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在帝国军官培训学院成立的典礼上，朱祁钰担任了该学院的名誉院长，并且负责为第一期学员讲解部分战术课程。当然，陈懋才是学院的第一任院长。而在典礼活动上，朱祁钰正式宣布了帝国军队改制的大体方案。随后，一场轰轰烈烈的军队改编行动开始了。
帝国第二次军制改革的核心，是将原先的两级并行制改为了三级隶属制。这不仅仅是整个军制改革的核心，更是为了适应未来的远征战争所进行的最为必要的改革了。当然，这也是帝国军队战斗力再次提高的根本所在，如果没有这次的军制改革，那么帝国军队必然会被其臃肿的体系给拖垮，根本就不可能获得今后那些辉煌的胜利！
在实行二级并行制的时候，帝国军队是分成了中央军与地方军两种不同编制的。帝国中央军除了负责京城（南北两京）的卫戍与安全工作之外，主要的任务就是负责对外战争，在对外战争中充当主力部队。相反，地方部队则主要负责帝国其他各地的安全卫戍工作，只有在最为必要的时候，才会承担起为中央军提供后勤保障的任务！
从这两级编制来看，帝国军队之前是比较适合在周边地区进行征战的。对日战争，以及在南洋，西洋两地的战争，这一军事编制起到了很好的作用，是胜利的基础。不过，很明显的，这两级编制本身就存在着指挥机构并行，且过于复杂，不适合进行远征作战。且重复的指挥系统，只能制造出混乱来，这对军队征战是致命的威胁！
在两级编制中，帝国中央军的问题还不大，毕竟这是主力军团，且都受到皇帝的直接节制，并且由陈懋控制的帝国总参谋部负责具体的策划与指挥。相反，地方军的指挥体系却极为混乱。陈懋的总参谋部也负责地方军的指挥工作，不过，因为地方军还负责地方保卫与安全工作，所以又受到了政府的节制。实际上，地方军本身就类似于警察部队。要受到两套指挥系统的控制，结果就导致地方军内部的问题极为复杂。在征战时期，帝国的一切活动都是为了胜利，所以地方军中的这些问题还没有体现出来。但是，到了和平时期，地方军中的弊病就表现得非常地清楚了！
朱祁钰这次搞的军制改革，其最重要的工作，就是改变地方军本身的毛病，并且将军队从国内治安的任务中解脱出来，为成立单独的帝国警察部队留出空间。当然，这也能够更进一步地强化军队的单一性，将军队的力量都集中到对外战争上来，这样才能够更有效地发挥军队的战斗力，并且为今后的远征做好准备！
新的三级隶属制中，就不存在指挥机构并行的毛病了。在新的军事体制中，已经取消了地方军，并且集中了军队的指挥大权。这样一来，军队与政府就完全分离了，并且相互不干涉，政府所控制的将是今后成立的警察部队，军队则不负责国内治安任务，进一步消除了军队干涉政务的危险性。当然，最主要的，还是强化了帝国军队的战斗力。
三级隶属制中，国防部将负责全国所有军队的人事安排，卫戍部队的调动，以及军队的后勤物资供应，军人薪饷的发放等等。总参谋部则负责军队作战计划的制订，向国防部提交人事调动的请求，以及在战争时期负责军队作战的指挥工作，在和平时期根据假想敌的制订相关的作战计划，以及负责军队的训练，演习等工作。这两个部门中，国防部本身是由帝国内阁政府控制的，并且由国防部长直接向内阁总理负责（实际上是向皇帝负责）。总参谋部本身就直接向皇帝负责，而不需要向内阁总理负责。显然，军队的人事，以及指挥大权分属两个部门，而且分成了战时体制与非战时体制。不管是哪套体制，最终，军队的控制大权是掌握在皇帝手里的，这就是说，朱祁钰为控制军队加了一道双保险！
