七月，陈冲率司隶及凉州各部返回长安。
再一次回到干爽的关中大地，眼前的一切都令陈冲感到熟悉：沿路青雀的啼叫，阡陌间农人成堆的粟米，道畔不时露出几朵的黄白菊花，还有悠悠不绝的渭水流淌声，让他感觉自己只不过是携众刚刚离开，毕竟上次大军离开关中的时候，沿路也是这样的风景。但陈冲并不感到惬意，他也知道，这不过是人世的表面。生活往往就是用数年的波澜不惊来让人松懈，然后在一个瞬间给人予毁灭，这是过去的岁月给他的教训。
回到长安后，陈冲没有立刻解散诸军，而是大作人事调整。在火石埠一战后，他对编制打乱后险些为东军覆灭的场景心有余季，时常为之深夜惊醒。虽然事后大家议论说，这是军中军纪不严，求胜过切的缘故，只要日后多强调军纪，便可以避免。但陈冲以为，战场形势千变万化，总有些出人预料的情况，一味强调军纪也并非万能，还是应当从军制上做更多的考量。
在雒阳之时，他心中便已有了大体的想法。自炎兴元年以来，两府诸军虽越建越多，但人事上却逐渐散乱。各校尉将军虽隶属两府，但相互之间并不协调，所辖也不熟稔，如无主帅参与指挥，亲自调动，往往在战场上各自为战，胜便穷追，败则独退。在少量精兵时这些问题还不算明显，但一旦参与十万人以上的大会战，这种问题便难以忽视了，更别说编制被打乱的情形。
故而陈冲总结，应当在诸郡、镇、关军之上，再设新职，以便统筹全局。与刘备荀攸几人议论后，他们大多同意陈冲的观点，只是此举牵扯到数十万将士，不可骤然改成，所以他们提议，还是由司隶府在关中先行尝试，等初见成效后，再推广全国。
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于是陈冲改司州诸军为中军，并将原为宫廷禁军的北军并入其中。重设朝中废弃已久的卫将军一职，由关羽任职，以此为中军之首。
在卫将军之下，陈冲设军师两人，负责辅左主帅，谋划军事，由钟繇、皇甫坚寿任职；督军一人，负责维持军纪，赏罚士卒，由董越任职；护军一人，负责守卫中军、传令通讯，由徐晃任职；领军一人，负责讲兵习武、征辟良才，由赵云任职；典军一人，负责典清财赀、辑录人事，由虞翻任职；参军一人，负责审核校对、查漏补缺，由刘琦任职。
各郡兵也不再以郡为别，由此被整编为中垒、屯骑、虎贲、骁勇、步兵、射声、轻车、金关八师，分别由胡轸、朱皓、张绣、射援、羊衜、裴潜、杨秋、马岱、王盖率领，各下辖五千人。
在整军之余，陈冲还借此时机，重新厘定军中将士的军功爵位。
二十级军功爵本属秦制，是商鞅为推崇国家耕战而建立的军国制度，秦国不仅因此练成一支纵横六国的强军，也发掘了诸如白起王翦这般的不世名将，这才得以统一华夏。到高祖建国时，依旧沿用此制，以为国本。高祖曾于白马之盟时明言：“非军功者不封侯”，便是此意，由此也方有大汉百年之兴。只是发展到今日，八级民爵沦为虚衔，十五级以下爵位泛滥，基本失去了原有效用，唯有关内侯与列侯两级尚还实用。
然而爵位与服役、授田等诸项制度相关，事及全民，如今若想完全恢复，全不可能。陈冲便退而求其次，只想在军中重新厘定军爵，使俸禄决于爵位而非职位。陈冲心想，一旦再出现编制打乱的场景，即使来源杂芜，军职互不统属，士卒们只需根据军爵明辨地位，也能临时组织新军来执行军令，这便是最大的好处了。
整军自七月开始，一直持续到九月下旬，总算才勉强结束。而后关羽自河东前来就职，领着中军八师到上林苑周遭射猎集训。如此一来，当地的百姓又称呼中军为上林军。
转眼到了深秋时节，马上就是霜降了。气温最近也凉得很快，有些人只是添衣慢了些，便染上了风寒。有人说起张仲景以饺子治伤寒的故事，于是关中家家户户都煮起了饺子，街巷之间一时面香四溢，令路人极为陶醉。
