毛利辉元的拦截还是来晚一步，眼睁睁看着织田信长携带八千余众逃入京都，匪首脱逃使得战事的收尾显得不太完美，不过拦截军还是拦住几条大鱼，织田军的主力大将柴田胜家、佐久间信盛、羽柴秀吉、泷川一益、池田恒兴等人皆没有来及逃走，在大军围困下值得束手降伏。
织田军先阵大将森可成很不幸的战死，随他一起战死的还有稻叶一铁、氏家卜全、安藤守就，以及中川秀政、津田盛月兄弟二人，此外西军战死的大将还有波多野秀治、游佐信教、池田胜正，无家可归的朝仓义景不出意外的兵败被杀。
三好义继仗着靠近木津川的优势，带着万余残部拼命的向淀川靠拢，凭着淡路水军参与的内河水军众接应，还就真的让他给逃脱出去，不过逃脱总是要付出代价的，断后的人选被三好家一门众一致投给松永久秀与松永久通父子。
这父子俩被织田信长派来作为与力，时常在三好义继面前拿捏腔调，若不是畏惧织田信长财雄势大兵精粮足，他早就把这可恶的两父子给清理掉，这次逃跑很显然不需要这个吃里爬外的家伙跟随，于是这父子俩就带着本部的三千残部留在木津川“断后”，他们俩所要面对的是来势汹汹的本庄秀纲，这对父子到死的那一刻都没来得及提出自己的降服代价。
三好义继短暂的逃脱并不会给他想要的逃出生天，淀川出海口早就被东军掌握在手里，摄津国原本也已经被东军控制着，即便此刻东军离开摄津放松掌控力，可当地的国人领主又怎么会听从这群败兵的指挥，果然刚逃入摄津国没几天，就被摄津国人设计擒下扭送到阵前。
二十余万大军围困京都，吓的京都城内的町民携家带口的往城外避难，织田信长只得带着八千军势封锁大内里及左京，为的是防止京都的天皇与公卿们转投城外的东军帐下。他的这一做法激起朝廷上下的激烈反对，只可惜他们的反对和风评已经影响不到织田信长了。
当天傍晚，东军从京都七口攻入城内，织田信长下令丹羽长秀、明智光秀各率三千军势抵挡，而织田信长本人则带着两千本阵离开本能寺，进入二条御所挟持足利义昭做负隅顽抗，看着丹羽长秀与明智光秀在分别向南北两个方向离去，织田信长能够暂时放下信众的忧虑，回到二条御所里进餐。
这是二条御所很普通的一顿晚餐，一碗白米。一叠腌萝卜。一条鱼。还有一碗味噌汤，厨师们还别出心裁的准备杨梅数粒作为佐餐食物，织田信长叫嚷道：“有宴岂能无酒，余知道御所里准备了清酒！拿出来吧！”
织田信长有滋有味的喝着酒品着菜。足利义昭却自始至终沉默不语，直到宴会临近结束的时候，才问道：“织田宰相殿！我们还有翻盘的希望吗？”
“公方殿下以为呢？我信长今天可是饱食一顿，明日若死去也无憾了！”织田信长没有再看足利义昭绝望的眼神，一如既往的大步的走出房间。
当天入夜时分，二条御所里灯火通明，御所外隐约可以听到痛苦的呻吟和铁炮的声响，织田信长在御所里拿着手鼓跳起著名的《敦盛》，浓姬亲自为他弹奏三味线助兴。一群妾侍子女嘤嘤的哭泣着。
“人间五十年与天地相比……”织田信长被哭烦了，呵斥道：“哭哭啼啼有何用处！既然此身注定赴黄泉，那就坦然一些勇敢的面对吧！”
一场奏乐持续二更方歇，织田信长还特意沐浴更衣，搂着多年没有临幸的夫人浓姬安稳的睡下。这一觉无梦一解多日来寝食难安的苦症，只可惜睡到半夜三更时分，御所内忽然传来一阵喊杀声把他给吵醒了。
织田信长悚然一惊，立刻坐起来喝问道：“东军攻进来了吗？这可是两千军势把守的二条御所，东军到底是怎么攻进来的，又左何在？”
“主公，不好了！是桔梗旗印，明智日向守率领东军杀入御所里来了！”
织田信长大惊失色：“原来是光秀吗？竟会在这个时候带领东军杀入二条御所……”
