾里，吴昌时根本不知道，还顶着这个凌云巾到直走动。这个女子这样做可能是想抓一个吴昌时的把柄在手里，当然最有可能是被陈洪范收买指使这么干的。
陈洪范受了吴昌时委托，帮助刺客出城，也怕万一刺客出城失败被抓，孙承荫把他供出来，他指认是吴昌时委托他的，吴昌时坚决否认，就事先留了一个后手。钱谦益明白了崇祯为什么一定要收拾陈洪范的原因，这家伙果然是极其狡猾奸诈，和吴昌时堪称腹黑一对。
两个人都做好了如果事情败露就把黑锅推给对方，把自己洗得干干净净的准备，只不过从结果看来，还是陈洪范计高一筹，吴昌时太小看陈洪范了，在毫无知觉的情况下被陈洪范算计，首先用证据锁死了吴昌时。
钱谦益拿着这个证据质问吴昌时，吴昌时终于张口结舌，说不出话来。其他人看到这样的情形，也都明白吴昌时确实在撒谎，确实策划了行刺案件，即便没有供词，也足以定案了。郑三俊怒斥吴昌时卑劣，欺骗了他。
钱谦益让其他几个平时和吴昌时交往密切的生员离开了，唯独把崇祯交代要收拾的左光先留了下来。左光先在没有确凿证据前非常卖力地帮吴昌时站队，在钱谦益说阮大铖不是主使，他已经抓到了刺客时，指责钱谦益如果随便找个人来冒充刺客被揭穿，那就声名扫地，成为士林不齿的败类，只怕比阮大铖还不如了，语气充满威胁。
接着更教训钱谦益说如果现在迷途知返，他们念在钱谦益过去和东林的情分上，还可以讲一讲恕道。正邪分明，绝不断混淆。钱谦益要是一念之间，踏错半步，就是人妖殊途。阮大铖当年也曾是东林中人，让钱谦益引以为鉴。
左光先的年龄只比钱谦益大两岁，只是一个举人，论资质、功名都比钱谦益差得远，却摆出这么一副长辈教训后辈的口气，老气横秋地对钱谦益说话，不仅因为是左光斗的弟弟，向来以东林烈属自居，而且也是自视很高，骄狂刚愎的性格。钱谦益当时表面上没什么，心里已经非常恼火，觉得崇祯要找机会收拾他非常正确。
之后郑三俊指认刺客之前，左光先又先后两次暗示，第一次说钱谦益已经和阉党勾结，要是让他得逞，又是一场对东林的灾难，天启年间东林被残害的大祸又会重演。暗示郑三俊如果指认石田介为刺客，会造成对东林极为不利的严重后果。在正式指认之前又暗示郑三俊要看仔细一些，天下难免有形貌相似的人，郑三俊当时又是远观，不要错认了云云，却起了反作用，郑三俊也对一个举人反复暗示教他做事的骄狂态度相当不满，瞪了他一眼，当场指认出了刺客。
钱谦益就以左光先这两条为把柄，说他先是要他迷途之返，否则下场比阮大铖还不如之类，是要挟朝廷命官徇私枉法。郑三俊指认刺客之前说的两段时更是明摆着要郑三俊作伪证。凭这两条，让南直隶提学革除了左光先的举人功名，打了他五十大板，算是完成了崇祯交代的任务。
吴昌时已经定罪的谋划行刺案当然也足够革除功名，继续审问下去，就全部供认了出来。张溥、陈子龙被调去了北京，张采中了进士去外地当县令了以后，原定的复社成立大会声势大降，有些群龙无首。吴昌时野心勃勃，想着做几件事才能众望所归成为复社领袖。
战时新政传到江南，吴昌时就决定在南京制造些大案。给来南京督促新政的官员下马威，煽动士子和市民抄阉党余孽的家宅，让有赞同新政意向的士绅心生畏惧，给也朝廷压力，担心江南陷入动乱，不敢过于强硬。
正好听说阮大铖曾经说过玄武湖黄册烧了反而是好事的言论，就决定先从火烧玄武湖黄册开始，派亲信收买了两个阮大铖的门客，成天请玄武湖上的库吏喝酒赌博，到了指定的日子，给这两个门客一笔钱，隐姓埋名逃往外地，再派人先烧了一间存放黄册的库房。
他的亲信又自作主张，以为烧一间库房不够轰动，效果不够强，就收买了一批水性好的家伙，乘夜晚开船进了岛中，在所有库房上都布下了引火材料，到白天同时点燃，乘着大火起来，人们都陷入慌乱时，把船凿沉，人都跳进水中游回岸边。事后查起来，只要发现阮大铖的门客与众库吏来往结交的情形，就容易把怀疑的矛头指向阮大铖。
策划了玄武湖给火案以后，吴昌时又决定策划一件刺杀案，来个火上浇油，再次点爆士子和市民的情绪。想到松江府巨商陈宗裕有一个致命的把柄抓在他手里，就威逼陈宗裕雇佣一个日本刺客来南京行刺郑三俊，之后只要陈宗裕死掉，刺客逃回日本，那案子就永远破不了，又可以尽情栽赃给阉党余孽了。
