陈家的假倭后人消息当然也已经公布了出去，抄家银两中十万两用于赈济松江本地雇工和贫民的钱，钱谦益对外宣称是朝廷征税分成给下层百姓的。干过宣传工作的汪汝淳建议方岳贡，以后要多注意把松江的织工和雇农拉到官府一边，把一些工场主和各种商行压榨雇工、为富不仁的事情宣扬一下，对缙绅豪门在乡间仗势欺人的事情，也可以抓几个典型整治一下，激起被欺凌的乡民们愤慨，然后说朝廷多征税，除了用于抵御外侵，也能用于改善贫民生活。
这样人数更多的下层百姓就能支持战时新政多征收税，乃至调用富人资产。今后一些人再起来煽动抵制朝廷征税时，多数贫民不会参与其中闹事，还可能反过来帮助官府。松江府宣化司除了招收一些不得志的贫寒童生和生员以后，也可以用一些走街窜巷的民间说唱艺人，方岳贡都记下随即照办了。
开办官办钱庄的事情钱谦益也交给方岳贡办理，不仅可以借款放贷，也可以吸收百性和富商的存银。在征缴已定的田赋以外，额外向朝廷交纳粮食，就可以换取相应的银票在钱庄取银。
安排完了松江府的事情，钱谦益和汪汝淳带着已经革除功名的彭雯和李宾，还有吴瑛父女、尼姑庵主、刺激石田介六个涉案人犯和证人回了南京。南京城里已经传言四起，说钱谦益是被刺杀案惊吓地逃离了南京。
再一打听，王世德已经回北京云了，阎应元接替他来了南京。钱谦益又找到了阎应元，王世德因为钱谦益的交代要保护阮丽贞，临走前交代遇到急事可以去南京锦衣卫衙门向阎应元求助，在阮宅第二次受围攻时，阮丽贞知道出了行刺案以后事情比第一次更严重，就带着侍女和一些金银细软逃出来，直接找到锦衣卫衙门。阎应元就安排他们在衙门里先住下了，这几天南京城里又传出了阎应元和阮丽贞有私情的传言。
钱谦益对阎应元来南京的目的感觉好奇，还以为是崇祯知道了南京出事派他来的，或者是崇祯对钱谦益还是不信任。阎应元说南京的事情不可能几天之内就传到北京，也没有隐瞒，说崇祯交代他来南京是整顿南京的京营和锦衣卫，另外收拾左光先和陈洪范这两个恶人。这两个人跑不了，他来了之后撞上了两个大案，南京城里乱象不少，就先处理一些紧急事务。
阎应元介绍他从北京又带了两千精锐过来，先把南京京营的各级军官都换了一遍。还有南京锦衣卫人员也已经筛查了一遍，把锦衣卫军官里格外软弱散漫无能的纨绔子弟都清理出去，军官里盘剥克扣普通校尉，兵愤较大的也都被检举了出来处理了。对京营士兵和锦衣卫校尉里生活贫苦、家庭困难的也进行了赈济。
南京短时间内对京营和锦衣卫还无法像北京那样进行彻底的大换血，不过这样一番整顿下来执行维持南京城内治安的任务已经足够了。现在南京城表面上没有戒严，但是各种要害地点都已经安插布置了人手监视。一些生员会社的激进分子的活动基本上都处于监控中，只是为了避免打草惊蛇没有公布。吴昌时这样的重点人物，阎应元已经让人全程盯紧，而且不会让他出城去。
阎应元说这个吴昌时也是这次他出发以前崇祯交代要特别关注的人，不过在阎应元到了南京后的八九天里，吴昌时没有要离开南京的意思，似乎对自己掌控局势的能力很有信心。
玄武湖黄册库房被烧的案子，南京刑部初审以后，已经按东林派系的意思认定是阉党余孽勾结湖中吏员干的，阉党余孽里阮大铖的影响和活动能力最大，已经发出逮捕文书去桐城抓人了，不过阮大铖提前得到消息，躲进了深山中，还没有抓到。
钱谦益已经知道了案件过程，当然不会再被流言影响。而且熟知东林内情，说起了以往东林的习气，办理案件时只要涉案嫌犯被认为是可恶的奸人，那就算被冤枉，也被认为是惩奸除恶所需，不算什么大事。李三才在万历年间时，故意制造冤案，让死囚诬陷攀咬税监手下的税使，当时已经是这样。东林中人明知是构陷，也不觉得奇怪，还称赞李三才好手段。这事还是东林中人夸耀李三才功绩时沾沾自喜说出来的。
名列三大案的梃击案也是一样，一个疯子张差手持木棍去闯太子宫，打伤了一个看门的太监之后就被拿下的事情。谁都能看明白这是制造事端不利于郑贵妃，东林把持审讯让这疯子招供说是受郑贵妃指使，去行刺太子，还指名道姓供出郑贵妃手下两个太监。
阎应元听了介绍也觉得滑稽，说郑贵妃就算真要刺杀太子，也不会蠢到公开让一个人拿着木棍去打一个东宫看门的太监，天下没有这种愚蠢的行刺办法，哪怕是换成一把匕首，也让刺杀太子的案子做理更像真的一些。
钱谦益说可是当年那些东林前辈，认定了这么荒谬的行刺故事，还以此为依据穷追不舍追究郑贵妃刺杀太子的责任。阎应元说基本的情理他们都不考虑，这张差要说真有人指使，那也只能是被东林指使故意去构陷郑贵妃，那才解释得通。即便是构陷，这手法也太拙劣了。
