德川幕府参战后，东江军又增兵五万，防务完全交给民兵中精锐者接手。同时新版戚家光也从海路出发，进攻已经被萨摩藩侵占的原琉球北部的奄美群岛。由于出兵规模较大，明朝再次宣布进入战时状态，这时候军事化变革已经初步转变了社会风气，科举加入军事内容以后第一代的有相当带兵练兵能力的童生已经成长起来，举人、进士更是其中胜出的强者，因此没有第一次那样的阻力。
和针对后金的不同，这次战争明军从一开始就保持和武器装备上的优势，最新研制生产的一批两万支燧发枪已经达到历史燧发枪顶峰，英国“褐贝斯”燧发枪的性能，有效射程达到200米。望远镜和火炮用的也是高配版，比郑芝龙军中使用的高出一大截。
最厉害还是崇祯式二型火箭（黑尔火箭），最远已经飞行4500多米，达到了这种武器历史性能的颠峰。换成三尾翼旋转了以后，精度也增强了，这比之前茅元仪脑洞出来的“火龙出水”效果强大太多了，“火龙”其实是明军时存放火箭用的圆形筒子，只是口设计成了龙头形，就是一个存放武器的架子。
茅元仪的脑洞把这个武器架子作为一级火箭发射出去，等动力耗尽时，里面的火箭才点火作为第二线发射增加射程，现代有爱好者作过实验，二级火箭没错，射程也够，只是精度太差，落点远近参差不齐，难以形成密集覆盖打击的效果，实战效果有限，崇祯火箭二型则可以作为远射程集火武器。
当然作为海战远程压箱底的武器，不会轻易暴露出来，这次使用的只是射程2000米左右的版本，够用就行，只是比郑芝龙军中所使用的一型康格里夫火箭强得多，这样就已经在多次海战中一边倒碾压日军了，战果比万历朝鲜战争收尾的露梁海战好得多，露梁海战岛津第五军团成功救出了小西行长撤回了日本，而且在交战过程中明军水师副将邓子龙、朝军水师主将李舜臣阵亡，总体来说还是日军占了上风。
万历朝鲜战争明军的兵力就远少于日军，还打出了碧蹄馆之战这样被十倍兵力的日军围攻成功突围的战例，现在明军战斗力已经今非昔比，所有士兵都已经练成了龙象般若功第二层，攻防体力大增。除了远程火器，中程佛朗机炮，近程毒火喷筒、钉篷火箭都是本来就有的明军制式海战武器，只是质量性能都有改进。
因为五毒教的加入，毒火喷筒的更新了配方（当然是保密的），杀伤力大增。钉篷火箭就是射中船篷后倒须张开，能钉在船逢上燃烧，不会落地的火箭，船篷比起船体其他地方更加容易燃烧，成了烧船的利器，露梁海战明军烧毁日军战船的主力武器还是这个，而不是“火龙出水”，现在改成了十支一匣的连弩击发，效率大增。各类近战跳帮格斗冷兵器当然更加不缺。
而日军的战力和武器比起万历年间没有多少长进，日军使用的铁炮（火绳枪）最大射程150米，有效射程只有50到80米，只能破开当初明军八毫米的盔甲，现在不仅火力远不是明军对手，就连击中也破不开明军升级后的战甲了。还有一队约500人手持五六丈长矛的长矛兵，近战冲击力很大，可是还没有近战的机会就被炮火和毒火喷筒重创。
战事前后延续了一年多，明军重创集结的各路日军主力，退回本藩，萨摩藩兵力更是损失大半，包括藩主岛津光久在内的岛津氏族人都有五个被击杀，家臣更是伤亡数十人，收复了被萨摩藩侵占的奄美群岛。解救出了被萨摩藩扣为人质琉球王室成员回国。
战争是以解救被日本欺压的琉球王国的名义开始的，这个目标达到以后也没有再咄咄逼人，开始了停战谈判。不过日本的灾难并没有结束，萨摩藩财富积累几乎掏空还不够支付明方和琉球提出的赔偿数额，雪上加霜的是朝鲜也趁火打劫，提出了万历年间入侵造成破坏的统计和赔偿。
明朝当然也不会真的为琉球打白工干赔本买卖，崇祯和内阁商议又与沈飞交流以后，决定实行经济殖民的策略，要求日本开放对明朝的商业贸易，允许明朝和琉球、朝鲜商人在日本开社商号、购买日本房产和土地、购买日本矿产开采权、允许雇佣日本当地民众工作为条件抵消赔偿不足部分。
矿产开采权少不了很多穿越小说里提到的石见山的银、还有一些铜、煤、石英、火山灰、琉黄等资源，这段时间日本民间租税极重，而且各地藩府向农民逼租都手段残酷，过几年就因此酿成了“岛原之乱”，以十六岁的天草时贞为首的借天主教的外皮反抗幕府的日本历史上最大规模农民起义，不追求天堂，提出建立地上神国。
现在提前几年以商业手段雇佣部分日本农民是很好的拉拢乃至控制日本民间的办法，时间一长就是要求日本民间亲明雇员倒幕都不成问题。明朝还加强琉球王田的武装，把一部分明军淘汰下来的火绳枪、虎蹲炮和冷兵器援助给了琉球。日本锁国之后禁止天主教，只允许明朝和荷兰商船到长崎贸易，荷兰人之前已经被郑芝龙重创，现在更是几乎让明朝独占了对日本贸易。