这一日，陈冲在小宅中稍歇。此时正是午后，太阳微微西移，但阳光还是极为和煦，故而陈冲把竹榻搬到后堂无风的水井边，一丛粉色的寒菊旁，然后躺在上面，在眼上遮了块黑布小憩。年纪大了后，他的精力也大不如前，故而晌午时总要歇息两刻。
但正当他将睡未睡，意识模湖的时候，前院突然传来数人的脚步声，而后停住了，少顷，董白微微摇醒他，轻声唤道：“庭坚，庭坚。”
陈冲勉强睁开眼，见董白对他笑了笑，听她说道：“长文来了，说有急事找你。”
陈群所来不是为了他事，而是因为一份表文。等陈群将表文原本交到陈冲手中，陈冲瞥了一眼开头，发现龙飞凤舞的“臣衡上奏”四字，顿时哭笑不得，他不由无奈地想道：“该来的总还是会来啊！”
写这封表文的不是他人，正是尚书郎平原祢衡。文章的内容也非常简单，就是弹劾司隶校尉兼尚书令陈冲，与大将军兼并州牧刘备。表中直言他们近几年来对内把持朝政，专权独断，逼陷良才，自成一党，对外又损兵折将，徒劳无功，大损国威。
他又提起陈冲曾经的言论，说其承诺待天子二十之际，奉还帝政，如今期限已至，为何还不归政？细究这几年的失利，无非是因为国家君臣失位，纲纪不振，朝堂有重臣失德，才让民间争相效彷，怀有祸心，如陈冲灭门而不去职，张飞父死而不服丧，且保有贾诩、张绣等董卓余孽，失德已甚。
如果话尽于此，倒也罢了。只是祢衡写到兴处，还写道：“项羽重童，尚有乌江之败，陈冲一目，岂为赤县所归！”当年陈冲曾为董军射塌眉骨，不料今日竟被祢衡直接骂上了。后面还有讥讽刘备卖履出身，老革粗鲁，空有大耳，却不晓纳言从善等言语，陈群荀攸一流更是被骂得体无完肤，被嘲笑是“从屠沽儿”，意指卖肉说价的小二而已。
在最后，他还堂而皇之地附了一份联名表，名字并不多，但每位都是极出名的文士。诸如有“陈寔第二”之称的赵戬、陈冲亲自提拔的“茂陵白马”耿纪，甚至还有“荆北终军”魏讽等人。
即使是涵养极佳如陈冲，看完表文也不由生出几分怒气，但他随即以冷水洗面，很快又冷静下来。一面用毛巾微微揉脸，一面问陈群道：“祢衡现在何处？”
陈群答道：“上表之后，他便回家了。我听人说，他家连棺材都备好了。”
陈冲不由失笑，心想：这年头居然还能遇上有人死谏，真是不容易。随即又问道：“他是尚书郎，台中无有议论吗？”
陈群如实说道：“台中确实有议论，不过多是议论他上表的缘由，除此之外，再就是夸他文采过人了。”
原来祢衡入朝为官，一直自视甚高，在西京中佩服的不过是陈冲、孔融、杨修等寥寥数人而已。但陈冲一直忙于公务，所以他也就只与孔融、杨修交好。不料炎兴七年的大乱，两位好友竟皆因陈冲先后离世，这让他难以容忍，并以为陈冲无能。就连平素名士之间的相互清议，他也多贬否陈冲，笑其为瞎龙。
陈冲对他的所作所为早有听闻，虽并不打算追究，但也知道他早晚会上表，闹众人一个难堪，所以还为此提醒刘备。此时终于得见此文，陈冲又信口问陈群道：“他不会给霸府也发了一份吧？”
陈群苦笑道：“这是自然。”
果然，过了半月后，祢衡送往霸府的表文被法正送回西京，表文下刘备正面用朱笔批了八字：“芝兰当道，不得不除！”反面又用黑墨写道：“此人贼性难改，舌上有毒！尔若不杀，我不惜名！”
虽只有短短二十余言，陈冲已能想象刘备怒火中烧的模样，他又想起分别前刘备承诺不杀的言语，心里又是好笑又是叹息，他对法正说：“孝直久处晋阳边防，不得歇息，不如先在京中暂休几日罢。”
法正闻言便知陈冲用意，明白龙首是打算把此事拖过去，以不了了之处理。法正也向来尊重祢衡的文名，故而心下对陈冲的决议赞赏，继而非常识趣地笑答：“消遣就算了，不过听闻使君编练新军，颇有成效，我还打算去观摩一二呢！”
但祢衡上此表文，在政治影响上确实极坏，陈冲也不可能全无处理。微微斟酌后，陈冲改任祢衡为银川都尉，让他到满是叛羌的银川郡安抚羌民去了。至于祢衡的表文，陈冲将其表装在榻前，每日观看默念，以此励精图治，不负初心。