得知明智光秀率军反叛，织田信长立刻披上衣衫手持弓矢杀出房间，此刻漆黑的御所里四处是熊熊燃烧的火焰，在烈火的照耀下音乐可以看到木瓜纹旗与桔梗纹旗纠缠在一起，远处还有源源不断的白旗飞速赶来，那是东军的主力。
织田信长亲率小姓众死战，所过之处大呼道：“请诸君奋战到底！为了武士尊严也绝不能后退！”
前田利家闻声大惊，急忙呼喊道：“主公快走！”
“砰！”的一声，不知从哪里喷射出的铁炮击中前田利家的后背，这位勇猛的织田军大将便中枪倒地，周围武士救之不及只得咬牙切齿的冲向明智军，他们是如此的痛恨明智光秀，没有他的变节和恶毒行为，织田家或许还有一线生机，而眼下的局势显然不会有任何生还的机会。
织田信长穿着白色单衣手持弓箭迎敌，他的箭术水平相当可观，即便是黑夜里光线不足，相隔三十步开外依然十中七八，身边的小姓背着两壶箭矢供他使用，才一会儿功夫就被他把一壶箭矢用光，倒在他箭下的武士已经超过十余人。
待第二壶箭矢还剩下两三根羽箭之时，强韧的弓弦终究吃不住蛮力而崩断，而此刻东军的武士依然闯入御所中心区域，附近的织田军死伤殆尽，小姓们持刀冲过去阻挡，三两下就被东军的武士杀的一干二净，为首那白甲大将杀气腾腾威风凛凛，让见者无不为之侧目赞叹。
织田信长大笑道：“好本事！来着何人！我信长不斩无名之将！”
“越后武士柿崎义家是也！”
织田信长闻言一愣旋即大笑一声，随手取出一杆去鞘的十文字枪，持枪跃下回廊与柿崎义家厮杀起来，左右的武士还欲赶来驰援却被一声呵斥止住，转身一看四面白旗涌入城内，只见一名身着金甲的高大武士缓缓走进来。
“参见主上！”明智光秀连忙见礼，明智军诸将士也随之跪伏于地。
“诸君免礼！”源义时目不转睛的盯着场上的战斗，只见织田信长与柿崎义家恶斗七八合竟然不落下风。只可惜他的枪法路数被年轻的柿崎义家一旦适应便不复神奇之处，十合一过峰回路转变成织田信长节节败退，每一枪格挡都是险象环生。
战到十五合，柿崎义家突然发力，手中的泽泻大枪陡然加速三分，转眼间刺中织田信长的腹部，剧痛使他丢下手中的十文字枪，捂着受伤的小腹缓缓向房间里退却，此刻房间里浓姬惊慌的走出来扶住受伤的夫君，用一种哀求的目光望着源义时。她虽然没见过阿犬和阿市的夫君。可是那面足利上総三郎义时的旗帜还是认识的。
源义时摇头说道：“传令下去。女眷可以走，兄弟子嗣不可以走，家臣小姓更不能走！”
“浓姬你带着德姬、冬姬她们离开吧！为夫要走完人生的最后一段路。”织田信长轻轻推开夫人，盯着源义时说道：“吉良三郎。没想到我们时隔二十年再一次见面，你早已不是庄内川旁那个小男孩了……”
“你也不是当年那个离经叛道的少年武士了。”源义时一挥手着几名女忍者架着斋藤归蝶，牵着屋内的几个孩子离开，缓缓走到廊下俯瞰着脸色苍白的织田信长，说道：“人的一生总是在改变着，昔日颠沛流离的我成为源家栋梁，而昔日尾张的少年武士却要身死于此！”
织田信长捂着小腹，怒哼道：“这次是你赢了！带着这帮愚昧守旧的武士赢了！但是你一定是错的！你不会征服七海，你只想建立那腐朽的幕府。只想完善你的旧秩序，你这么做不会有将来，你是错的！”
源义时摇头一笑：“我是不是错的，自有神佛来判断，自有后人作书评说。身为时代的见证者，你说的不算，我说的也不算！”
“你一定是错的！”织田信长抬起手看见满手的鲜血，又看看腹部伤口上那一大块殷红的血渍，愤怒道：“你这么顽固到底为的什么？为了将军的名份，为了先祖的荣誉，还有什么?日夜沉浸在过去的荣耀里无法自拔，这是对你所拥有的惊世才能的亵渎！为什么不愿意和我一起开创未来？这世界这么大，足有七个海洋，你我平分天下有什么不好？哪怕给你四个海洋也可以！”
