10多万赤眉军甩掉了咬尾的冯异，向耿弇驻守的弘农郡YY县跑来。刘秀在得知消息后，特赐玺书褒奖冯异“始虽垂翅回溪，终能奋翼渑池，可谓失之东隅，收之桑榆。方论功赏，以答大勋”自己则于12日，御驾亲征至宜阳，撒开了大网！
17日，赤眉军看到了恐怖的景象：刘秀大军从四面向自己压来，黑压压的一大片…想跑？跑不掉了；想打？饿得只剩半条命，肯定也打不过了。真没想到纵横天下数年，竟落得今天这个下场！
那现在怎么办？大家都紧张的看着樊崇，樊崇也看着众人，一时无话。良久，樊崇开口道“已别无选择，只有投降了”大家都以沉默回应了樊崇。沉默就代表了选择，接着就是派人去谈判。樊崇派出去的人是刘盆子的大哥刘恭。这人厚道，曾救过刘玄，和刘秀也算是亲戚，好说话。
刘恭见到了刘秀，开门见山地道“我主刘盆子想率百万大军投降陛下，陛下准备怎么安置他”刘秀冷冷地回答道“饶他不死。还想怎么样”
刘恭抬头看着刘秀：只饶他不死？不能封个什么王？但刘秀说完就也没开口了，刘恭也不敢再问了。
19日，赤眉天子刘盆子率丞相徐宣以下30余人肉袒归降，奉上皇帝玉玺。赤眉军的兵甲堆积在宜阳城西，与熊耳山等高。不过刘恭所说的百万大军也是吹牛。刘秀派人来清点人数，共有十余万人。
刘秀很厚道，命令当场开饭，把这些俘虏先喂饱。
20日清晨，刘秀突然传话刘盆子，让他率赤眉军百官来洛水参观演出。可刘盆子等人到了一看，哪有什么演出？只见刘秀陈兵岸边，杀气甚浓。众人的心一下子都揪紧了。怎么回事？难道刘秀想学项羽坑杀俘虏？刘盆子等人越想越怕，在冷风中颤抖着…
这时刘秀开口了，先问刘盆子“你自知当死不”刘盆子马上叩首“臣罪当死，但求陛下赦免”
刘秀一笑，转头问樊崇“你投降，是不是心里还不服？不如我现在放你们回去重整兵马，咱们好好的打一场，你看如何”樊崇惊讶地看着刘秀，不知如何作答。
徐宣等人出场叩头道“一出长安城，我们就准备投奔陛下了。现在见到陛下，犹如婴儿脱离虎口，回到慈母怀抱，不胜欢喜。哪还敢说不服陛下啊”刘秀仰天大笑“好！识时务者为俊杰。你们大为不道，所过之处残暴至极，但朕念你们尚有三善：1未尝弃易自己的妻小；2立刘姓宗室为君；3其他人遇到危急，往往弑君来降，以此邀功。而你们尚知大义，奉主来降。所以朕今日网开三面，法外行仁”
21日，刘秀返回洛阳。但他不是一个人回去的，他把樊崇等赤眉军领导人及他们的一家老小，全都搬到洛阳城定居了。每人赐宅一区、田二顷。说的不好听一点，就是软禁了起来。
本年夏天，樊崇、逢安觉得在洛阳呆不下去了，准备闹事。不幸风声走漏，樊崇、逢安被就地斩首。还有杀死刘玄的谢禄，被刘恭所杀。刘恭系狱自首。刘秀因他是为刘玄报仇，****不诛。赤眉军中的杨音与刘秀的叔叔刘良关系很好。刘玄被害时，刘良因有杨音保护，才得免祸。刘秀为报此德，封杨音为关内侯，与徐宣二人得享善终。至于刘盆子，刘秀封其为刘良部下的郎中。后来刘盆子因病眼睛失明，刘秀便准其免官，并赐给hN郡荥阳县的均输官地，使其食税终身。
至此，赤眉军终于彻底歇气了！22日，刘秀下诏：将择吉日祭祠高庙。并赐天下当为父后者的长子们每人一级爵位。这在西汉，本是立皇太子或皇太子加冠时的赐爵常例。刘秀开国后的第一次赐爵就以“天下当为父后者”为对象，是想要向天下说明：自己继承的是大汉刘邦的正统！2月2日，刘秀祭祀汉高祖庙，受传国玉玺。
