陈济怀对清法间的局势，是一直保持着密切关注的。
早在法舰刚刚开始向马尾集结时，两江的情报部门，就根据收集到的各类讯息，判断法军将要对船政下手。
陈济怀也据此，分别向李鸿章和福州当局，发出密电，以示警告。然而不幸的事情，终究还是发生了。
马尾之战的消息传来后，两江上下皆感震惊。
法军狡诈，清廷昏聩，以致经营多年的船政水师一朝覆灭。船政船厂也在战火中损毁严重，令人扼腕。
而法军屠杀水师官兵的恶行，更是遭人愤慨！也让那些，曾经与船政并肩过的人们，为罹难的相识者，感到悲痛不已。
闽省所发生的一切，发人深思。清廷的无能再次表现得淋漓尽致，使得陈济怀和更多的两江人，认识到，自治是多么的必要。
两江自治之后，诸事繁杂，各项举措也是层出不穷。
为了在变故丛生的年代里，保住这得之不易的局面，在诸项内政外交之中，军事建设也成为了重中之重。
创立于1848年的“护商民团”的旗号，到了如今，终于完成了它的使命。
商团全军，被整体改编为“两江防卫军”，正式成为了一支经制军队，从此担负起保卫两江地方安宁的重责。
新设的防务司主要由文官管理，负责防卫军的行政、建设、发展和政策等事务。防卫军则为武将组成，并尊两江总督为最高统帅。
防卫军下设陆军和海军，取代了原有的商团陆师和水师营。
其编制大体沿袭商团时代。更进一步的与世界接轨，将陆军单位调整为团、营、连、排和班。海军陆战队为联队、大队、中队、支队和小队。
两军的军旗，仍沿用原商团的旗色。
而陆海军将士们，梦寐以求的军衔体系，则终于被确定了下来。
两军军衔标准一致，分为官、兵两类。
军官军衔分为三等十二级。自下而上为，四级尉官，分别是准尉、少尉、中尉和上尉。
四级校官，分为少校、中校、上校和大校。
将官亦分四级，少将、中将、上将和大将。
士兵的衔制，则分为，列兵、军士和军士长。
陆海两军的服色，也基本一致，皆为黑白两色，仍算沿用当年商团南北军的传统。
军服的样式，采用西方军队常用服制，上下身颜色统一，冬装为全黑色，夏装为全白色。
两军服装的主要区别为，陆军帽檐较小且用红色五星为帽徽，衣领亦为红色。海军则帽檐较大，帽徽和衣领改为蓝色。
为了增加防卫力量，两江在自治之后便开始了兵力扩充。并在兵制上，进行了改革，开始推行征兵制。
为求过渡，现阶段先采用募兵与征兵相结合的方式。日后将完全以服兵役，为主要兵源。
而兵役期则采用短期方式，和平时期的兵役时长为三年。此后转为后备兵员，战时待征。
除了上述这些，新改编的防卫军，还进行了其他一系列的军事改革。随着兵员增多，也组建了更多新的单位，使得防卫军的实力大涨。
这些军事上的准备，终将在未来可能发生的冲突中，派上用场。
“马尾之战”后，又随着法军进攻台湾，旋即进行海上封锁，清廷也终于展开了下一步的行动部署。
九月中旬，朝廷下旨，命李鸿章派遣北洋舰只，南下增援闽台。又诏陈济怀，邀其出兵相助，与北洋合力退敌。
李鸿章接旨后，虽心中不欲，但行动上却不敢含糊。
遂于十日后，派出北洋六艘主力战舰，“超勇”号、“扬威”号、“开济”号、“威远”号、“康济”号和“澄庆”号，赶往上海。
而陈济怀于“马尾之战”后，便考虑到与法国间的协定可能无法保证，两江最终还是会卷入战事，并开始着手进行相应的准备。
但两江毕竟刚刚自治，他还是不愿轻易打破这种相对稳定的局面，心中仍旧摇摆未定。于是对朝廷的要求，表现淡漠。
清廷那边见此，连发数诏，对陈济怀又是斥又是劝。同时令李鸿章督促北洋各舰，可先行南进。
李鸿章岂能乐意，他见两江并无动作，也不愿南行，遂密令北洋六舰盘亘在上海。
就这样又过了十数日，朝鲜那边突生变故，李鸿章借机向清廷请示，调各舰北归应对。
称：朝鲜事变，清日已接仗。日趁清法有事，寻衅图朝，恐祸更烈于越南。请调南下各船，东驶朝鲜弹压。
清廷对其所言深以为意，亦因朝鲜邻近京畿，恐祸乱波及内里，便即刻准奏。
由此，李鸿章如获赦令一般，急令“超勇”号等六舰返回威海卫，南下之事也就不了了之。
北洋各舰虽已撤走，但同时间发生的“水仙花”号事件，却彻底改变了两江的态度。
原本连日来，法军愈发的滥用封锁权，已使得陈济怀心中，战和的天平逐渐发生了偏转。
“水仙花”号事件更是成为了，压垮骆驼的最后一根稻草。
事件发生后，陈济怀指示外务司召见了法国领事葛林德，以空前强硬的姿态，向其提出了抗议。
并向葛林德明确的指出，法军在这个事件中以及此前的行为，是对《江法秘密协定》的蓄意破坏。要求法方给予明确解释，并作出处置。
与此同时，陈济怀秘密召集了，两江防卫军的主要将领，组建陆海军联合参谋总部。负责制定战略战术，并指挥组织即将展开的对法作战。
参谋总部，从此固定下来成为常设，也变成防卫军的最高指挥机构。
陈济怀还密令，各司和省的主要官长，开始着手按照战时开展各项布置。几日后，又成立了战时事务总调专会，总体负责战时各项内政。
两江的车轮，已经朝着对法开战的方向滚滚启动，并且还在不断的加速之中。
清历光绪十年十月二十九日，西历1884年12月16日，第一队两江的战舰，在黎明的昏暗中，驶出了长江口。
并在转向南方后，提速前行。