“哈哈哈……你还是这么的大言不惭！”源义时淡淡地说道：“称霸七海！你真的以为可以做到吗？称霸七海需要得天独厚的条件，强大的实力和好运气！这么复杂的条件是我所不具备的，当然你也更不具备！”
织田信长冷笑一声：“不试一次怎么知道不行！只有没有梦想的人，才会从一开始就否定一个伟大的目标！”
“你就是不行！你永远不可能实现，因为你连我都打不过，因为你马上要死了！”源义时高傲地昂起头如俯视众生的王者，轻倚着回廊的围栏说道：“死人没有资格谈伟大的目标，失败者同样没有资格谈这一切，你连日本一隅之地的人心尚且抓不住，又谈何抓去天下之心？你终将失败！那是神佛注定的必然失败！”
此时此刻，御所里的四周烈火熊熊燃烧，喊杀声哭号声突然消失不见，只有火焰熊熊燃烧的声音，偶尔还会有房屋被烧塌轰然倒下的巨响，织田信长渐渐的面无血色，他的小腹流出的鲜血越来越多，眼看就要毙命于此。
“答应我，保住我的孩子奇妙丸，快点答应我！”织田信长歇斯底里的嚎叫道：“只要你答应这个条件，我立刻就去死！”
源义时沉默片刻，又听到他哀求道：“吉良三郎！这是织田三郎对你的最后请求！求你绕过我的孩子奇妙丸，他可是你的女婿啊！”
“好吧！我会放过奇妙丸的……”源义时缓缓走到织田信长的身旁，看着倒在回廊上激烈喘息的男子，轻声说道：“明天我会为他主持元服礼，你希望他元服后叫什么名字？”
“织田……信……忠！”织田信长艰难的抬起头，拼命的深吸一口气说道：“谢……谢！”
织田信长死了，就在二条御所的回廊下结束自己的一生，没有留下辞世歌也没有作出惊天动地的事，只是在临死前做一个父亲该做的。为自己的孩子奇妙丸争取一条求生之路，他的人生或许是失败的，但是在临死那一刻他是成功的，作为一个君主他很失败，但作为一个父亲，他成功了。
除去已死的従三位参议织田信长，二条御所里另一位公卿级的武士就显得没有必死的胆魄，从二条御所被攻击到织田信长身死的一段不短的时间里，足利义昭便一直躲在自己的御所里不出来，像一只埋首在沙丘里的鸵鸟。连拿起武器为尊严一战的勇气也没有。
当足利义昭被几个武士架着走出御所的时候。迎接他的是设在御所空地上的阵幕。源义时身着金甲坐于幕间，左右两列戎装武士按刀肃立，御所里燃烧的火焰与阵幕四周的篝火交相辉映照亮漆黑的夜空，这位堂堂幕府大将军就像个罪囚被按在此间。
源义时淡淡的瞥过披头散发萎顿于地的男子。轻轻摇头说道：“足利义昭这个名字不适合你，余觉得一乘院觉庆更适合你的身份，看你手无缚鸡之力的狼狈样子，根本看不到我足利家武士的半分尊严！文不成武不就却没有自知之明，偏偏喜欢志大才疏、好高骛远，尤爱大言欺世、自欺欺人……”
足利义昭惊恐地望着眼前的陌生男人，这是他第一次见到传说中的东国宿将，那迥异于常人的高大身影静静坐在中间，安静的姿态却让他有种置身于山岳之前的错觉。刀削斧凿的面孔毫无表情地望着他，尤其是那森冷如刀的目光深深的刻在心头。
盯着那张酷似足利义辉的面孔，嘲讽道：“啧啧，看看你这些年都做过什么？一乘院潜修近三十载，方出佛门便妄造杀孽。杀兄弑母篡位自立，你这种人敢称足利，简直是对这个苗字的侮辱，更是对足利氏代代栋梁的亵渎！你有何颜面去天国见你的父亲万松院，你的母亲庆寿院，还有你的哥哥光源院？噢！对了，你没有资格去天国，黄泉幽深行路难，害怕否？”
“你……你不能杀我！”足利义昭惊恐地说道：“我是幕府的征夷大将军，我是朝廷任命的従二位内大臣，按照法度我是高位公卿，你源义时不是自诩尊重秩序与法度吗？那你就必须尊重幕府和朝廷的任命！你不能杀我！”