这两件案子虽然称不上天衣无缝，但是比当年儿戏般的梃击案策划地强得多了，梃击案都达到了预期的效果，自己策划的这两件案子效果肯定会更好。没想到钱谦益不留在南京查案，直接去了外地，先是昆山县，后是松江府，直接把一起策划刺杀案的彭雯李宾和刺客石田介给抓住了。而且他用财色收买笼络的陈洪范比他更加奸猾，事先留下了证据随时准备反咬，一看情形不对就直接把他卖了，这才一败涂地。
钱谦益又问昆山前阁老顾秉谦家里被乡民劫掠烧毁，是不是他指使做的。这事比起那两件大案小多了，吴昌时当下就承认是他策划联络的。原本在松江府，利用陈宗裕的自杀，也要鼓动百姓市民去劫掠一些支持新政的大户人家，不过松江知府方岳贡在当地很有声望，进展并不顺利。
最后判了吴昌时斩立决，刺客石田介和刺杀案同谋彭雯、李宾秋后处斩（死缓），吴佑贤和尼姑庵主老尼姑和杖责五十，吴瑛提供了重要线索，也算破案有功，轻判杖责三十，在陈家抄家以后银产剩余三万两中拨出三百两给吴瑛作为生活经费，让她自己选择居住地点和今后生活出路。
只有陈洪范不太好办，他是崇祯点名要收拾的人，也确实极其狡诈。不过按他自己的说法，之所以先前和吴昌时勾结，也是出于忠心，探明吴昌时的奸谋，不仅无罪，反而有功。锁死吴昌时的最关键证据也是他提供的，反而应该表彰。按崇祯的意图惩治他实在说不过去，当然如果查他贪污舞弊的事情，肯定能查出一大堆来。可是这样一来，以后再出现类似案情，案犯就全都攻守同盟，齐心协力顽抗到底了。
钱谦益最后决定还是把这个皮球再踢回给崇祯，称赞了陈洪范破案的大功，他会向崇祯报功，让崇祯重重提拔他，等他回北京述职时，带上他一起去。
陈洪范试探问钱谦益崇祯会怎么提拔他，钱谦益忽悠说按他在吴昌时一案中的智谋表现，或者会让他负责锦衣卫校事营，当校事营指挥佥事，负责大明的情报侦察工作。也可能让他做锦衣卫北镇抚或者南镇抚司指挥使。
听完了阎应元和钱谦益说完了这阵子南京的事情，感觉既离奇，又符合这些人物历史上的表现。吴昌时确实野心勃勃，胆大妄为，比张溥还有过之而无不及，《明季北略》记载历史上他为了争夺复社领袖的地位，居然下毒毒死了张溥。
不过吴昌时再胡来毕竟也有个边，比如他策划烧玄武湖黄册案，本来的计划只是烧掉一间库房及其中的档案，也一样能达到他预期的嫁祸阉党余孽阮大铖的效果。可是他的亲信在执行过程中自作主张，直接联络人把整个玄武湖所有房间和档案统统烧掉，那就不是烧掉一些房间和档案的事情了，连工作人员都在大火中死伤几十人，吴昌时最初的谋划还不至于疯狂到这种地步。
至于陈洪范，一开始大概就是看中了吴昌时在士林的威望，和他勾结不仅会有财色进帐，还能借助他的人脉在官场晋升。一看情形不对就彻底出卖了他，也符合在历史上弘光时期出使北方时彻底出卖使团，改换门庭投靠满清的行为模式，加上极为狡诈地预先留下证据算计了吴昌时一把，也符合他的性格特点。回到北京以后，想必崇祯会另想办法收拾他的。
让沈飞比较意外的是，钱谦益和汪汝淳在处理松江府的事情时，能想到向富人多收的税不只是用于战时抵御外侵，也可以有一部分救济下层贫民，这是悟出了北欧所谓“民主社会主义”高税收高福利，利用累进税收调节分配的模式，古人的水平也不能低估，最好不是偶然一两次利于宣传的行动，能正式推广形成国策。那即使战时状态结束以后，也能继续保持了。
钱谦益和阎应元计划趁着东林被吴昌时牵连名声大坏的突破口，把战时新政迅速在南方推进落实下去，沈飞也乐得继续旁观，在南京多留一段时间看看效果。
过了几天，先是阮大铖被抓回了南京，他在桐城和怀宁交界处躲藏了一阵，终究被人告发抓获归案押解回了南京。刚一到南京，钱谦益已经把几件大案子审结，罪魁祸首是吴昌时，和阮大铖无关，自然是无罪释放。阮大铖对钱谦益非常感激，主动为钱谦益此行的任务出谋划策。
之前士子第二次围攻抄掠阮宅，陆丽贞带着侍女细软逃到南京锦衣卫衙门托庇于阎应元，家里的财物家具却被抢走不少，现在也追问了一部分，不过那些人终究没有像扬言那样真的放火烧屋，房子还在，毕竟周围还有很多房屋，真放火波及到其他房子引起大面积火灾就难以收场了。