更始将领廖湛率18万赤眉大军攻打刘嘉。却在左冯翊的谷口县被刘嘉大败，廖湛本人被刘嘉手杀。之后因军队乏食，刘嘉也北上YY县就谷。刘秀便命邓禹招降刘嘉。刘嘉的妻兄、也是刘秀的表哥来歙此时正在刘嘉军中。听了大舅子的一番劝告，刘嘉最终决定投降。而半年多前曾与刘嘉一起杀败延岑的李宝因倨慢而被邓禹斩首。
秋天，贾复平定汝南郡的召陵、新息二县。但他留在颍川郡的部将杀了人。正值河内太守寇恂调任颍川，当即将其戮市示众。贾复大怒，率兵回颍川，并道“我与寇恂并列将帅，他现在敢杀我部将，藐我太甚。我当前去手刃此仇”寇恂知贾复挟怒前来，便不准备与其相见。这引发了外甥谷崇的不满“崇会带剑侍侧。就使有变，也足抵挡得住。舅舅何必怕他”寇恂摇头道“你不懂啊！当年蔺相如不畏秦王，独为廉颇屈志，此乃为国之先公后私”
寇恂命颍川郡各属县盛设酒肴，遇有贾复的军队入界，全体供给，且每个人供给两个人的饮食。寇恂出迎到半道上，假称有病而还。贾复正等着他来，没想到等来这个消息，更是怒上加怒，发兵欲追。但他的手下兵士个个都已喝的酩酊大醉，不复再行。贾复也只好放弃。
寇恂命外甥谷崇将此事原原本本的汇报给刘秀。刘秀便召贾复班师，同时征寇恂入朝。寇恂入朝进谒，忽见贾复已在御座之旁，急起相避。被刘秀拉住“今天下未定，两虎安得私斗？朕今日特为二卿和解”两人也能体察刘秀心意，于是言归于好，并坐甚欢。退出殿外，刘秀又命同车并出。
11月，刘秀封岑彭为征南大将军、王常为汉忠将军，率朱祜、贾复、耿弇、郭守、刘宏、刘嘉、耿植等人前去平定邓奉、董的叛乱。先攻打堵乡的董，结果邓奉发兵来救。朱祜兵败，被邓奉所擒。
11月，铜马、青犊、尤来等余贼共同推举了一个叫孙登的人为天子。只不过天子威风没享几天，孙登就被部将乐玄所杀，五万余人由乐玄带领着，向刘秀投降。
赤眉军，还有延岑暴乱三辅，郡县大姓各拥兵众，邓禹在YY县眼睁睁看着却毫无办法，正当他备受煎熬之时，洛阳的刘秀派人捎话来了“打这么久，你也累了。先回来休息一下，我派个人去替你打长安就是了”接着，刘秀又告诉邓禹“你先回洛阳。不过千万注意：不要在路上再跟赤眉军较量，他们现在已饿得不行了，长安不是他们久呆的地方，肯定要东撤。只要东撤，就等着他们好看的了”
刘秀派去顶替邓禹的将领，是冯异。刘秀亲自送冯异到hN县，叮嘱冯异道“三辅百姓，先遭王莽、更始之乱，现又逢赤眉、延岑之酷。生灵涂炭，无所依诉。朕派将军是去讨贼，并非要你略地屠城，只希望你能平定安集，救民水火。诸将非不健斗，但他们多好虏掠。只有你平日能御吏士，所以朕特委你重任，卿此行须除暴安良，勿负朕望”冯异顿首拜命。引军西进的一路上，宣布威德，民皆畏服，群盗多降。
11月，刘秀又派伏隆前去册封张步为东莱太守。所有县令(长)以下，伏隆都可以直接在当地任命。伏隆与刘秀新任命的青州牧、守、都尉一起向东出发。只是伏隆不会料到：此去竟会被张步所杀…
12月30日，刘秀下诏：所有被王莽所废的刘姓宗室列侯，全部复国。
12月，三辅地区******，人相食，城郭皆空，白骨蔽野。活下来的百姓们纷纷聚为营保，坚壁清野。赤眉军啃完了西瓜皮，不得不再次撤出长安，20余万人这次选择了东归。刘秀得到消息后，便命侯进驻守弘农郡xA县耿弇驻守弘农郡YY县并对他们说“赤眉军若东出，耿弇你就率兵北上，与侯进一起阻击；赤眉军若南出，侯进你就南下，与耿弇一起阻击”