钱谦益说这事明眼人一看就知道，不过这就是他们的心态。这些人的意思是只要他们针对的那人是所谓奸人，随便炮制一个案子，能把攻击的舆论指向奸人就行了，再拙劣也没有关系，也能达到打击奸人的目的。反正东林操控朝野舆论，这案子再漏洞百出，情理不通，舆论引导下，大部分人也不会朝不利于东林的方向去考虑。
阎应元感叹这些人连造假案都是这样光明正大，不愿意多费心思。钱谦益说即便张差就是东林指使，当时也不会有人去追究，最后还是以郑贵妃被官员攻击得焦头烂额，郑贵妃手下太监被杀而结局。阎应元似乎已经明白了钱谦益的意思，南京的玄武湖纵火案和户部尚书遇刺案，也是东林效仿当年的梃击案故技重演的。
钱谦益肯定了阎应元的判断，说玄武湖给火案还有些不清楚细节，郑三俊遇刺案他已经查到了证人证据，就是东林士子幕后操纵指使的，虽然手法依旧不高明，不过比起当年儿戏一样的梃击案，用的功夫大了许多。如果不是他去松江走了一趟，碰巧破了案，暂时还查不清是谁干的，多半就只能由阮大铖背黑锅了，东林后辈这些人经起前辈还是有些涨进的。
阎应元猜到这幕后主使就是吴昌时，说来南京之前，崇祯就交代要特别关注吴昌时，到了南京，组织围攻阮宅的史槐是吴昌时的门客，还有他派在南京各处监视的锦衣卫校事回报的消息，许多来往联络的可疑人物，也多与吴昌时有关。
钱谦益说眼下关键的事情，就是以刺杀案为突破口，抓捕吴昌时等人，把参与煽动民变，抵抗朝廷战时新政的那些人全部控制赶来，仔细盘问，玄武湖纵火案就不难破获。只要把这些案子办得证据确凿，面对这些证据，东林中人要为和吴昌时往来勾结承担责任，名声大损了。
阎应元同意了计划，钱谦益让阎应元控制住南京城的京营官兵和锦衣卫，防止吴昌时的党羽狗急跳墙，生出意外的事变。把刺杀案和纵火案追查清楚，就可以趁热打铁，整顿江南，更彻底地落实南方的战时新政了。
接下就分头行动，阎应元照旧监控南京城里重点区域和重点人物，钱谦益让士兵带着相关人犯和证人去刑部，陆彦章已经抓了一个阮大铖家的仆人，打出了口供，说就是阮大铖指使干的。南京兵部侍郎傅振商、南京右军都督临淮侯李弘济和南京锦衣卫掌印鲁应魁和几个士子也带着遇刺已经醒过来的郑三俊赶到，这其中就有左光先。
郑三俊认出了那个日本刺客石田介。鲁应魁也说当时在场的也有其他人看见刺客，锦衣卫校尉中曾有人追过刺客，紧追不舍了很长一段距离。刺客最后攀檐蹿壁，到一个废弃已久的商人宅邸院落就不见了。
鲁应魁说他们也奇怪，当时南京的锦衣卫和京营在行刺案件发生以后，对出城的人严加盘查，没有见过与刺客相似的人，还在南京城墙四周也安排了人轮换值夜，防止有人攀墙出城，也没有抓到人。
钱谦益问石田介是怎么混出南京城的。石田介说他进了院落地道后，有蒙面人把他带到一个地方，让他钻进一个轿子的座位下面，后来有女人进了轿子，有人抬轿子出了城，轿子旁边还有骑马的声音，应该是女人的丈夫。
轿子到一个寺庙后，女人和其他人进庙去了。轿子被挪到一个没人的角落，有人在轿子外面踢了一脚，低声说可以走了，他就从轿子下面爬了出来，见到是一颗大树底下，天已经黑了，他趁着周围没人就走了，之后在集镇上买了一匹快马，赶回松江那尼姑庵下面躲藏，打算等风头过了，就拿着报酬出海回日本去。
顺着这个线索查到当天是怀宁侯孙承荫，陪着他的一个小妾当时去城外寺庙上香，守门士兵掀开轿帘看了确实是个年轻女子。接着钱谦益又让锦衣卫校尉把吴昌时和孙承荫也叫来。很快吴昌时、孙承荫还有陈洪范一起被带来。
鲁应魁解释是阎应元这几天已经和他商议过，案情已经猜百八九不离十，阎应元已经把人控制起来等在那里了，他们一过去就把人送过来了。说已经查明孙承荫在刺杀案当晚夹带刺客出城，就是陈洪范授意的，陈洪范和吴昌时有勾结，一问三人就明白了。
孙承荫大嚷自己和刺杀案无关，承认是陈洪范托他往外带人，说是一个家丁父母在城外得了急病，必须出城去看。他收了陈洪范一百两银子，只是怀疑这个人也许在陈洪范手下做了什么犯法的事，没有往深处想。
吴昌时则否认一切指控，问天陈洪范时，却是很干脆地就把吴昌时卖了，说是吴昌时托他把刺客带出城的。还指控吴昌时以前就经常和他联系，送他金钱美女，要他为吴昌时办事。而且还宣称自己对朝廷一向赤胆忠心，早就看出吴昌时心怀不轨，所以假意和他结交，打探出他的脏事以便把他治罪。
还点出吴昌时每次传递纸条都是用字帖里剪下来的字拼凑的，城西秘宅里养的美女用来招待各路达官。他见吴昌时这样鬼鬼祟祟，又用财色贿赂的手段，就知道他是伪君子。吴昌时要他想办法掩护刺客出城，无非是打算万一这刺客被抓，他就全部推到自己头上，让自己做替死鬼。刺客到南京后，吴昌时让他藏在秘宅，用美女招待过他。行刺案后，吴昌时还在那个女子那里留宿过。他早就已经留心取证了，把证据放在了他头上戴的凌云巾里。