诸葛龙带领的水镜集团在深海行动1.0基础上进一步开展，准备在新海市附近海域建立深海环保探监实验室，西元232年1月，深海行动2.0计划开始，新海市政府全力配合水镜集团行动，诸葛龙亲自带队乘坐水镜号科考船驶向指定海域。船上搭载着最先进的探测设备和建筑材料。然而，当他们到达预定地点时，仪器却显示海底存在异常巨大的能量波动。这股波动干扰着设备的正常运作，使得前期勘探工作难以进行。
面对突发状况，诸葛龙决定派出小型潜水器前去查看。潜水器传回的画面让所有人都大为震惊，海底竟有一座巨大的、散发着幽蓝色光芒的不明建筑。这座建筑形似古老文明留下的遗迹，却又有着现代科技无法解释的构造。
新海市政府得知消息后，迅速组织了一批考古学家和科学家赶来支援。众人围绕着如何处理这个神秘建筑展开讨论，有人建议先绕开它建设实验室，也有人认为应该深入研究这个建筑背后隐藏的秘密。诸葛龙站在船头，望着那片幽蓝，心中充满了好奇与探索欲，他知道这个意外发现将会给深海行动2.0带来意想不到的变数。
海洋是人民的宝藏，开发海洋是造福老百姓的好事，诸葛龙决定，水镜集团成立海洋开拓会，会长由京城办事处主任李雪担任，司马展担任副会长，全面掌管深海行动2.0，海洋开拓会成立后，李雪和司马展立刻着手制定针对神秘建筑的调查方案。他们挑选了一队精英人员，包括顶尖的考古学家、物理学家以及工程师。
这支队伍乘坐特制的潜水装备靠近那座神秘建筑。当接近时，建筑表面突然闪烁起复杂的符文，一道无形的力量将部分队员弹开。但他们并没有退缩，经过多次尝试，终于找到一个入口。
进入建筑内部后，他们看到墙壁上刻满了奇怪的图案，像是记录着某个失落文明的历史。中心处有一颗巨大的水晶球，不断释放出之前检测到的能量波动。
就在此时，水晶球投射出一段影像，展示着这片海洋曾经繁荣的生态景象以及这个文明消失的原因——过度开发导致生态崩溃。诸葛龙意识到这是一个警示，他通过通讯设备告知所有成员。
最终，他们决定更改深海行动2.0计划，以保护为主，在不破坏海洋生态和神秘建筑的前提下，重新规划实验室的建造位置。然而，并不是所有人都赞同这个新计划。水镜集团中的一些激进股东，他们渴望短期利益，不满于这种保守的发展方式。他们私下联合起来，试图暗中破坏新计划并重启原来的深海行动2.0。
他们偷偷雇佣了一批雇佣兵，打算趁着夜色潜入神秘建筑附近，先摧毁那些阻止大规模开发的符文屏障。但是诸葛龙早有防备，他察觉到公司内部的异动，提前布置好了防御措施。当雇佣兵们到达时，等待他们的是水镜集团旗下安保团队精心设下的陷阱。
在一番交火之后，雇佣兵们纷纷被俘。而那些激进股东的阴谋也随之败露。诸葛龙借此机会召开全体股东大会，向大家阐述了尊重海洋生态的长远意义，并表示愿意给予股东们一定的补偿，只要大家支持新计划。最终，股东们被诸葛龙说服，新的深海行动2.0按计划顺利推进，成为人与海洋和谐共生的典范项目。
与此同时，西半球封克王子集团也在紧密关注深海行动2.0，开发海洋是封克王子集团猎取财富的手段之一，封克王子集团看到水镜集团的深海行动2.0取得巨大成功后，既嫉妒又心动。集团总裁封克决定亲自前往水镜集团考察学习。
封克带着他的智囊团来到水镜集团，诸葛龙热情接待了他们。封克表面上虚心请教，内心却打着小算盘。他提出要与水镜集团合作共同开展其他海域的类似项目。诸葛龙看出封克心思不纯，但考虑到可以将保护海洋的理念推广出去，便答应了初步合作意向。
然而，封克回去后就篡改了合作方案，意图加大开发力度从中谋取暴利。诸葛龙发现后，直接终止合作谈判。封克恼羞成怒，准备动用各种手段打压水镜集团。但此时，之前被水镜集团保护海洋理念打动的一些国际环保组织站了出来，谴责封克王子集团的恶劣行径。封克面临舆论压力，不得不放弃打压计划，重新审视自身的发展模式。从此，水镜集团更加坚定地走在人与海洋和谐共生的道路上。封克王子集团受到舆论谴责后，内部也产生了分歧。一部分高层认为应该改变策略，像水镜集团一样注重可持续发展；而另一部分则坚持旧有的逐利方式。封克在犹豫之际，收到了一封神秘来信。信中指出，如果能找到一种新的清洁能源技术，可以在不破坏海洋生态的前提下获取巨大利益，就能挽回声誉并超越水镜集团。
封克心动了，于是秘密组建团队研究这项技术。而诸葛龙这边，并未放松警惕，他预感到封克不会轻易罢休。就在封克的研究陷入瓶颈时，他偶然得知水镜集团早已掌握了类似技术的雏形。封克无奈之下，只好放下架子再次拜访诸葛龙。这一次，他真诚地表达了合作意愿，希望共享技术成果以实现双赢。诸葛龙看到他的转变，思考良久后同意了合作。两家集团携手合作，不仅让海洋得到更好的保护，还开启了海洋新能源的新时代，双方也因此获得了巨大的商业回报。
另一方面，阿顺集团总裁祥和也想在这次行动中分一杯羹，祥和带着厚礼前来拜会诸葛龙与封克。他满脸堆笑地说道：“二位如今的合作真是如日中天，我阿顺集团也想加入其中，咱们三方合作定能创造更大的辉煌。”诸葛龙和封克对视一眼，心中虽有疑虑，但还是客气地听着祥和讲述他的想法。
祥和表示阿顺集团愿意投入大量资金助力新技术的推广，并且有着广泛的市场渠道。然而，诸葛龙却敏锐地察觉到祥和醉翁之意不在酒。经过一番调查，发现祥和是想借机窃取核心技术，然后独吞利益。
于是，诸葛龙和封克假意答应合作，实则设下重重防范措施。当祥和以为快要得手时，却发现处处碰壁，最终偷鸡不成蚀把米。他的阴谋败露后，遭到业界唾弃，阿顺集团股价暴跌。而诸葛龙和封克的集团因为坚守诚信与合作共赢，在海洋新能源领域越走越远，成为备受尊敬的企业典范。