在新的军制中，占主要地位的仍然是帝国中央军。不过，朱祁钰则取消了中央军以集团军为最高编制的方式，准确地说，应该是为集团军换了个名宇，换上了更具有帝国特点的名宇。另外，各军的名称也有所变化。第一集团军改编为青龙军团，仍然由卫平担任司令官，陈豫为副司令。下辖谢正卿的第一混成军，陈豫的第二重骑兵军，卫平的第三重步兵军，马寿成的第二十一轻骑兵军（前西北骑兵军团的第一军），巴克尔的第十六轻骑兵军（前蒙古军团的第一军），以及各军团直属部队。
第二集团军改编为朱雀军团，仍然由罗国栋担任司令，杨天奉为副司令。下辖罗国栋的第四轻步兵军，杨天奉的第五重骑兵军，严广儒的第六轻步兵军，李天长的第二十二轻骑兵军（前西北骑兵军团的第二军），呼罗暂的第十七轻骑兵军（前蒙古军团的第二军），以及各军团直属部队。
第三集团军改编为白虎军团，仍然由田宗担任司令，胡沱为副司令。下辖田宗的第七轻步兵军，胡沱的第八重步兵军，张国涛的第九轻骑兵军，郭诤的第二十三轻骑兵军（前西北骑兵军团的第三军），哲别的第十八轻骑兵军（前蒙古军团的第三军），以及各军团直属部队。
第四集团军改编为玄武军团，由卫广担任司令，万军平为副司令。下辖肖国清的第十轻步兵军，万军平的第十一轻步兵军，林宝儒的第十二轻步兵军，呼兰的第十九轻骑兵军（前蒙古军团的第四军），温不里地第二十轻骑兵军（前蒙古军团的第五军），以及各军团直属部队。
第五集团军改编为麒麟军团，由祖百龄担任司令，副司令暂缺。下辖郭长龄的第十三轻步兵军，江伯涛的第十四轻步兵军。王志鸿的第十五轻步兵军，苗幕汉的第二十四轻步兵军，张仕超的第二十五轻步兵军，田壮的第二十六轻步兵军（第二十四到二十六轻步兵军都为前西北军团的军队），以及各军团直属部队。
从这里完全可以看得出来，军队编制的改变，实际上，就是将之前的西北军团，西北骑兵军团以及蒙古军团编入了中央主力军团之中。同时扩大了各军团的编制，由以前一个集团军三个军的编制扩大到了五个，甚至六个军的规模。不过，这其中却有一点非常值得注意，这就是各军名称的改变。
在此之前，帝国军队只有两种，即骑兵军与步兵军，而这次，骑兵与步兵又分成了轻重两级。这其中就有很大的玄机了。
重骑兵军团的最主要特点就是，配备了一些轻型火炮。并且其骑兵的素质远高于轻骑兵军，所用的战马都是优良品种，不管是从战马的品种，还是从军人的素质方面来看，重骑兵军都要优于轻骑兵军。其战斗力也强了很多，甚至具备了一定的攻坚作战能力，摆脱了以往骑兵部队在遇到坚城时的尴尬。当然，可以毫不犹豫地说，重骑兵军是帝国最为优秀的军团，也是帝国进攻能力最为强大的军团。当然，轻骑兵军的强项是速度，其速度是任何其它部队都比不上的。因此，轻骑兵军团类似于之前的骑兵部队，主要承担的就是突击任务。
同样的，重步兵军与轻步兵军的最大区别就在于，重步兵军的火炮配制数量远远地超过了轻步兵军。按照新的编制，轻步兵军已经不在步兵师里配备师属炮兵团了，全军仅一个军属炮兵团。而重步兵军不但有师属炮兵团，而且军属炮兵团增加到了三个，全军一共有六个炮兵团。显然，重步兵军就是为了攻坚作战，以及防御作战而准备的，不过，同时也牺牲了步兵的机动能力。相反，轻步兵军则尽量地保存了机动能力，在必要的时候，甚至可以直接改编为轻骑兵部队。当然，在实际使用中，轻步兵军的主要任务是负责后方的卫戍，以及后勤运送工作！