在源义时的面前，足利义昭也不敢自称“余”，不断的强调自己的身份和地位以期自保，他这一招的确点中东军的要害，自古以来高位公卿鲜有被杀一说，失败者被抓到的结果大约只有两种，要么被幽闭，要么被流放。
明正典刑的例子也不是没有，比如奈良时代藤原南家著名的权臣藤原仲麻吕之乱，便是以谋反重罪被斩首，只不过奈良时代太古早，权倾一时的藤原家依然是小荷才露尖尖角，经历平安时代摄关制度的确立，再经过镰仓室町两朝幕府执政，高位公卿不可妄杀已成为约定俗成的规矩。
源义时显然不会为足利义昭而打破这个规矩，否则当初也不会轻易的流放足利藤政，不是每个人都像赤松满佑和足利义昭这么丧心病狂，虽然个人私德与天下黎民百姓没有多少关系，但是考虑到民间的风评，胜利者总要保持一些宽容心。
足利义昭突然不怎么紧张了，看着源义时沉默不语的样子，冷笑一声挣脱两个束缚他的武士，正欲发言就听见源义时缓缓说道：“你说的很对，余不会杀掉你，毕竟你也当过几天将军，毕竟你的苗字是足利……只是余想告诉你一道理，并不是每个人都会效仿你这种杀兄弑母篡位的方法，余是个品格高尚，举止文明的武士，不会更不屑学习那种下三滥的手段。”
“那你还不……”
“但是，死罪可免，活罪难饶！杀兄弑母，背主弑君者当为万世唾骂！余决定废黜你的苗字，继续用你的法名觉庆自称吧！你将幽闭于此地，余会在这二条御所的废墟上建立一座神社。名字就叫二条神社，供奉死在二条御所里的光源院与庆寿院，还有二条御所里慷慨赴死的那些幕臣们，而你就做神社的别当，为枉死祈福吧！”
源义时一挥手将如丧考妣的足利义昭拉走，想当初他也曾废掉源义时的苗字，到如今他也来一次以彼之道还施彼身，把足利义昭的苗字废黜，将他打回僧籍做二条神社的别当，每天只能在愧疚和懊悔中为自己死去的兄长和母亲祈福。还要面对神社里来来往往的武士、町民的唾骂。会有武士专门保护他的安全。监视他的行止，禁止他结婚生子，直至他老死为止。
随着二条御所的之战的结束，西军崩坏覆灭已成定局。两位总大将足利义昭与织田信长以一囚一死收场，余者四散奔逃早已不足为虑，几路侦骑在忍军的指引下飞奔出京，向畿内各领国的隐秘角落扑去，清剿搜拿西军的残兵败将。
就在西军崩灭，松永久秀、松永久通兵败被杀，首级挂在四条河原之后不久，东军水军众众攻陷淡路岛擒杀安宅信康、安宅清康兄弟，顺势西进宇多津港攻入四国。源义时的命令是三好一族不论嫡庶所有男丁擒拿至京都问罪。
随着西军崩溃让四国的国人众损失惨重，面对东军声势浩大的庞大阵容，阿波讚岐的果然呢种忙不迭的把三好家的亲族捆缚起来扭送到东军阵前，三好长治、十河存保便被家臣送了过来，龟缩在四国的三好一族很快被押解到京都。
八月二十八日。秋风飒飒阳光明媚，又是一个开刀问斩的好时节，六条河原上里里外外围着数万民众，无数双眼睛仔细盯着法场上跪着瑟瑟发抖的人群，这些人便是来自阿波的三好氏一族，三好一族亲族子嗣一门谱代共计一千三百余口全部被押到法场上，为首的正是三好义继和三好三人众。
真田义幸咳嗽一声，高声朗读道：“阿波三好氏本出自小笠原氏后裔，配属阿波细川氏被官多年，食君之禄本该忠君之事为主尽忠，未料想三好氏常有虎狼之心，妄兴刀兵围御所杀将军灭幕府，罪恶滔天罄竹难书，今度附西军逆贼而败为义兵所擒于京师六条河原夷灭三族，明正典刑，以儆效尤！”
京都的民众一阵哗然，多少年来没有见过夷灭三族的重罪，有人低声说道：“据说朝廷下达纶旨，指三好一族为朝敌了。”
“依我看呐！这就是杀将军的报应，当年赤松家杀恶御所也被灭族，何况光源院殿还是位心慈良善的好将军，前些年畿内的年景不好，不少农民就是靠光源院免税役活下来的，这么好的将军被恶贼给杀了，领来一位恶公方险些坏了京都的千年基业。”
