朱翊钧开始主政时，对运河的管理重视程度不是很够。他毕竟不是经济学家，以前也没研究过运河历史，因此心中对运河在帝国治政方面的地位认识高度没有张居正、王国光等人高。
到了万历三年，朱翊钧对运河的认识高度终于和张居正拉平。主要原因为两年来张居正等阁臣对运河管理的极度重视，凡有总漕奏章，张居正必然长篇累牍的分析利弊，往往还要请见，潜移默化改变了朱翊钧的想法。
张居正多次对朱翊钧指出，因为京师为帝国核心，军、民人口稠密，华北平原的产出不足以供养，因此江南转的运粮米成了帝国命脉所系。
有一天张居正再次请示漕运事的时候，对朱翊钧形容漕粮的重要性时说道：“一日不得则饥，三日不得则不知其所为命。”这句话让朱翊钧深感悚惧。
后世之人生活在物资极度丰富的年代，对物资紧缺缺乏感性认识。朱翊钧穿越到皇帝身上后，生活中的一些不便利的地方，包括后世的一些享用，都一一命张宏、张鲸等人予以解决。
朱翊钧对生活品质要求较高，例如卫浴设施、日常生活用品的开发使用等事，这两年已经逐渐从宫中向外扩散。除了家用电器朱翊钧暂时没办法外，其余的享受和后世没有太大差异。
正因如此且穿越到皇帝身上，朱翊钧对民间的生活状况了解的并不是太多。
各地情报和银章直奏所述民间困苦情状，文字高度概括，例如“人庐漂浮过万”或“大饥，饿殍满地”之类，并无细节描述。朱翊钧当时看这些奏章，像是在看历史文献似的，并无切肤之感。
但是张居正当日向他所说“三日不得则不知其所为命”时那恐惧的眼神，严肃的神情，让朱翊钧猛然发觉，尽管在这个世界已经生活了两年，自己与这个世界却一直是疏离的。
这种感觉很荒谬，又很真实，像是一把匕首划开了朱翊钧穿越以来一直包覆着全身的软膜一般，使他第一次产生了与这个世界产生了血肉联系之感。
这种感觉在那日后，变得越来越清晰，体现在日常和两宫、幼弟、妹妹等家人的联系之间，体现在他与孙乾、魏朝等人一起生活的点滴之处，越来越把他同化、同感，使之与本时空的大明越发的共情、共鸣。
这时候的朱翊钧，回首再看两年来的施政，诸多孟浪之处一一浮现。
朱翊钧反思自己，两年来嘴上说着惕励亲民，但早就和人民群众之间断了血肉联系，自己身上的本就不多的“党性”早已千疮百孔。
又反思自己，两年来对待政事，如同在打游戏通关一样，随意的摆布着这个世界，却忽略了自己每一道命令，都涉及着千万人生死存亡。——如果时间回拨到两年前，很多事情处理的会好很多。
把这种心境与刚穿越来那天经筵时被权力迷醉时相比，朱翊钧觉得自己进阶了。他对皇帝的身份认同感越来越强，而对自己身上担负着的使命与责任，认识也越来越深刻。
以这种心态来看漕运，朱翊钧终于体会到了，这条大运河的每一次变革，都关乎运河两岸数以百万计的生民身家性命。
若不能妥善处理化解矛盾，如同改革盐政那般随意兴革，不知多少人将家破人亡。因此，他很慎重的先祭出法宝：调查研究。
随着一件件调研报告的反馈，到了万历三年六月份，朱翊钧终于构建出京杭运河的整体印象。
总漕和中央、地方之间的关系，运河上下的阶层分布、赖以为生的人群结构，运河和各大水系之间的有机联系，朝廷现在的漕运体制有何种弊端，都事无巨细的勾勒出来，并最终让他——一个与众不同的皇帝，找出了解决问题的答案。
心里有了底，下一步就是统一思想。朱翊钧正盘算时，屡败屡战的王宗沐于八月中再次建议朝廷，欲行海漕。
这下子可捅了马蜂窝，伴随着暴风骤雨般的弹章，王宗沐这个总漕位子开始摇摇欲坠。朱翊钧连续在各种场合放风，下毛毛雨，保着王宗沐。同时下旨户部，令其提出对再行海漕的意见。