而冯异的军队此时已开到了华阴县。在此地与赤眉军相持近两个月，交战数十回合，只有五千余赤眉军投降。
这时冯异总算明白了：不是邓禹无能，实在是对手太强悍了！
27年1月6日，刘秀任命冯异为征西大将军、杜茂为骠骑大将军。
被赤眉军连败的邓禹怎么也吞不下这口气。如就此班师回洛阳，不如直接撞墙死掉算了！于是乎，他决定暂时不班师，而是留下来和赤眉军再战一场！
老实说：玩了这么久，赤眉军累了，邓禹的军队也疲坏了。但邓禹又一千个不甘心，率领一帮疲兵硬去再去打赤眉。结果又是大败！这下子，他的脸面几乎都要丢完了。而且再这样打下去，不要说老脸丢了，小命能不能保都是个问题了…
看着赤眉军像锅里滚着的猪肉，邓禹饥饿得想吃，却又吃不下，只好干跳脚。这时，他只好拉下脸皮，向冯异求援来了。邓禹率邓弘等将领来到湖县，要求联合冯异，对赤眉军发动一场总攻。但冯异想都没想，当场就拒绝了“赤眉军不是好惹的。我跟他们拼了近两个月，才有五千余人来降我。他们队伍十分庞大，照我们这种打法，根本就搞不定他们。现在最好的办法就是诱降。实在不行再打。但打也绝对不是你这种打法。皇上已在东边布置了两支部队，只要赤眉军东撤，我们从西向东打，那边从东向西打，两面夹击，此乃万全之计”
话说到这个份上，冯异相信邓禹应明白他的心思。但邓禹却不吃这一套“娘的！你既不想配合我，那老子就自己来”是的，邓禹想玩命了。赤眉军太慷慨大方了，竟在短时间内就赋予自己这么多无法承受的耻辱。在哪里跌倒就要在哪里爬起，邓禹必须再战，别无退路！只有把赤眉军的威风打下去，我才能昂起头来，去洛阳面见刘秀。
我们完全可理解邓禹想立功雪耻的心情。但冲动是魔鬼，会让人失去正确的判断力。而此时的邓禹，就空剩下一腔复仇之火，却不知前面的坑到底有多深，更不管踩空后的严重后果…
邓禹跟冯异赌完气后，马上命邓弘率他的前锋部队，不管三十二十一，冲到赤眉军阵前挑战！双方缠斗整日，打得天昏地暗。最后赤眉军好像顶不住了，转头便跑，连粮食辎重都顾不上了！邓弘的部队好久都没吃到一顿像样的饭了。他们看到赤眉军丢掉运粮车，竟像饿鬼一般，放弃追杀只顾着去抢食。然而当他们扒开粮车时，才发现上当受骗了！
原来粮车上装的都不是粮食，而是一车车的泥土。为假戏真做，赤眉军还在泥土车上撒了一层豆子。更可怕的还在后面：正当邓弘部队不知好歹抢粮车的时候，刚才诈败的赤眉军反扑回来了！邓弘部队手足无措，一下子全乱了…
但邓禹的后援部队和冯异的救兵及时赶到。赤眉军见对方人多，也不敢逞强，稍微退却两步后，形成僵持。
这时，冯异再次警告邓禹“咱们跟赤眉军玩了这么多天，兄弟们又饿又疲。要先作休整，再接着打”冯异话音刚落，邓禹大手一挥，叫道“打铁就要趁热！我们饿，他们也饿；我们疲，他们更疲。接着打，看谁撑到最后”果然，邓禹当即发号施令，又对赤眉军发起了新一轮攻击！
面对邓禹一次又一次自不量力的攻击和骚扰，赤眉军似已丧失了耐心。他们认为必须给邓禹一次狠狠地打击，把他彻底打出战场去！于是赤眉军鼓足了劲头，像猛虎下山似的，突然朝邓禹军猛扑过来！
