在诺伦岛事件爆发后，最先出现抗议与争执的是坂良避难所。
他们强烈反对共治政府继续将其他感染区的幸存者转移至避难所。除了害怕感染风险的加大，更多的是因为疫情持续蔓延，避难所内的食物等物资已所剩不多。这些争执很快演变为了暴力冲突，驻守其中的军官秋山真之率领部下借机军变，一举夺下了粮食储存室的控制系统，并借此掌握了整个坂良避难所的控制权，当然这一切都在秋山古之介的掌控当中，秋山真之成功帮助秋山古之介完成了他伟大宏图的第一步。
自此，坂良避难所对外封闭坂良城，不再接受ISR送来的难民，
也拒绝将资源交于共治政府调配。这一事件，史称“坂良城独立”。事后，在父亲秋山古之介的帮助下，金耀岛所有避难所加入秋山真之的阵营，宣布脱离“共济协议”。
疲于应付全球事态的共治政府放弃了对坂良的交涉，默许了坂良现状。“坂良城独立”告一段落。
纪历1068年2月全球形势逐渐稳定，人类初步掌握了感染者和“O”病毒的情况。共治政府内部的一部分人呼吁，各国应该在灾难中扮演更积极的角色，用进攻代替防守，派出军队尽可能清理感染区，夺回城市及其中的资源。于是，在“共济协议”的基础上，几个世界大国达成战略共识，拟定并加入了“迦南计划”。参与迦南计划的各国达成战略共识，协同出兵夺回被感染者占领的城市。这次联合军事行动，被人们统称为“感染战争”。这是人类第一次看到夺回城市、重建家园的希望。少有人注意到，共治政府部队军队中出现了一队逃兵，领队者为拉扎罗夫中士，副官为阿列克谢。无人知晓他们最终去向。
“感染战争”前期频频告捷，一座座城市在军队的清理中重回人类。一切似乎向着更好的方向发展着。
然而在一次围剿行动中，军队却遭遇了一种前所未见的强力感染者。一种全新的、更强大的变异体在感染者中出现。这种变异体完全无规律可寻，
从回收的样本中，全球卫生组织无法从其中分析出任何变异的共性，似乎每个变异体的变异特征都是独一无二无的。病毒进化变异的程度已经完全超出人类现有知识的解释范围。
共治政府不得不接受一个事实：人类无法认知这种新型病毒。
大撤离与“方舟计划”
病毒变异加剧，越来越多的特殊变异体出现，感染战争中的军队被彻底击溃，各地避难所危在旦夕。在一片恐慌情绪下，
“迦南计划是各大国借机出兵侵占他国资源”的阴谋论渐渐传开，并被越来越多的人所相信。
种种努力的失败，加之全球形式的失控，共治政府不得不宣布“感染战争”的失败，并决定启动最终方案：方舟计划，将剩余难民进行集体转移。
这是多年以前共治政府牵头，与几个大国共同开发的避难计划，目的是在世界级灾难出现时为人类提供最后的庇护。
这座建在大洋中间的“方舟”基地里拥有集防御、生产、生活为一体的全套基地设备。
然而，方舟基地的容纳人数是有限度的。
旧大陆的避难所
于是在整个撤离过程中，大量难民滞留。在他们看来，大撤离并不是一场人道主义的救援和转移，更像是共治政府的“携款逃离”。
这些被滞留的难民，只能躲藏在原有的避难所里，依靠仅存的生存物资艰难度日，等待他们未知的命运。
这样的日子持续了一天又一天，各地避难所相继沦陷，幸存者数量也急剧减少。
纪历1071年2月1日当年领导坂良城独立的秋山真之，联合捷卡德林堡的戈德曼家族，宣布成立新世界的帝国。他们以北陆军事基地为依托，占领了北陆大批区域。许多难民听到消息，前往投奔。这个后来以铁血、纪律闻名的北方帝国，迎来了新生后的快速发展期。
与此同时，撤离到“方舟”基地的全球卫生组织，终于在病毒的研究上取得了突破。
一次偶然的机会，首例病毒发现者维基·周医生，发现病毒会对一种波产生回应。通过不断对波段模拟和检测，
卫生组织找到了四个共鸣最强烈的点，分别处于南印洲、西陆平原、北陆高地和旧海。
病毒研究小组大胆推测，这四个共鸣点具有影响其他地区病毒的能力，因此将它们称为“元病毒（母体）”。
维基·周和一些学者认为，摧毁元病毒能够遏制病毒的能力，这是人类重建文明的新希望。
然而，历经多次失败尝试的共治政府，对维基·周他们的推测抱有怀疑，并认为不应该把方舟的军事力量浪费在一个猜测的结论上，保护方舟的安全是现阶段的首要目标。
共治政府消极、保守的态度让维基·周十分失望。他离开了基地，并于几个月之后出现在秋山真之面前——没有人知道他是如何穿过感染者遍布的旷野，
来到这个北陆帝国的。而此时的秋山真之，已吸收了北陆高原所有避难所，并占领了被遗弃的军事基地，定都于捷卡德琳堡。
秋山真之对维基·周的推测也抱有怀疑态度，但不同的是，他愿意赌一把。几周后，秋山真之启动了军事基地，并向南印洲的元病毒（母体）定位地点发射了一颗原子弹。剧烈的爆炸后，轰炸点出现了激烈的震荡，然后如同深渊般的巨大裂缝撕裂了大地，横亘在南印洲的土地上。随后几周，观测点返回的数据表明南印洲感染者活跃程度明显下降，且没有新的特殊变异体出现。事实证明，维基·周和秋山真之赌赢了。随后，秋山真之又将仅剩的两颗原子弹投向了北陆的嚎风隘口，还有旧海，稳固了周边的安全。
就在西陆平原的难民感到被世界彻底遗弃的时候，方舟基地向西陆平原元病毒定位点发射了原子弹。
至此所有的元病毒都被消灭了，明日大陆进入了短暂的和平期，势力逐渐分化。