八月三十，户部奏章送六科备案后报内阁，侍从室又将之列为朱翊钧详看之章。朱翊钧见其内容为：
“先，该大臣叙海运之功，臣等谓万世之利在河，一时急用海。今该漕臣议增海运二十四万石，臣等以为海道风波难定，但当熟悉此路，以备缓急，不必加征。昔者给事中张涣等议与臣等同，并言隆庆六年漂没粮石，该大臣发银买补。臣等不意宗沐之明达，竟弄巧成拙至此。”
“但事出风闻，难以深求。当时臣等以为首事勇敢之臣，可以情恕，以观后效。然万历元年又七船漂没，亡者十五人，臣等以为粮可补而人命不可补也。”
“臣等查元代海漕，不遇风浪而漂没者十之有三。诚可见海运之不行者一。海运必用千料船，驾者一船百人，运米千石。若计河漕，则海漕一可办河船十，运卒少而无倾覆之患，此海运不如河漕者二；”
“若如元专海运，必设了望之卒，备扞御之兵，以防剽掠。若用河漕，盗贼不敢窥也，此河漕利者三。”
“故臣等议，海运自万历三年始，止以十二万石为则，以备急用海。伏乞圣裁。”
朱翊钧览奏后心里很不痛快，批答道：“朕览尔等奏章，竟尽言海运之弊，不言其利；尽言河漕之利，而不言其弊。天下有此等有利无弊、或全弊而无一利之事？朕早以“求是”之纲要反复絮言，你等奏章全不见此，预设立场，其心难正。”
“隆庆六年事，给事中风闻奏之，因皇考大行，朝廷并无定论——如何又来说王宗沐‘弄巧成拙’？尔部奏言，言辞假惺惺，甚不庄重而失于臣体。”
骂了户部一顿后，朱翊钧又写道：“内阁辅臣见此奏章，不求甚解，而以‘请圣裁’覆奏。此为‘求是’之意乎？”
“令内阁申饬户部，认真调研，详查复奏。若再有不能实事求是之论，未经查实而虚言利弊者，叱责！”
张居正因统筹水利等大政，将户部事务都交给张四维处置，这奏章他根本没看。等司礼监将皇帝批红发下，张居正看完后也火冒三丈。
将张四维叫到自己的办公房，张居正大声骂了他能有一刻钟，差点把奏章摔在张四维脸上。张四维一声不敢顶撞，低着头听训。
张居正发过了火，又觉得自己有些过份。缓和了语气对张四维道：“凤磐你已入阁好几个月，皇上的脾气还没摸透？皇上治政，唯“实事”、“求是”几个字，多次会议，反复强调，你都没听懂？”
“户部若能出于公心，必论海漕之利，再言海漕之弊，并与河漕相较。万历二年下半年以来，各部奏章若无利弊相较，详情支撑，都不敢上奏本章。如何这事情上能犯了糊涂？”
“还是欺你经验不足，并以大言蒙蔽圣聪。以皇上之明，能被这些混账行子糊弄了去？此后切记‘实事求是’四个字，若不能持此心谨慎办事，叱责少不了！”
张四维唯唯称是，苦笑道：“元辅，此事是我错了。给事中贾三近等人也有本章议论海漕，其辞甚为辛辣。我没敢上报，怕气着皇上。现今诸臣无一言海漕好的，户部奏章还算公允——”
张居正听了，又有些虚火上升。低声批评道：“我等阁臣，焉能阻塞言路？每一本奏章，都不能扣下！若有不妥之处，建议其重新上奏，也比你这般押在手里好。”
张四维让张居正稍等，自己回房间拿出那本奏章，回来递给张居正道：“我正打算找贾三近谈谈，元辅先看看吧。”
张居正看贾三近奏疏，里面先是说了海运不可行，其后就是张四维所说的辛辣之辞：
“陛下将王宗沐奏章交户部议，或有复海漕之意。臣以为世有夷途，安取九折坂；人有参苓、姜桂可以摄生，何试命乌附以苟万一？此智者不取，愚者也必哂笑也。乞敕详酌，将海运停止，额粮尽入河运。”[注1]
张居正见他奏章所言，果然对皇帝甚不恭敬。最后一句对皇帝近乎下命令了不说，其中类比，也隐约有嘲弄之意。
他心内冷笑几声，目光转冷，对张四维道：“给事中奏章，内阁更不能压。你我贴黄切责之，然后上奏吧。”