“是啊！还好右大将殿回来了。”源义时在京都的名声相当好，这是他多年如一日苦心经营的，即便时隔二十年不是白干的，从市井町民的风评里鲜有对他不利的言辞。
“不过，上天有好生之德，即使尔等身犯谋逆重罪，余也不会对尔等的女眷动手，你们可以安心的去了。”源义时一挥手，数十名刀斧手举起太刀将一颗颗脑袋砍下，三好一族上到八旬老叟下到三尺蒙童皆遭屠戮，场面血腥却无人怜悯。
弑君是十恶不赦的死罪，不论三好家是否有杀将军的动机，只要他付诸行动并造成将军的死亡就可以判定为弑君，足利义辉在京都经营十余年深得人心，三好家则京都却是名声狼藉，源义时在京都的名声也非常好，而且这次上洛打着的旗号之一就有为足利义辉报仇。
所以他履行承诺斩杀三好一族，于情于理都是可以被理解的，京都的町民只需权衡一下就知道该支持谁，他可以允许三好一族的女眷存活任意嫁娶已是最大的宽恕，没人会责怪他杀性太强做法太理解。
京都被东军完全掌控，东军的各路兵马却没有在京都带着扰民，而是被源义时分排出去继续攻略西国，八月三十日，源义时任命上杉谦信为总大将，并委任嫡长子足利义泰作为副将，真田幸隆为军奉行，武田信繁、北条时政为两翼大将，统兵十八万，大小舟船一千五百艘，分别向山阴、山阳、四国，九州发起攻略。
说是攻略，到不如说是扫荡，丹后、丹波、播磨、摄津、和泉等近畿诸国的西军武士死的死残的残，只要大军一到缉拿西军残党就一干二净，上杉谦信率领八万主力走播磨进入备前，走投无路的浦上宗景只有躲在城里做困兽之斗。
浦上宗景到是想投降，无奈源义时不接受西军赴逆者的输诚，西军的几路大将死的囚的囚，余下的残党总阿姨是丧家之犬，留之无益不如缉拿归案押送到京都判决，作为浦上宗景配下有力国人众的宇喜多直家便看到这一点，假援助浦上宗景之名将其擒住扭送到东军阵前。
备前国崩溃，备中国最大势力三村元亲又先一步讨死在宇治川合战里，上杉谦信几乎不费吹灰之力扫荡两国，一路狂飙猛进杀入备后国毛利家的领地，山阳一路只用七八日的功夫，就数万大军彻底打穿，到底是西国霸主的盛产地，西国武士的骨头比东国武士软的多，东军一到望风而降者比比皆是。
武田信繁在山阴的进攻也是顺风顺水，但马守护山名祐丰被捕捉，这位西军的酱油众见势不妙早早的脚底抹油，这次也难逃被擒拿扭送京都的命运，但马一破因幡国也危在旦夕，因幡守护山名丰国被有力国人众武田高信反叛，笼城死战失败被杀。
这位武田高信是若狭武田氏的族裔，看见宗家的宗家武田信繁热切的很，攀亲戚叙故旧好不容易混进东军序列，顿时把因幡国的土鳖国人众给镇住，间接的影响临近伯耆国的动向，伯耆国人众南条宗胜、小鸭元清、山田重直见势不妙商量一下赶忙降服，这样一来除去稍有点碍事的尼子复国军，山阴也被一口气横扫而过。
北条时政不太高兴，自己跟进的稍微慢一点就连口汤都没喝到，当得知尼子复国军在出云国负隅顽抗的时候，就松永武田信繁一起合力绞杀尼子军，正当武田信繁有些意动的时候，却发现情况不对，尼子氏久、尼子胜久、尼子通久三兄弟开城降服。
原来是尼子家大将山中鹿之介幸盛秘密前往京都，带着家督尼子家再兴的效忠血书向右大将降服，尼子胜久等三兄弟愿以死换取右大将的宽恕，并恳请右大将着毛利家释放安芸円明寺内幽闭的尼子义久重兴尼子家，只要宗家的家督能重新复归，即便他们兄弟切腹自杀也没有遗憾了。
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尼子义久一直被幽闭着，直到1610年才故去，山中鹿之介一次次再兴尼子家也是无奈之举，如果举起尼子义久的旗号，说不定就把宗家满门给害死了。