自政变以来，司徒王允一直留在尚书台视事。
根据吕布在前线的推进进度，他不断地更换三辅地区的各级官员。短短一月之间，三辅的官员更迭多达二百余人，而其所用所出，多是出自于原司徒府。王允日以继夜地安排这些政务，也终于可以说，他对三辅地区的掌握，恐怕是董卓也不能比拟的。
等到月末，司徒终于收到他想要的消息：吕布成功攻占郿坞，并将董氏族人尽数族灭。这使得他长舒一口气，马日磾、士孙瑞等人也对司徒恭贺道：“攻破郿坞，董氏灭亡，总算是还天下一个朗朗乾坤了。”
但不料王允丝毫不见欢喜，表面严声厉色，竟说道：“董氏执政三年，为祸的岂止是这些人而已？我们身为国家重臣，正要除恶务尽！请诸公千万莫要懈怠！”
王允这番话自是有他的道理。吕布已在书信中向他说明，攻破坞堡后董氏还有三人失踪，不过三人年龄太小，难以成事，也不足为虑。重要的还是在河东的牛辅军团，牛辅身为董卓仅存的女婿，是剩下的凉人天然的首领，一日不除牛辅，凉人便可能拥立牛辅为主，继而造反复仇，朝廷也便一日不能安宁。
只是当如何除去，这却是一个问题。司徒与百官商量此事，他的本意原本是想让公卿与他联名上表天子，宣布牛辅为叛逆，而后商议计策，如何派兵征讨。孰料朝会上他还未说出意见，诸如赵谦等人的大部分朝官都说：牛辅在朝野里对我等还算和善，不如先招抚一番，若其识得大体，又何苦妄动干戈呢？
众人议论之下，很快连使者的人选都商议好了，等他们询问王允的意见时，看见的却是一副极为冷漠的脸色，这才让人反应过来：朝会开始后，司徒还没有表明态度。
显然王允不同意与招抚一事，但他看见众意难违，就说：“此事关系重大，先让我好好思量一番。”言下之意是此事暂且推后。这让参会的朝官有所失望，但转头想：好恶乃是人之常情，司徒既然敢冒生命危险，为国铲除祸患，可见心怀社稷，终究还是会以大局为重的。
但他们料想不到的是，王允一回家中，便又招来自己的亲族与亲信，与他们商议说道：“董卓经略朝堂三载，威行天下，满朝公卿皆受过董卓恩惠，心中真正怀有天下的，可谓寥寥无几了。
如今董卓虽死，可朝中余党却如竹根盘踞，他们如今虽假作投诚，可终究心念董氏，今日便想招抚牛辅，明日又意欲何为呢？一旦牛辅率兵过来，他们必将继续为祸！如今朝廷已下三辅，又有郿坞钱粮在手，已不惧外敌，当务之急还是要消除内患啊！”
一旦司徒除去更多政敌，提拔的还能是谁呢？故而他的幕僚们对此都深为赞同，只有其子王景质疑道：“大人，如今是非常之时，大敌未除，我们还是当以安抚为先啊。正如大人所说，董卓党羽众多，可越是如此，就越容易激起内乱，到那时又用什么抵御凉人呢？还请大人三思啊！”
但王允手捻胡髯，果断地答说：“我连董卓都能诛杀，他的那些党羽，才能不能及董卓十一，又能有何作为？小子多虑了。”
于是定下了先铲除董卓党羽的方针，王允以为，董卓能够驾驭群臣，正是由于他们畏威而不怀德，自己正当暴起立威，令他们不敢再做二想。但从何开始着手呢？这确实让王允头疼了几日，但很快，有人给他送来一个极好的理由。
六月初二，皇甫坚寿向朝廷上书，自陈车骑将军皇甫嵩非是病重，而是两月前为董卓赐死，逼令他不得发丧，如今董卓既除，他向朝廷请求为父亲发丧，并希望朝廷能够赠予父亲一个谥号。
这件事整个长安城都心知肚明，并且都因此惋惜不已，甚至可以说整个长安政变能够成功，也都是因皇甫嵩被董卓赐死，而王允说服吕布兵变的缘由，也正是“皇甫嵩”三字。现下皇甫坚寿挑明此事，也是希望接这股潮流，能够给父亲留一个好的身后名。
百官都觉得这是理所应当之事。毕竟皇甫嵩虽短暂为董卓所用，但任职期间，尽职尽责，董卓每每与人产生龃龉，他都持正相劝，不少士人因此才得以保存。且又有重创黄巾与西凉叛军的军功，虽有自爱过甚之嫌疑，但对朝廷，也算仁至义尽了。因此，京官们在朝会上讨论，觉得追赠一个如景、昭的美谥也不为过。
但司徒却不同意，他坐在天子身侧的席位上，淡淡说：“景、昭未免过矣，应当再议。”
