一
卢循既错失乘刘裕甫归，立足未稳之际，便连夜发兵攻石头城之良机，翌日风向仍北，自仍不出。至第三日，风向转南，卢循亲率大军赴石头城，却惊见城上守备森严，且张设楼橹抛石机，舰船不得靠近，不禁大惊失色，跌足叹曰：“不听吾妹婿城北徐公美言，失机之误，一至于斯！”
城头楼橹抛石机之类防御器械，乃石头城本来所无，晋军增戍之后，刘裕命张纲督人办理修造，一日便成。于是本就是垒石而成的石头城，更加固若金汤。
卢循见石头城无隙可乘，乃率师入秦淮水，溯流而上，欲绕过石头城转东，攻建康南门锁钥秦淮水上之朱雀大航。朱雀大航已有何无忌率南徐州北府兵精锐把守，无可忧者，刘裕也便目送贼军绕石头城而东，奔都城南门朱雀大航而去。
二
建康台城南面直抵秦淮北岸的朱雀门外，跨秦淮水的朱雀大航之上，并未设防，然作浮桥桥墩的船只已撤去大半，只余数艘以支撑桥面。纵如此，叛军船只亦不能自桥下过，更转向东入清溪，攻台城东面刘裕太尉府所在之东府城。卢循以为石头城虽已增戍，但裕未必亲至石头，当仍在东府，故绕开石头城之后，本以为朱雀大航为防陆上进攻，必已撤去，故欲继续绕过朱雀门，径攻东府以擒刘裕。至此见大航不得过，只好指挥部众强攻朱雀门。
何无忌所领兵精将广，且处有利地势，叛军一于船上与岸上之敌相对放箭，便落于下风。卢循见如此仰攻非计，便命撤军回返。
叛军回返，过石头城下建康人称为小江的秦淮水入江河段，卢循命船队分二路，一路傍石头城下过，一路靠远离城下一边行，互相照应，以备不虞。其时夜已深，卢循见城上黑灯瞎火，以其所部皆楼船巨舰，虽不及朱雀门城楼与石头城之高，如此分为二路，以备城上放箭，当可无虞。一开始倒也安静，叛军过城下一半，忽城上万箭齐发，将近城下一边船上叛军纷纷射倒。卢循大惊，立命放箭还射。叛军倒也机警，两路人众皆已迅速向城上仰射还击，但到底晋军居高临下，船上叛军仍不断中箭倒地。
刘裕于城上现身呼道：“卢循，刘裕在此！今日君便罢战降伏，犹可得原，长为江东之民。若不然者，刀剑无眼，利箭无情，休怪我居高临下，胜之不武！”
卢循仰视刘裕，傲然道：“孙天师叔侄，一以兵解为神，一已羽化登仙！我独何人，愿长为江东之民哉？天下有德者居之。晋室南渡以来，社稷已历百年，纵晋德已衰，桓氏有德，桓玄可为天子。汝既背叛桓氏，今复专执晋权，诚诸葛武侯指摘曹操所谓‘托名汉相，其实汉贼’也！我之起兵，乃勤王匡扶晋室，欲替天行道也，岂受汝晋贼招降哉？”
刘裕哈哈大笑，道：“君不愿长为江东民，便是欲作死鬼，那便怪不得刘寄奴心狠手毒哉！”
言罢，裕将右手一挥，立时便有无数火箭射向贼船。原来晋军早已预备，只不过将点燃油絮的箭头隐于城墙之后，见太尉下令，便抬箭立射。一时叛军船只，纷纷中箭燃烧。
叛军见座船着火，俱各大惊，一面救火，一面欲将座船驶离。不意船行愈速风愈大，风助火势，立时诸船火势大盛，大火自船帆与甲板，延烧至舰楼及桅杆。一时噼噼啪啪，材木燃烧之声大作！终而列缺霹雳，一艘巨舰的主桅倒了下去，发出轰然一声巨响，船上人众，自然纷纷跳下小江逃命，又纷纷为城上放箭所伤，死伤甚众，漂满江面。
卢循大惊失色，立命速速驶离。好容易逃出晋军火箭所及范围，归至蔡洲，卢循命主簿检点剩余。不久主簿回报，道无论舰船与人众，皆已损失将半。
