我的朋友，科学家林清博士则撰文指出：
我认为，朱清时院士关于科学的终极是佛学，关于量子意识、人体真气以及存在超能力等观点，都是完全违背科学界的主流认知的，绝大多数科学家都不会接受他的观点。受过科学训练具有基本科学素质的人，大多数都能一眼看穿他这些观点的荒谬，他的观点也没有任何实验事实的支持，而只是主观意识极为强烈的所谓个人体验，批驳他的观点与具体学科无关，事实上它所探讨的主题也不是它自己的专业范畴。
问题在于，他这些观点是在挑战整个现代科学论证的基本底线，比如把科学与佛学等同，认为人体存在超自然力等，这都是与基本科学常识相违背的。
科学当然允许，有不同的观点，哪怕是一直看起来十分荒谬的观点。我们并不是说他不能有这样的观点，他当然可以拥有这些观点。他如果到学术刊物去投稿或是在学术讨论会去做学术报告，我认为都是合理的。但是，他作为一个具有较高知名度的名人，曾经的中科大和南科大校长，中科院院士，以这么耀眼的头衔去向公众宣传他这个与主流科学认知相违背的观点，这是一种极不负责任的态度。
由于朱清时的听众和粉丝群体当中存在着数量颇为可观的人群，他们在科学领域的训练方面相对匮乏，对于究竟何为科学方法这一概念知之甚少。正因如此，这些人极有可能会轻而易举地被笼罩在朱清时头顶那耀眼的光环所蒙蔽双眼，从而天真地认为只要是从他口中说出的话语便一定是正确无误的真理。每当听闻朱清时宣称有所谓的“新发现”之际，他们便会按捺不住内心的激动情绪，仿佛自己已然触摸到了科学界最前沿的奥秘。更有甚者，或许会不假思索地沿着他所指引的思维路径一路前行，直至最终陷入一条毫无出路可言的死胡同之中仍浑然不觉。
尤为令人担忧的是，朱清时的这份报告竟然如同瘟疫一般在网络世界中迅速蔓延开来，其传播范围之广、影响之大简直超乎想象。真不知将会有多少那些原本对科学饶有兴致，但却尚未深入掌握科学方法精髓的人们，会在不经意间受到他言论的蛊惑与误导。由此可见，这种行径所带来的危害堪称巨大无比，其性质更是恶劣至极，给整个科学探索的进程蒙上了一层厚重的阴影。
物理学家丁阳则撰文指出，朱清时院士并没有在用科学的方式进行研究，而是纯粹的主观感受：
最近几年，朱清时院士对“真气”理论颇为醉心，在微博上发表了《用身体观察真气和气脉》来解释“真气”是怎么回事以及与意识之间的关系。这次举行的讲座便是以此为主题。讲座中，朱清时表示，“真气可以产生强烈的生理感受，可以让身体发热、一念不生、并有极大的快乐。无论修炼时生理感受多强烈，事后都会身体轻安，感官敏锐，而且，智力还会明显提高。”作为科学界极有分量的人物，朱院士尝试用科学理论来解释这是怎么回事，他谈到“所谓真气其实就是这样一种保持生命力并让它越来越旺盛的机制，就是麦克斯韦妖。古人发明的禅定可以升起真气，就是可以产生更多更高效的麦克斯韦妖，保持和提高生命力。”
把“麦克斯韦妖”这么一个物理学概念与禅定、真气等说法结合在一起，对于受过足够科学教育的人来说，这实在是很难接受。但类似的做法朱清时院士近年来可以说是反复在使用，比如以“量子叠加态”来说明“没有意识就没有客观世界”，以“量子纠缠”来说明人的“意识”（灵魂）能够存在于宇宙之中。
满篇的科学术语，能否说明朱院士是在用科学的方式进行研究？
并不能。
对于绝大多数科学知识还停留在中学、甚至已经还给老师的人来说，并不懂得“麦克斯韦妖”“量子叠加态”“量子纠缠”到底是什么意思，看到朱院士自己亲身去“实践”真气理论，用科学术语来“钻研”科学与佛学、意识之间的关系，会想当然地认为朱院士真的是在搞科研，即使结论可能有问题，但做法是说得通的。比如点赞颇多的一个网友跟帖是这么说的，“他如果以科学系统的方式去研究真气，证实真气不存在也算科研成果。那如果证实了人体内存在脉络之说那不也是大功一件。研究怎样的课题没什么好笑的，关键看他怎么论证。”
朱清时院士的这套理论，用了很多类似“麦克斯韦妖”之类的科学术语。
但朱院士果真是以科学的方式在进行研究吗？这点令人怀疑。
例如，朱院士宣称真气可以产生强烈的生理感受，会让“身体轻安”、“感官敏锐”、“智力明显提高”，他还明确说这不是心理作用。
身为一名科学家，朱院士按道理应当深刻地意识到，此次所涉及的研究领域已然远远超越了当下医学界以及生理学界现有的认知范畴，其突破性之大甚至堪称具有颠覆性意义。然而，依据科学界一贯遵循的常规准则来看，任何超乎寻常的论断都必须要有极为坚实有力的证据来予以支撑才行。可是令人感到诧异的是，朱院士不仅未能提供出哪怕一丝一毫能够佐证其观点的实质性证据，而且对于为何他的主张会与业内普遍认同的理念存在如此巨大差异这个关键问题也是只字不提。