这次对日一战主要是海战，战争过程和总结推演资料也交给了国子监军校进行研究，其中一部分交给了宣化司作为素材。其中也讨论过如果是在陆战中遇到那五百人式的超长矛方阵该怎么应付的问题，经过推演认为还是近距离人力集中投掷手榴弹（击贼神机石榴炮），或者泼喜军似的小规模投石机部队抛掷手榴弹，配合火铳和虎蹲炮和弓弩远程打击。
“拓北侯”刘兴祚已经开拓领土超过了明初奴尔干都司的地盘，把苦叶岛纳入了版图。把一些特有的海鲜运到了北京，少数作为贡品，大部分卖到各大酒楼里掀起了一阵美食风潮，不少南方商人和酒楼听说后也大量求购，大大赚了一笔，沈飞和完颜萍也吃了一次，就是后世称为阿拉斯加帝王蟹的巨蟹，东北政府和地方宣化司编写的介绍北方环境、风光和特产的文章也成了畅销书，也吸引了不少士子游兴和富商的投资意向。
流落各地辽民已经陆续回到了辽东，也有一部分陕北、河南等灾区居民在官府组织下移民到了辽东，当然也有一部分富商到辽东投资和定居。辽东各部落汉化的推进也已经有了初步成果，第一批学习有成的部落领子弟已经使用了汉名，进入了当地官学和军校。
女姓教育和公职人员考试选拔的问题也进行了几次，沈飞看见了一些比较熟悉的名字，比如方维仪的堂妹、同样担任方家“清芬阁”私立大学教授的方维则，清芬阁已经也了桐城当地官学的一部分，专门招收女性学生，还有方维仪的堂姐方孟式，《纫兰阁集》已经编写出版。
除了方家三姐妹以外，还有《雅骚》里在张原面前整天甜甜地喊“张公子哥哥”的那对小萝莉姐妹，商景兰、商景薇，还有张原的“小师妹”王端淑，考试后水平直逼方维仪。还有后来组建女性蕉园诗社的徐灿，原来上23岁就去世的姜淑斋，在西湖卖字画的黄媛介都被挖掘了出来。
当然还有阮丽珍，阎应元回京后不久就在崇祯赐婚下结为夫妻，加入宣化司成了专业编剧。就连名妓出身的草衣道人王微也办理了脱籍手续出任了公职，当然还有一大批沈飞不熟悉的名字，或许沈飞孤陋寡闻，或许这些人在历史上本来就没有什么名声被埋没了。
毕竟明代从吕坤开始就主张变革女姓教育，现在效果爆发出来了。经过几次内部测试，水平并不输于同科男姓进士和公职人员，像方家三姐妹和黄端淑这种顶级高手和历次一甲进士比都能排在前列。已经有人提议下次文史料科举进行不生性别统一考试了，内阁和礼部正在讨论中，沈飞还是支持的，不过需要进行一些准备。
沈飞专门设计融合了一套适合女姓的武功心法，主体还是葵花宝典和玉女心经的复合体，取消了自宫和双修的条件，又加上了全真派内功呼吸行走坐卧都能修炼的特点，又根据九阴真经“体用双修”思想设计一些外功动作，也是以桃花岛优美招式为蓝本，加上减配版的禹步，以养生功法的名义在女性公职人员内部进行推广。这份内功比起江湖司基层人员的全真大道歌还高得多，算得上高级内功了，练个十年以上，再修炼其他武功会相当轻松。以后女性公职人员也可以学习军事和武艺知识，逐步在科举考试选拔中实现男女一致。
结束了对日本的战争以后，大大展示了一下朝廷的海战能力，改漕为海也已经基本完成，海运士兵也经常进行一些军事训练，随身可以转换成海战军事力量，台湾也已经移民完成建立了官府，更重要的是，朝廷已经依附于郑芝龙培养出了一大军海战和与欧洲的外交、贸易人才。
趁热打铁，朝廷正式向郑芝龙提出了收回海权的要求，向郑芝龙展示了地仪球，建议郑芝龙率军攻打被荷兰和西班牙人占领的印尼、菲律宾等地，朝廷可以继续支援郑芝龙武器和钱粮，只要等击败殖民者开疆拓土攻打下这些地方，朝廷可以按刘兴祚的例子封他为拓南侯，并且以后郑氏船队在大明控制的海域经商享受半税待遇。
攻打日本这一仗的一个目标就是为了震慑郑芝龙，东江军和戚家区的海战实力和所用的精良武器确实吓了郑芝龙一大跳，如果朝廷要对他动手估计能一战彻底打崩他，权衡利弊以后，还是接受了朝廷的命令，交出了关税权利，整军准备南征。
不过郑芝龙提出要求郑成功也和他一起走，朝廷提出会全力培养郑成功成为顶级人才，将来会委以重任。沈飞带着郑成功亲自面见郑芝龙和他进行交流，并且让十岁的郑成功演进了一下初成的武功，之后郑芝龙就没有再说要再走郑成功，只说以后经常走动一下。
原来一些受命派遣进入郑芝龙集团学习海战、贸易和西班牙语、葡萄牙语的人分离出来，重新回归朝廷编制，组建各地市航司海关和外贸司，也有一部分分流进入货殖院翰林学士继续培养相关人才。为了避免引起郑芝龙更强的不满情绪，倒是没有“策反”更多的郑氏核心成员分割他的势力，不过也招揽了一些非嫡系势力，甚至就有小说里号称“浙闽沿海的海盗，七十二岛总盟主碧海长鲸”郑起云。