2月，刘秀派伏隆来册封张步为东莱太守的事被刘永知道了。刘永半年前刚被盖延打出睢阳城。如果再让本来跟着自己混的这个“辅汉大将军”投向刘秀那边，那自己以后还怎么混？于是刘永马上也派人来见张步，说如果张步愿意继续跟着自己混，自己就封张步为齐王。
要封张步为异姓王，刘秀是怎么也不会出这个大价钱的。伏隆说的很清楚“高祖白马之约，非刘氏不王。现在刘秀同意封你为十万户侯”张步没有多想，当即决定把伏隆扣押，接受刘永的封王。
除了封张步为齐王外，刘永还封了董宪为海西王。
张步又想将伏隆留下，帮他治理青、徐二州。伏隆愤然不受“君不受朝命，必有后悔。我奉诏到此，谕君反正，岂肯随君附逆？君执迷不悟，我将就此返报”张步岂能容伏隆再回洛阳？当场便将他囚于一室。伏隆后来曾派人给洛阳送过一封密信，大意是说自己没能完成出使的任务，但二州的官吏百姓并不赞同张步此举。还请陛下火速进兵讨伐，无以自己为念…刘秀看到此信后，曾对伏隆的父亲伏湛说了一句话“伏隆节同苏武，忠诚贯日。不过朕情愿他答应张步的封王，而求得生还呢”后来伏隆果被张步所杀。张步乘刘秀北忧渔阳彭宠，南事梁王刘永、楚地秦丰、邓奉等人之时，得以攻下全齐之地，占据城阳、琅琊、高密、胶东、东莱、北海、齐、千乘、济南、平原、泰山、淄川12郡。
2月，吴汉率耿弇、盖延在河内郡轵县之西大败青犊乱兵集团。
3月8日，伏湛被任命为大司徒。
3月，涿郡太守张丰造反，自称天上大将军，与彭宠连兵。朱浮的蓟州城在坚守了一年之后，已至“城中粮尽，人相食”的地步。向洛阳求援，刘秀也派不出援军，只让朱浮继续坚守…
最后来救朱浮的是上谷太守耿况。耿况和彭宠是老相识了，境遇也颇似。刘秀称帝后，耿况和彭宠一样，继续做回原来的老职业：郡太守。耿况心平如水。可彭宠不行，他替自己、也替耿况打抱不平！所以彭宠起兵造反时，第一个想到的人就是耿况。派人前去游说，说一起创业，另开分公司，打天下。但耿况却连话都没多说一句，叫人直接把彭宠的使者拉出去斩了！
耿况派出的骑兵将朱浮从蓟州城里救出，但不能替他抢城。幽州的治所广阳郡J县就被彭宠攻陷。然后彭宠就公开宣布，封自己为燕王！
从某种角度来说，彭宠还算厚道。他曾是吴汉、王梁的上司，这二人是大司马、大司空，位列三公。如排资论辈，自己应该高于他们，那看来只有异姓王了？所以彭宠不称帝，只称王，他仿佛就想要告诉刘秀：你不给我，我就只好自己来抢了！
为防止刘秀把自己头上‘燕王’这顶帽子抢去，彭宠做了充分准备：他攻下右北平、上谷郡数县。又与北方匈奴交好，向他们借兵。再与南方齐王张步、富平，获索等乱兵集团结盟，形成犄角之势。
刘秀此时也管不了彭宠，3月，他亲征邓奉。来到南阳郡堵阳县，邓奉逃归淯阳县，董投降。4月，刘秀大兵追至小长安聚，大败邓奉。邓奉肉袒出降，半年前被擒的朱祜也一并放出。刘秀因邓奉是自己二姐夫邓晨的亲侄子，且之前多有立功，此次造反也是被吴汉的残暴所激，想赦免邓奉之罪。岑彭、耿弇等将一致反对“邓奉造反，致使王师暴露经年。陛下亲征，他也不降，此时兵败才降。若不诛奉，无以惩恶”说得刘秀只能将邓奉斩首正法。