更为糟糕的是，他竟然丝毫没有将自己所谓的“科研成果”递交给同行业的专家学者们进行评审和讨论的打算。相反，他只是采用了一种几乎与那些云游四方的道士毫无二致的方式，将自身的发现以所谓亲历者亲口叙述的形式呈现给大众，并煞有介事地佐以大量看似高深莫测的科学术语，再加上一些杂乱无章、东拼西凑而来的案例以及似是而非的数据，企图以此来蒙混过关并让人们对他的言论深信不疑。
然而，这并不是搞科学研究的方法。
科研的正确做法应该是怎样的呢？这里不妨引用知乎网友“李简”的说法，“科学理论不认资历，只认逻辑自洽、可证伪性、可重复性、可预期性。逻辑自洽，即理论体系中可以存在未知的盲点，但不应该存在前后不一致的矛盾。可证伪性，即逻辑上允许‘反例一旦出现并被验证，就可以推翻该理论’这种情况。可重复性，即根据该理论、相关计算、实验得到的规律，不应当随时间和空间位置的变化而发生变化。可预期性，即根据该理论可以提出对未知现象的预期，并观察到这一预期现象确实存在。”
而朱院士的这套理论，不论是他微博上发表的文章，还是讲座中展示的ppt，都不符合真正的搞科研理论的方式。
而朱院士谈论“真气”和“量子佛学”的做法，更像是中山大学教授李淼此前在批评其“量子意识说”时指出的那样，“我们这个时代非常奇怪。当科学技术越来越发达时，越来越多的人依赖科技带来的各种便利，因此科学的话语权越来越大，使得一些人将科学看成一种万能的工具。另一方面，人们生活节奏的加快以及随之而来的压力，驱使一部分人到宗教那里寻找精神依靠。科学话语权霸主的地位，让某些宗教人士以及偏好宗教的人到科学这里寻找‘依据’。”
其实，近百年前鲁迅在《科学与鬼话》中就谈过这种现象，“现在有一班好讲鬼话的人，最恨科学，因为科学能教道理明白，能教人思路清楚，不许鬼混，所以自然而然的成了讲鬼话的人的对头。于是讲鬼话的人，便须想一个方法排除他。其中最巧妙的是捣乱。先把科学东扯西拉，羼进鬼话，弄得是非不明，连科学也带了妖气......”
针对朱清时在某中医学院做的演讲，儒学和佛学泰斗李申教授则在给我“怀疑探索者”的邮件中，指出了朱清时的一些具体错误：
……我忍不住想对刚才朱清时院士的发言发表一点意见。不揣冒昧，诸位原谅。朱清时院士的意思，是说现在的科学要研究复杂系统，所以过去西方科学那一套方法不怎么管用了。而应该用中国科学的方法。迎头赶上西方。
朱院士把西方的方法归结为实证+分析、推理，认为这种方法的基础是还原论，是一种简单化的方法。比如实验就是简单化。结果是“把复杂事物简化至几个定理、几个公式，最后用这些定理和公式推理出整个系统。”然而朱院士所谈的西方科学、中国传统文化、中医，都是个复杂系统。但朱院士却把它们都简化为几个概念。所以我认为，朱院士是用了西方科学的方法来批评西方科学的方法（当然，都是朱院士自己概括的西方科学的方法）。这是其一。
其二，我个人觉得朱院士对于中国传统文化相关方面的阐述，基本上都存在着可以探讨和争论之处。就像他所提出的观点——中国的认知方式乃是“经验加上直觉”，且将之归结为以“直觉以及顿悟作为主要的认知根基”，还美其名曰“直觉认知法”。这种说法显然是朱院士对中国古代认知方法这么一个繁杂事物予以简单化处理之后得出的结论。
要知道，顿悟这个词汇可是佛教专属的啊！它所针对的对象乃是佛陀所宣讲的那些真理，跟科学领域里需要去认识了解的客观物质世界完全就是八竿子打不着的两码事儿嘛！听说过吧？门捷列夫的那个着名的元素周期表竟然是他在睡梦中“顿悟”而来的呢！然而，咱们国家的那些高僧大德们，即便他们个个都是讲解顿悟之道的行家能手，但愣是没有哪一个能够通过顿悟而琢磨出元素周期表来呀！
由此可见，所谓的“直觉认知法”用于解释中国古代的认知模式实在是有些牵强附会了。
依靠直觉、顿悟，只能是一人一样。甚至一人就有几个样。这是不是中国古代科学主要的认知方法？值得怀疑。至少我直觉、顿悟出来的，和朱院士就不一样。
朱院士说，中国传统文化的“气”，到现在都没有弄清楚。鄙人写过一点关于气的书，朋友们也写过一些关于气的书。中国哲学，几乎从头到尾都在讲气。至于是否弄清楚，暂且不论。但朱院士说，“气实际上是大量细胞和器官相互配合和集体组装形成的一种态势”，却完全是瞎掰，不可相信的。
还有什么“天人合一”，首先明确这样说的是董仲舒。他说天是人的曾祖父。天是圆的，所以人头圆；地是方的，所以人足方。天有日月，所以人有两眼；天有阴晴，所以人有喜怒。更有人讲到人的毛发就是天地间的草木，面部器官有高低，就是天地间有山有谷。这样的天人合一，我认为在医学上不讲也罢。至于拿破仑，最后还是败于库图佐夫。因此，朱院士说“一个军队的战斗力，就看他们走步。”也难以令人相信。国民党七十四师走步绝对强于解放军，还是被解放军歼灭了。还有什么马蹄子少了一个钉，就要败军亡国。然而，损失一匹马、一个骑兵师，国家没有亡的情况也多得是。在这里，朱院士的思维方式不仅是简单的，而且是极其片面的。
其他问题还多，今天难以细说。总之，朱院士今天这个报告的整体思路，和其中所讲的主要论据，几乎都是不可信的。”