项绍宽在给洪磊的信里再三叮嘱，一定要沉住气，固守升龙。叛军占据地方是无法长久的，他们临时起事，缺乏充分的准备，武器弹药、粮食给养等都没有长期支持的能力，所以他们必然要选择速战速决。在升龙以逸待劳才是最正确的做法。
不过，即便如此，郑克臧和项绍宽还是担心洪磊的军事才能不足以应对沙场老将丁文左，又派遣福全带着绿旗兵回援。绿旗兵是这次昆明之役损失最大的群体，倒不是打仗不行，而是满人不适应南方天气，容易感染疫病，两营绿旗兵病故了近三百人，而在战场上战死的不过十几人。有鉴于此，与其留在昆明生病，不如让绿旗兵回升龙，多少也算一些战力。
昆明的形势倒是一天比一天明朗。前往劝降王屏藩的使者带回来了好消息，王屏藩听说吴世璠已死，毫不犹豫地决定接受郑克臧的招抚条件，就地易帜。当大明的侯爷，怎么也好过为毫无希望的吴氏卖命。
从陆陆续续逃回昆明的吴军散兵口中得知，吴世璠死亡的消息确实传到了贵阳，虽然郭壮图一再向大家强调，那是明军散布的谣言，但本来就军无战心的吴军根本不管是真是假。据一个逃回来的游击说，在他带着十几个手下逃跑之前，贵阳吴军已经逃散了十成里的三成，而明军连日的攻势又造成吴军大量伤亡。
既然如此，郑克臧便派郭壮勋充任使者，前往贵阳劝降郭壮图。山穷水尽的形势之下，不怕郭壮图不投降。
然而郭壮勋走到半路便折回昆明，原因是遇到了郭壮图的义子郭得胜，带着数百亲兵向昆明方向逃窜。据郭得胜说，有郭壮图的家丁从昆明跑到贵阳报信，告知吴世璠和郭氏的死讯，郭壮图自知无望，于是遣散诸军，自己悬梁自尽，贵阳很快就被刘国轩的大军占据，自己因为担心家中妻子儿女，所以仓皇跑回昆明。
事情如此之顺利，倒也出乎众人的意料。项绍宽和郑克臧商议之后，决定派员到贵阳请刘国轩到昆明商议云南驻防大计，同时派兵四处剿灭沦为土匪的吴军残部。
很快，升龙方面又有最新的军报送到。丁文左让丁炜带着从南方招募的两万多叛军在升龙的东面和南面驻扎，自己和孙子丁聪离开海阳，带着五千精锐前往夺取谅山。在项绍宽看来，这个举动尽显名将风采，看来丁文左不止是想要击败明军，而且想要截断明军退路，来个瓮中捉鳖。
若是丁文左的战略规划真的成功，升龙明军的处境还是相当危险的，从昆明派兵过去支援显然远水不解近渴，而且暂时也派不出更多的兵了，三万多明军在战场上列阵决战显得气势磅礴，一旦需要分散开去打治安战，就会发现哪儿哪儿都不够用。
不过，虽然洪磊军事才能一般，但手上有刘德杰和陈大定两员年轻悍将，应该足以应付。叛军固然人数众多，但装备很差，作战素养也高不到哪里去。另外，福全的援兵应该很快会到达升龙，这一次南征，福全的军事才能也得到了展现，虽然不是一流名将的材料，但用中上之选来形容倒也不算过分。
王屏藩那边也传来消息，王屏藩虽然一口答应了接受招抚投降朝廷，但人却待在镇雄府不肯动，仅仅是派遣副将陈君极前来递上降表。这个举动令郑克臧十分震怒，下令将陈君极扣留，派遣方光琛前去劝说王屏藩来昆明。
果然，方光琛的面子比较大，又或许是特别能言善辩，总之王屏藩跟着方光琛前来昆明，向郑克臧请罪。郑克臧将王屏藩痛斥了一番，让他回昆明城里的家中闭门思过，同时任命陈君极为署理都督，统领王屏藩的部众。王屏藩虽然愤懑不服，但也无可奈何。
刘国轩从贵阳用了两个月的时间才到达昆明。虽然只带了三千兵力以策安全，但这就意味着行动速度比起那些溃散的吴军还要慢许多。经历了多场大战，郑克臧、项绍宽和刘国轩终于再度聚首，整个云南大体平定，众人都欣喜不已。
在欢迎宴会之后，大家又一起商讨日后如何统治云南。朱丹赤认为，前明对云南的统治，是将沐英的家族封为黔宁王，世代镇守云南，这种封藩的方式比较有利于云南的稳定。但云南地形过于复杂封闭，封藩很容易造成割据的状态，比如吴三桂就是最好的例子。这一次征服云南的艰难程度，也使得大家都觉得，不能再让云南处于割据的状态，而是要如内地省份一般，用总督和三司来统治。
既然如此，那首先肯定是向南京军机处奏报，请许纬辰派遣大员出任云南总督。不过，短期内云南肯定还会陷于动荡不安，必须留下兵力驻守。刘国轩和项绍宽都认为，云南经过这次大战，产生了大量的土匪武装，土司们也因为吴氏政权的灭亡而蠢蠢欲动，今后几年云南需要强力的武将在此坐镇，随时应对可能的叛乱。留下的将领既要有作战能力，又必须对朝廷忠心，最重要的是，必须与吴三桂的旧部没有瓜葛。
以这几个条件筛选下来，曾养性、马宝等人都不合适，最佳人选就落在了陈世凯身上。陈世凯本身是湖广恩施人，在永历时代在川南山区作战，富有经验，自从在浙江投降大明之后，表现甚为忠心，而且战绩不俗。刘国轩还特别推荐，说此次明军三路进军贵阳，唯独陈世凯一军最为顺利，斩获也最多。郑克臧于是决定，任命陈世凯为镇西将军，留守昆明。
现在剩下最后一件事，就是升龙的平叛战事。就在处理王屏藩和与刘国轩开会期间，洪磊的战报又不断传来。丁文左夺取谅山的计划顺利成功，对明军实现了合围，但明军在南线却非常轻松地击败了丁炜的叛军。两万多叛军看上去声势浩大，但战斗力确实不怎么样，而且一旦战局不利，就溃散奔逃。两万多军队被明军斩首五千多人，丁炜本人也中炮身亡。
而后，在刘德杰的指挥下，明军迅速向北运动，对谅山发起进攻。丁文左不愧是一代名将，在一个月的时间里就在谅山一带筑起了坚固的防线。明军的攻坚战打得相当艰苦，虽然有热气球和重炮的加持，还是一连激战了十多天。最终，丁文左的营垒全部被明军攻陷，丁文左和孙子丁聪一起被俘。有鉴于丁炜已死，洪磊也不想再杀死这对祖孙，决定将丁文左全家都迁往升龙城监视居住，以防再被人挟持利用。
接下来，洪磊让莫敬光颁下一道诏书，宣布赦免剩余的叛军，只要叛军向当地官府自守，交出武器回家务农，就不再追究。经过这场大战，黎氏余党无论是数量还是士气都遭到了极大的挫折，短期内应该不会再成气候。
项绍宽得到了洪磊的这个好消息，一再向刘国轩夸奖他的好儿子刘德杰，果然是青出于蓝。刘国轩也对刘德杰的表现十分欣慰，说等将来见面一定要好好地奖励这个孩子。
于是郑克臧下令，明军留下三十营共一万五千人马，由陈世凯坐镇昆明。其余兵马分南北两路班师。