赤眉虽败，关中仍无主。一夜之间又冒出无数乱兵集团。大大小小，两只手掌数不完：延岑据蓝田、王歆据下邽、芳丹据新丰、蒋震据霸陵、张邯据长安、公孙守据长陵、****据谷口、吕鲔据陈仓、角闳据汧、骆延据盩厔、任良据雩阝、汝章据槐里…各称将军，人数多的有万余，少的有数千人。互相攻击。冯异与他们且战且行，驻军上林苑中。延岑联合张邯、任良等人前来攻打，反被冯异大败。延岑只能往东南方向而逃，出弘农郡的武关，向南阳郡逃去。所有附属延岑的诸堡寨纷纷向冯异投降。
当时长安物价腾贵，黄金一斤才能买豆五升。同时道路断绝，后勤物资也运不过来，冯异命将士们都以果实为食。刘秀赶紧任命赵匡为右扶风，给冯异提供兵源、缣、谷等后勤保障。冯异实力渐渐壮大，威行关中。除吕鲔、张邯、蒋震投降蜀帝公孙述之外，其余悉平。
4月，吴汉率杜茂、陈俊等七人，在梁国虞县的广乐将刘永的将领苏茂包围，刘永的另一将领周建率十余万人前来救援。激战中，吴汉的马被箭射死，吴汉摔倒于地，膝盖受伤，被部下救回。周建入城与苏茂合军。诸将前来探望吴汉，都表示了军心不稳的担忧。吴汉一跃而起，裹创而出，杀牛飨士，提振士气。
第二天，苏茂、周建前来挑战，被吴汉大败。苏茂逃往山阳郡与沛郡交界的湖L县不过乘此机会，刘永得以重新进入睢阳城，但随即又被盖延率兵团团包围。吴汉留下杜茂、陈俊二人驻守广乐，亲自率兵前往睢阳帮助盖延。
4月，刘秀命岑彭率傅俊、臧宫、刘宏等三万余人攻打秦丰，自己返回洛阳。
6月，延岑攻下南阳郡数城，却在穰县被耿弇大败。延岑只与数骑逃往淯阳县东阳聚，投奔楚黎王秦丰。秦丰将自己的女儿嫁给延岑。但紧接着，朱祜、祭遵等又在东阳县杀败延岑，并与岑彭军队会合。南阳郡阴县守将、延岑的部下邓仲况、刘龚等人为苏竟的书信所招，向刘秀投降。
7月，岑彭在南阳郡与南郡交界的邓县大破秦丰，随后便将秦丰包围在南郡襄阳县的黎丘，并让傅俊率一支军队去平定江东，扬州悉定。
睢阳城被盖延围攻百日之久，梁王刘永与部下大将苏茂、周建冲出围城，准备逃往睢阳城东南60多公里的沛郡酂县。盖延在后边紧紧追赶，刘永的部将庆吾将刘永杀掉后，投降盖延…继王郎之后，又一个自称天子的人倒在了刘秀统一天下的道路上！
苏茂、周建逃到沛郡山桑县的垂惠，立刘永之子刘纡为梁王。刘永的另一大将佼强则逃到山阳郡西防县。
本年，淮南王李宪称帝。占据九城，有众十余万。
本年，刘秀让来歙出使陇右，联络隗嚣。隗嚣也听从手下的建议，致信刘秀，表示联合之意。刘秀为笼络隗嚣，给予其极高的礼遇，言必称其字季孟，用敌国之仪，慰藉甚厚。
28年2月，延岑攻打南阳郡顺阳县，结果被邓禹在西南65公里的武当县击败。延岑逃回汉中郡，并向蜀帝公孙述投降。公孙述封延岑为大司马、汝宁王。
在南郡夷L县的田戎听说秦丰被岑彭团团包围，恐惧欲降。妻兄辛臣画了彭宠、张步、董宪、公孙述等人的天下割据形势图来见田戎“今天下大乱，洛阳处四战之地，未必稳固。我们不如按甲敛兵，静观其变”田戎道“强大如秦王，尚被岑彭所围，何况是我？我已决计投降了”于是留辛臣守夷陵，田戎自己率兵先沿长江而下，再溯沔水而上，要去黎丘投降。却没想到辛臣盗取了自己的珍宝，从小路先去投降岑彭，再作书招降田戎
田戎这下进退两难了，只恐辛臣要在岑彭面前进自己的谗言，不敢来降。又因卜得“中坼”之卦，便决定不投降了，率兵去与秦丰会合，继续造反！不过很快就被岑彭击败，田戎退保夷陵。