朱元璋在前殿处理事情，有时会大发脾气。马皇后等朱元璋回到后宫，就会依据事理委婉地劝阻他。她常说：“陛下您忘记了当初贫贱的时候吗？”朱元璋的怒火往往就会因此而平息。
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在朱元璋四处征战时期，马皇后还亲自带领宫中的女眷们一起缝衣做鞋，为将士们提供后勤保障。她的这些行为让士兵们十分感动，也间接为朱元璋的军队凝聚了军心。
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有一次，朱元璋因触怒郭子兴而被关禁闭，并且郭子兴还下令不许给朱元璋送饭。马皇后心疼朱元璋，就偷偷地将刚出锅的热饼藏在怀中带给朱元璋。因为饼太烫，她的胸口都被烫伤了，但她却毫无怨言。
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朱元璋登基后，想要惩处一些大臣，马皇后常常会在旁委婉地劝阻。她深知朱元璋性格多疑易冲动，便用她的温柔和智慧，救下不少忠臣的性命，像宋濂就是在她的劝谏下才减免了死刑。这展现出马皇后的善良和她对朱元璋的重要影响。
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当朱元璋想要寻访马皇后的亲族，打算封官加爵的时候，马皇后拒绝了。她表示，把官爵禄位私授给外戚，这是不合法度的行为，不能让汉朝吕氏之乱的情况重现。朱元璋听后，对她更加敬重。
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有一次，马皇后生病，群臣都建议祈祷祭祀，还请求找太医诊治。马皇后却对朱元璋说：“生死有命，祈祷有什么用呢？而且医生也不能让人起死回生，如果服药没有效果，陛下你会因为我而迁怒于医生们。”这体现了她的善良，连在自己生病之际还考虑他人。
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在朱元璋建立明朝初期，宫中的生活还比较简朴。马皇后带领后宫妃嫔宫女等在宫中开垦出一片菜地，自己种植蔬菜，以身作则倡导节俭之风。
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当朱元璋的一些皇子犯错时，马皇后也会耐心教导，让他们认识错误。她就像一位慈母一样维系着皇室家庭的和谐，并且经常和朱元璋交流如何更好地教导皇子，让他们日后能够成为贤德之人，这对明初皇室家族的稳定和延续起到了积极作用。
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有一次，一个宫女不小心冒犯了朱元璋，朱元璋大怒，想要惩罚这个宫女。马皇后在一旁赶忙劝解，她对朱元璋说，这个宫女肯定是无心之失，况且她做事一向勤勤恳恳，如果因为这点小错就严惩，会让宫中众人感到害怕。在马皇后的劝说下，朱元璋最终饶恕了那个宫女。
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在朱元璋想要对一些开国功臣的家属也进行整治的时候，马皇后总是提醒他不要忘记这些功臣曾经的功劳，要适当宽大处理，她的劝告让朱元璋在某些决策上不至于过于严苛。
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朱元璋曾有意派军队到边疆屯田，马皇后听说后，仔细地分析了其中利弊。她对朱元璋说，大规模的军队屯田可能会影响当地百姓的正常生活，引发军民矛盾，而且长途行军以及在边疆地区的生活对士兵们来说也很艰辛。朱元璋觉得马皇后的话有道理，便重新审视这个计划，经过完善后再实施，从而避免了一些潜在的问题。
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马皇后关心民间疾苦，时常劝朱元璋轻徭薄赋。她会收集民间的情况告诉朱元璋，提醒他百姓生活的不易，使得朱元璋在制定政策时能够更多地考虑普通民众的利益。
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有一次，朱元璋从外面回宫后心情不佳。马皇后询问后才知道是因为有官员上奏，提及百姓对一些新政有些怨言。马皇后听后，便劝朱元璋应该耐心地向百姓解释新政的好处，而不是一味地生气。并且建议朱元璋派人到民间去真正地了解百姓的想法，对新政进行合理调整。朱元璋采纳了她的建议，这也让新政能够更好地推行下去。
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在朱元璋的饮食起居方面，马皇后也十分用心。她总是亲自过问朱元璋的膳食，叮嘱御厨注意饮食搭配，避免朱元璋因为国事操劳而影响身体。
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