这是在朝会之上，士孙瑞、张喜等人事先都没有与王允商议过此事，此时听闻王允如此言论，心中都想，莫非司徒想给个平谥？于是第五儁先上前问说：“不知司徒欲以何为谥？”
“不如缪字妥当。”
这话顿时掀起轩然大波。名与实爽曰缪，意指言名美而实伤也。众人本以为王允最多取一个平谥，却不料他竟直接选取了一个恶谥。这让许多朝官都难以接受，如司空淳于嘉就激烈反对说：“车骑虽有小过，但有大功于朝廷，如何能于死后诽谤？我等能够延续至今，诛灭董贼，难道就没有车骑的遗泽吗？司徒过矣！”
可王允竟露出冷嘲的颜色，当众批评道：“若当真是皇甫义真的遗泽，我哪里还敢起兵诛杀董贼呢？尔等可知道，我为除去董卓夙兴夜寐，可皇甫义真坏了我多少大事！”
于是司徒将自己这三年来，与皇甫嵩的往来一一陈述，说到皇甫嵩数次拒绝时，他言辞激烈，显然对此耿耿于怀。而后更将自己陷害皇甫嵩与诛杀董卓的计划细节公之于众。
他说完，朝会众臣鸦雀无声。
沉默了好一会，五官中郎将蔡邕走上殿中，哀声前道：“君子为人处事，当光明正大，而百官身居高位，更当做天下之楷模。司徒于非常之时行非常之事，除暴戾，兴忠孝，天下之人无不钦佩，都是因为司徒心怀社稷。但如今大业方兴未艾，正是要给天下显示品德的时候，司徒如何能以申白之术乱天下人心呢？还请司徒慎言啊！”
他本欲再说多些，说大臣之间如此中伤构陷，太过影响军心士气。凉人原本颇受皇甫嵩之死影响，都以为是董卓昏庸滥杀，故而士气随之低落；可如今司徒自己将这些公之于众，他们便会认定是朝堂黑暗，士人欺辱太师，继而同仇敌忾，导致大义之名反在叛逆手中。
可他直视王允那熊熊烈火般的眼神，终究将这些话咽下去了。
但这些话蔡邕不说，王允也能明白他想说什么，他拍着桌案，冷然道：“蔡公如此言语，是说董卓与皇甫嵩罪不当诛吗？”
蔡邕还欲分辩，王允一声断喝：“够了！”朝中百官都是一抖，众人惊愕间，他急声骂道：“董卓猖狂，就是你这样的人太多！我每日出入幕府，见尔等借着董卓的威风登上高位，尸位素餐，不思报国，反而助纣为虐。竟到现在还不悔改，尔等莫非以为，吾之刀剑不如董卓之快？”
说罢，他当即呼唤宫中侍卫，下令将蔡邕关入诏狱。这一切发生得太快，剩下那些本来还想劝谏一番的大臣们，如今也不敢言语，就转而注视着蔡邕。蔡邕年岁已大，发髻已是半白，身体也较为虚弱，如今戴上镣铐，才走上几十步，整个人便显得疲累不堪，以至于跟随侍卫走下殿阶时，还需要侍卫搀扶，众人心中顿生一种悲怆之情，不少人都低头不忍再看。
趁此机会，王允又禀告天子，下令追责，将那些进入过董卓幕府，而又没有参与反董事宜的朝臣，一并革职问罪。而后又多拔擢被董卓罢黜的原袁氏掾吏，以表明自己对董卓旧党绝不姑息的态度。
当夜，太尉马日磾前往司徒府上，对王允劝说：“人非圣贤，孰能无过呢？司徒这样苛求同僚，只会让人人自危，人心沦丧，这又是何苦呢？即便如此，也不能在朝上直接逮捕蔡公啊！蔡公文坛领袖，士人仰慕，怎能如此处理？又有陈庭坚为亲，司徒如此处理，是想与并州结仇吗”
王允听得大不耐烦，看在马日磾也算是与他长久共过患难的情面上，他只是微作斥责道：“翁叔怎么也说这种话？蔡伯喈若非文坛领袖，我还真不会如此处置，文坛领袖，天下楷模，竟心怀董贼之旧恩，天下人当如何看待我等？刑乱国用重典，我必杀其以正天下！君勿复多言！”
到次日，又有大量士人上表求情，希望王允能够暂缓对昨日朝臣的处置，最少也要从轻发落。而蔡邕自己也上表道歉，希望暂受黥首刖足之刑，以续汉史，修史功成之后，再受死刑不迟。其中又有钟繇上书说：“蔡邕与陈冲有亲，司徒杀之，恐结仇于并州。”王允受此压力，这才略有转意，但他对于其余人等，就说不上仁慈了。
即不将书表全部驳回，也不公开处刑，但蔡邕还是下定决心，继续将相关人等关押在诏狱之内，在狱中断绝饮食，又加以鼠虫侵害。
董卓生前常用诏狱关押犯人，入狱之人多达百计，但多还能在狱中生活数月，政变之后，生还者十之八九。
而在王允治下，未过五日，除去蔡邕外，还有二十七名董卓幕僚入狱，皆死于狱中。