卢循知其中必不但有战死者，亦自有凫水甚至驾船逃去者，不禁黯然神伤。此役叛军元气大伤，卢循再无勇气进攻都城，翌日便命人送信至新亭予徐道覆，以其身为广州刺史，乃身为始兴相之徐的上司口吻，命其弃新亭，与其联袂西归，仍攻荆州城江陵。
三
徐道覆得卢循下令来信，不禁目瞪口呆，虽其为卢妹婿，亦奉之为主公，却不意卢忽更迂腐之至，既已做贼，却又忽以晋室所授广州刺史向他下令！徐道覆又好气又好笑，只恨当日轻易攻下新亭，不曾一鼓作气便攻石头城，便刘裕已增戍，其时立足未稳，其麾下气势如虹，未必不能更胜一筹！因请卢循出兵而错失战机，如今悔之晚矣！
不得已，徐道覆亦只好弃新亭，便与卢循连军西归。幸姑孰虽守军微少，却未因叛军大众东下，而为龟缩入巢湖之豫州水师偕豫州兵攻取。于是卢循命徐道覆暂驻姑孰，自率所部先行扬帆西上芜湖而去。
原来豫州刺史刘毅并未侦知叛军大众已东下，故仍按兵合肥未动。及叛军西归，刘裕使朝廷下令命其阻击，毅方率军赴江北，且命水师入江，进向姑孰。
刘毅乘船南渡至临江之姑孰城下，既知卢循已率部西上，姑孰城中只有甫上岸未久的徐道覆所部，便挥师进攻。不意徐道覆入城二日，已有准备，以自京邑西上途中，已听闻刘裕以火攻大败卢循所部之事，至其受命卢暂驻姑孰，便有意效仿刘裕守城，以火箭对付江上乘船来犯之敌。
刘毅方欲挥师登岸，便为叛军放箭压制，不得已，只好暂时放弃上岸，命将船队驶离江岸至江心停泊。至日暮，姑孰城上叛军始终严阵以待，晋军无隙可乘，乃归江北埋灶做饭。食毕，天已入夜，刘毅复命麾下渡江，潜行赴南岸上陆。
徐道覆早就防着晋军这一手，便将刘裕战术如法炮制，晋军不及大部上岸，便为叛军射杀许多，船只亦纷纷中火箭燃烧。晋军鬼哭神号，残船败兵，狼狈奔还江北。
徐道覆复命下船追击。叛军气势如虹，一路追亡逐北，晋军乘船狼奔豕突，不敢靠岸，顺流东下逃窜而去。刘毅闻讯大惧，亦狼狈奔还合肥。
徐道覆又大胜一场，便乘胜攻克姑孰对岸横江戍，分兵驻守，将江南江北连成一气。
四
刘毅败讯传入建康，刘裕已归东府，闻之不禁叹息。幸斥候报叛军虽攻克江北横江戍，却并未东下，方解严未数日的京邑，无须复戒严。裕得知卢循所部已过姑孰西上，在姑孰及横江者，乃不足三万人之徐道覆所部，心中略安定。
然卢循西行一路之上，芜湖、浔阳、武昌、夏口、巴陵皆在其手，其西归目的，自仍是先前传闻所说，即其本欲先克江陵，取荆州全境，再东下攻京邑。刘裕知此，不禁忧上心头。
卢循此前以徐道覆言，乃弃江陵在后不顾，径自巴陵东下，而与徐偕攻都城；今其东征不遂而西归，实力犹存，自仍欲取江陵而得荆州全境。荆州刺史朱龄石兵少将寡，势必不能敌，故增兵荆州，乃当务之急。
恰好刘毅上表请罪，刘裕与刘穆之一番商议之后，便亲赴司徒府与王谧达成增援荆州共识，乃联名上书为荆州请援。奏入，大司马琅琊王司马德文命中书舍人草诏，赦刘毅败军丧师之罪，命其速率军陆上绕过横江戍西上，再征集民船，绕芜湖、浔阳、武昌、夏口、巴陵诸城而走，便诸城叛军挑衅，亦不与接战，乘舟径自西上江陵，增援荆州刺史朱龄石。诏旨又以左将军何无忌为江州刺史，持节都督江州诸军，率檀道济、沈林子为将，统南徐州北府兵一部西上攻姑孰、横江二城，胜之则西上攻浔阳，收复江州诸郡；若不敌，则不恋战，退守牛渚，下至石头城。