邓禹抬头一看，不得了，完了！这下子真完了！邓禹军被赤眉军斩杀三千余人，其他的全被吓跑，四散逃命去了。邓禹率着仅剩的24骑，无比狼狈和绝望地逃到了宜阳。刘秀早已命耿弇在那里驻扎了一支大军。在那里，邓禹可以找到他的同志们。
事实上邓禹还不是最惨的，冯异才是！部队被赤眉军打散后，冯异也只好跟着逃跑。为了逃跑，他甚至连马都不骑了，徒步跑上回溪阪，然后只与麾下数人徒步逃回营地。然后就马上下令：集结残兵严守阵地…连大气都不敢喘！
23日，刘秀在洛阳建立四亲庙，祭祀父亲刘钦、祖父刘回、曾祖父刘外、高祖父刘买。24日，大赦。
1月，祭遵击破蛮中贼，张满被杀。
闰1月8日，屡战屡败、脸上无光的邓禹上表，辞去自己的大司徒、梁侯，交还印绶。刘秀下诏：梁侯你继续做。免去你的大司徒，封右将军。
就冲着赤眉军差点把邓禹和冯异玩废这点，不得不说：他们还真不是一般的牛！冯异再次明白了一个道理：照这样一对一地砍杀，自己根本就不是赤眉军的对手！这帮人亡命天涯，杀人都杀出了瘾，天不怕地不怕，哪怕玉皇大帝来，他们可能也照斩不误！
但经过休整后，冯异却做出了一个令赤眉军惊讶的决定：他要决战！更让人惊讶的是：他不是偷偷摸摸地，而是约定日期和赤眉军决战！
赤眉军一听就乐了：好呀，不怕死就来吧…冯异的死期到了！赤眉军肯定是这样想的。但他们高兴的太早了，他们不会想到：冯异貌似光明正大的约期决战。实际他已给赤眉军下了一个套。一个解不开的死套！
冯异认为：要想歼灭赤眉，就必须决战。赤眉军也持同样想法，要想东归路上不被冯异拖住脚步，也必须决战。这是一场豪赌，就看谁笑在最后！冯异已想好了，正面出牌，他不是赤眉军的对手，必须出老千，才能搞定对方。
决战在弘农郡的崤底展开。由赤眉军先发动进攻。他们派出了一万人，想先摸摸冯异的底牌。结果发现：冯异的前锋部队人少势弱，纯属乌合之众。
这一发现，让赤眉军高兴极了，随即全军出击，准备一举吞掉冯异…大鱼上钩了，赤眉上当了！
冯异也全军出动，与赤眉军从日出干到日落，不分胜负。当太阳即将落山的时候，赤眉军露出了疲态，气势稍微减弱…火候已到，冯异心中暗笑：这回赤眉军再也跑不掉了！
当双方都战得不想动弹时，突然路旁杀出一支伏军！赤眉军一看，一下子就愣住了。因这帮人的穿着打扮，甚至脸上描的都与赤眉军一样。唯一不同的是：这帮人如狼似虎，要砍的不是别人，而是自己！
这帮山寨版赤眉，其实就是冯异精心准备的老千！决战前，冯异已把全军精锐先伪装成赤眉军，埋伏在路旁。
只要赤眉军打疲了，伏兵一阵冲杀，赤眉军一定大败！更可怕的是：假赤眉冲进真赤眉阵中，只有假赤眉认得真赤眉，真赤眉却分辨不清，任凭斩杀。只那一瞬间，赤眉军就抵挡不住了，开始惊溃逃跑。
冯异也玩疯了，率军猛烈追杀，一直追着赤眉军跑。跑不掉的赤眉军只好停下，举起双手投降。最后清点人数，竟有男女八万多人。
停止追杀的冯异望着那些腿快、已跑得不见了踪影的赤眉军，脸上露出了得意的笑容：自己的任务已完成了，赤眉军终于被赶进了坟场…赤眉军的坟场，就在前方不远处。挖坟的人，正是光武帝刘秀！刘秀派冯异去顶替邓禹时就曾告诉邓禹“跟赤眉军交战，不要老是使用蛮力，要学会动脑子”