除此之外，帝国近卫军继续保留，不过近卫军的性质也发生了变化。在作战能力方面，近卫军仍然介于重骑兵与步兵之间。当然，毫无疑问的，帝国近卫军仍然是最优秀的军团，其战斗力丝毫不亚于重骑兵军团，而在防御作战方面，也不会比轻步兵部队差多少。
除了中央主力军团之外，朱祁钰还成立了专门的后勤司令部。这是一个由总参谋部与国防部联合指挥的军事部门。战时，由总参谋部向后勤司令部下达物资运送任务，然后由国防部配合后勤司令部负责为前线部队提供物资补给。而在和平时期，后勤司令部则负责为军队提供训练使用的弹药物资，并且负责配发各部队的粮草。当然，后勤司令部也就自己的直属部队，即由前地方军改编而来的后勤保障部队。
后勤保障部队采用单独的编制体系，并且随战争需要，可以直接从预备役部队中征用军队，以扩大后勤保障部队的规模。平时，后勤保障部队则负责在各地方驻扎，负责为五大主力军团负责提供粮草等物资，并且负责守卫军队的粮食，弹药仓库，以及储备这些物资的营地。
最后，朱祁钰成立了单独的预备役司令部。预备役司令部也是由总参谋部与国防部联合指挥的。战时，预备役司令部由总参谋部控制，负责向总参谋部提供预备役军人的相关数据，好让总参谋部根据军人的具体数量，来制订出相应的作战计划，并且负责为前线作战部队补充兵员。和平时期，预备役司令部是由国防部直接领导的，并且从总参谋部，其它情报部门获取相关的信息，确定预备役军队的规模。当然，还得负责训练预备役军队，为战争做好准备！
这套体系，其实就是从总参谋部到作战部队形成了三个级别。当然，处于最高位置的仍然是帝国皇帝。总参谋部在新的体制中的权力实际上得到了加强，其权限范围扩大了许多，并且具备了一定的人事与文职处理权。同样的，国防部与总参谋部形成了完全并行的，配套的体系，两者分别负责和平与战争两种时期军队的工作，并且都直接向皇帝负责，从而使皇帝在任何时候都能够将军队掌握在自己的手里！
在新的军事体制中，除了让军队摆脱了国内治安工作等非军事任务的烦琐事务之外，最重要的，还有两点，一是加强了帝国军队的战斗力，而是加强了皇帝对军队的控制。
从五大军团的编制来看，除了麒麟军团本身主要承担边境地区的卫戍任务，以及衔接前线与后方的后勤保障工作，都由轻步兵军组成之外，其它的四个军团都是混合编制，并且按照实际作战需要，其编制内的步兵与骑兵的比例有着一些差别。
毫无疑问的，最强悍的是青龙军团与朱雀军团，这两支军团的主体原本就是帝国第一批成立的两个集团军，而且都得到了西北骑兵军团与蒙古军团骑兵的加强，编制内既有重骑兵，又有轻骑兵，既有重步兵，又有轻步兵，都是全能型的战斗部队。当然，这两个军团也是主力中的主力，是帝国军队的两把利刃，也是朱祁钰未来进行远征时的军队主力部队！
从新的人事安排上来看，卫平，罗国栋，陈豫，杨天奉，胡沱，卫广这样的优秀年轻将领在军队中的地位得到了实质性的提高，而且各军的军长，到军团司令，几乎都换成了年轻面孔。而这些军长，司令都是对皇帝绝对忠诚的。再加上朱祁钰所建立起来的低级军官培养体系，那么帝国军队从低级军官到高级将领，都将成为皇帝的嫡系人员。这也就让帝国军队彻底地掌握在了皇帝的手中！