一切都发生在纪历1066年6月23日，在南路平原的克罗市，有一架卡梅迪尔医院，那里的主治医生名字叫维基·周（VickyZhou）在诊断的时候发现了第一例病毒感染，不过当晚为了确认该名病人的病因，他将病人留院观察，结果当晚该病人就突然死亡，第二天整个卡梅迪尔医院的工作人员和病人都发生了感染突变，并且极具攻击性，从维基·周的口中英格丽获得了一个关于莱文市的可怕情报—莱文市正在酝酿着新的恐怖病毒进化。
纪历1066年6月24日，感染病毒从卡梅迪尔医院罗伞到整座克罗市，克罗市的每一个街区都有感染者袭击一切活着的生物，克罗市的每一幢建筑立面都有着淹没在了人们的尖叫声、呼喊声、呼嚎声中。
从那天起，整座克罗市都陷入了混乱，但当时的全球共治政府并没有为此做出任何的举动，更没有从源头上来阻断病毒的蔓延，但感染病毒的确是以克罗市为中心逐渐辐射全球的，这时没有办法改变的事实。
纪历1066年6月24日—6月26日，整个明日大陆都相继出现了感染现象，这些现象与克罗市发现的病例相同，进而维基·周认为，感染病毒的疫情大声了蔓延。
在确认疫情蔓延之后，各国都进入了最高级别的戒备状态，纷纷开启了对病毒的攻克。
然而，没有任何国家能够弄清楚感染病毒究竟是从何处来的，有该如何治愈。
人类对病毒掌握的所有手段，都在这一次的爆发后，宣告无效。
纪历1066年6月28日，全球共治政府不得不对外宣布，以现阶段的科研手段是无法确诊这一次的感染病毒的，因此现阶段的感染病毒被暂时明明为“O病毒”（Osiris地府判官），并启动全球疫情控制计划，各国政府纷纷采取应对的措施，对边境进行封锁，来控制疫情扩散，转移幸存者到各地的临时避难所。
纪历1066年8月18日，收容与避难行动持续了近两个月的时间。直到8月18日，西陆各国宣布城市失守，感染病毒的传播变得更加迅猛，西陆几个国家的政府没能及时撤离城市物资，已经无法维系难民生存，向国际提出救援请求。
这时的全球共治政府呼吁世界大国伸出援手，给予求助国家庇护，求助其他国家的幸存者。
纪历1066年8月30日，在经历了半个月的谈判后，各国终于在这天达成了共事，签署了“疫情共同应对与救助协议”，简称“共治协议”。世界大国需要收容邻国难民，并对周围国家提供资源支持。
在纪历1066年九月初的时候，共济协议签署后，国籍、种族都被人们放到了一边，所有人的目标都达到了空前的一致—为了人类活下去而战。
各国都派出了不对，组建了世界疫情救援支持部队，简称ISR（InternationalSearchandRescueSupportGroup），这时一支由各国调集人员与物资所成立的世界性联合部队，由利伯曼将军担任总指挥。九月初，ISR集结完毕，将接替过个军队成为灾后救援的主要武装支援力量，并确保各个感染区的难民能安全抵达临近国家的避难营。
在当时，难民被ISR转移的过程中，为了确保难民们的安全，所有进入避难营的幸存者的安全和健康都由海姆达尔公司的“生存辅助仪—加拉尔3.0民用版”接管。海姆达尔公司作为世界领先的科技公司，多年前与军队合作开发“加拉尔项目”，旨在研发军用辅助设备，对士兵的身体状况和战地环境进行评测和监控，命名为加拉尔1.0。
海姆达尔公司原计划卡爱发出加拉尔3.0的民用版本，用于服务于普通市民的健康监测。然而突发的疫情打乱了所有计划：他们不得不将库存的设备简单处理后投入各大避难所使用，以应对全球疫情下大量涌现的难民生存需求。
共治政府和海姆达尔公司通过系统能够监控到每个难民的生命体征，早他们遭遇危险时及时救助，以及更重要的是—当难民发生变异时隔离清楚。
也正是那个时候，海姆达尔公司的秋山古之介，作为股东投入了大量的资金，密切监控着所有幸存者的情况。
也正是在那个时候，吉斯卡就是在那个时候忍受不了被共治政府的上司控制，而找到了秋山古之介，而那时的秋山古之介也非常想要摆脱哥哥秋山广田的控制，而选择与吉斯卡进行合作。
他杀了秋山广田的妻子，收养了那时还年幼的秋山光作为自己的小女儿，秋山广田以为自己的女儿已经死了，便想方设法的想要找到杀害自己妻女的凶手，感染病毒下的世界，海姆达尔公司将公司选址在了遴选城这个自由之城，为了避免受到共治政府的控制。
秋山古之介与吉斯卡合作之后，开始秘密的进行感染实验，想要进一步扩散感染，来反抗控制自己的势力和亲人。
而他们的实验室的地点就设定在了遴选城海姆达尔公司的地下室内，而真正的实验室坐落在了地下二层的位置。
而秋山古之介也在这个过程中逐渐的掌握了整个海姆达尔公司，秋山广田被秋山古之介压制了，他只是一个傀儡董事长，真正的权利全都掌握在了秋山古之介的手里。
而秋山光在一次行动中结实了贾斯汀，并且知道了自己的身世，但她为了不引起秋山古之介的怀疑，就选择逃离到了旧港附近的一个秘密基地内，尽管知道秋山真之迟早会追过来，但秋山光还是想给自由联盟多一些的时间。
感染持续进行，病毒变异的速度远远超出了人类的预计，在纪历1066年的十月中旬，南印洲发生了诺伦岛堡避难所事件，这一次发生的事件，彻底的改变了现有的现状，掌权的全球共治政府也因此分解。
那段时间里，有一名由ISR从别国送至诺伦岛避难所的幸存者，突然发生了病变。当晚，诺伦岛避难所全面沦陷，无一生还。
诺伦岛事件中的病毒，是在病毒携带者脱离隔离区后伺机突变。种种现象证明，病毒可能具有了自我调节和突变的能力。诺伦岛事件引发了全球恐慌，人们开始对“共济协议”带来的他国难民产生了怀疑和排斥。