咸和三年二月中，苏峻攻下建康，太后庾文君，司徒王导，光禄大夫陆哔，谢尚、刘靖、陶回、刘超、段秀等苏峻让他们各司其职。此前之事不再过问。
苏峻命人为司马宗平反，说：“昔日庾亮擅权专政，宗室受难，今日得以平冤昭雪！”
苏峻跨步入殿，剑履不解，小皇帝司马衍万分惊恐，问道：“爱卿，还有何事啊？欲给何人加官进爵？我…我定会答应！”
苏峻跪下说：“陛下明见，臣不敢有事欺瞒陛下！”
于是苏峻上奏，奏书中写道：“恢复司马羕西阳王的爵位，并追加太宰，录尚书事。又将麾下许柳改任丹杨尹，加封参军任让为左卫将军，祖涣为骁骑将军。”
司马衍正要走下台阶接过书信。
苏峻大喝一声说：“天子不可降阶！天子怎可屈身以事臣？”
司马衍被吓到，却强装镇定说：“大司空所言极是。天子怎能随意降阶！”于是命旁太监黄见去接过奏书。
司马衍从袖口中掏出四寸左右大小的印玺，盖了上去。
颤颤巍巍的说道：“准…准奏！”
苏峻接过诏书，跪拜说：“陛下圣明。”然后转身离去。
此时赵固将钟雅到来，见到苏峻。
苏峻说道：“当受车裂之刑！！！”
钟雅喊：“且慢！你若杀了我，难道不想知道庾亮何在！”
苏峻说：“你可知庾亮身处何方？”
钟雅说道：“知也！”
苏峻于是说：“将钟雅下狱，严刑逼供！”赵固将钟雅压走。
庾怡、庾怿没来及出城，被苏峻抓获。
苏峻问二人，“你们可知，你族兄庾冰，庾翼何在？”
庾怡说道：“庾冰死于乱兵，庾翼已投石勒！”
苏峻说：“胡言乱语！”
又命赵固将庾怡下狱，苏峻又看向庾怿。
苏峻问道：“你可知二人去向？”
庾怿连忙跪下，叩头说：“庾冰远逃吴郡，庾翼逃至晋陵！”
苏峻说：“我此行只为诛庾氏兄弟，你如此大义灭亲，就饶你一命，贬为庶人吧！”
庾怿跪下感谢道：“谢大司空宽容！留我一命啊！”
苏峻于是命韩晃和樊雅进晋陵搜寻庾翼。
苏峻来到太后寝宫，庾文君得知命女儿司马兴男躲于后屏。苏峻径直入殿，见到太后庾文君。
苏峻搬来胡凳坐着说：“臣前来拜见太后！”
庾文君说道：“之前王敦作乱，也没能如你这般！如此无礼！”
苏峻站起来说：“先帝离去之时，告诫于臣要辅佐晋室！你们庾氏乱政！祸国殃民！我清君侧！有何不妥？”
庾文君说道：“天下有你这等祸人！”
苏峻说：“臣闻天下姿美之人，皆聚于后宫！太后可荐一人，以侍臣也？”
庾文君惊恐说：“皇天在上，你欲行何为？！！”
苏峻说道：“太后勿要惊慌，太后已是丧夫寡之人，我断然不会取舍！固索求太后，赐家女与臣！”
庾文君说：“欲求何人？”
苏峻说道：“司马兴男！”
庾文君说：“宗室之女，不能外嫁！且兴男年岁尚轻，不能应允！！”
苏峻于是说：“太后好自为之！”
苏峻说完，将太后殿门封死，命下人道：“每日一饼，以为此母女二人充饥！”
苏峻出殿，此时卞咸说：“建康已然破败不堪，此时不如挟天子而令诸侯！！”
苏峻于是召集幕僚，说：“庾氏逃匿，必然窥伺我等！现我等手中天子俱在，众卿以为如何？”
祖涣说：“将天子迁入豫州之地！以为掌控！”
苏峻回：“不可，现石勒南下，祖约疲于奔命，此时若再引温峤、陶侃等人前来征讨，必然大败！”
赵固说：“不如将天子带回历阳，以为掌控？”
苏峻说：“不可，沿途朱绰、公孙成、刘建等人甲兵俱在，我等疲于应付，万一天子被他人擒获，岂不是为他人作嫁衣？”
许柳建议道：“不如攻下石头城。石头城中城防坚固，如今建康已然破败不堪，我等将建康城内所剩之物，带入石头城，后挟天子而令诸侯！再令祖涣等人，带军进攻刘建，朱绰等人，待清剿完毕，再将天子迁于历阳！”
苏峻说：“此不失唯一妙计也！”
苏峻将皇帝司马衍，和王导，陆哔等人带入石头城。路上王导和陆哔等臣僚，不断哭泣，哭喊道：“晋室无望，晋室无力！”
苏峻喊道：“不必再哭，我非曹孟德！岂会加害天子！”
一日后众人来到石头城，苏峻先入城，开城将皇帝众臣迎入。
苏峻将城中官府撤走，改为皇宫，其余各臣皆有安置。春三月，江面平静，太后庾文君被饿死于建康，司马兴男艰难逃出。
庾亮来到武昌，城上守将毛硕真问道：“何人？”
庾亮喊：“庾亮也！”
周围民众纷纷观望，窃窃私语说：“这就那个祸国殃民之人？样貌如此阳刚，不想心中如此险恶！”
几个民女看到庾亮后缓缓不肯离去，皆言：“不愧建康美男也。”
毛硕真允许，庾亮进城内，庾亮入府，见到温峤。
温峤披头散发，手里拿了本《春秋》疯言疯语道：“利于国者爱之，害于国者恶之！乐亡而礼从之，礼亡而政从之，政亡而国从之！”
庾亮将温峤扶起，温峤看到庾亮一拳打向庾亮。庾亮没有闪躲被温峤击倒。
温峤说道：“庾公自比萧何，何事前来相求？”
庾亮起来道：“温侯怎会如此这般？”
温峤说：“拜你庾公所赐！”
庾亮说：“苏峻挟持天子，还请温侯不计前嫌，与我共破贼虏！”
温峤说：“此前你阻我于寻阳，现又有求于我？”
庾亮说道：“并非你带兵前来相助，乃庾冰擅自作主，与我无关！”
温峤听后喊道：“庾冰之意，不是你庾亮所授吗？”
庾亮说：“我并不知此事，我以雷池为誓！！”
温峤看着庾亮说：“此事便不追究，此时我手中之兵只有一万五！当与陶侃和郗鉴共击贼虏！”
庾亮说道：“温侯所言极是。”
温峤和庾亮前往江陵，前去面见陶侃。
陶侃在江陵，日夜买醉，得知天子被擒，也无动于衷。
二人来到江陵，见到陶侃。
陶侃得知温峤前来，欣然欢迎，又看到了庾亮，陶侃说：“敢问萧何何事访我啊？”
庾亮正要辩解，陶侃说：“朝中之事，皆托付萧大人也，我一愚夫，岂敢窃知一二？”
温峤劝道：“此非庾亮所为，乃庾冰擅自作主，还请陶使君多多宽容。”
陶侃说：“既如此，那老夫便等到庾冰亲自前来致歉，庾冰致歉之后，再议后事！”
温峤对庾亮说：“你作茧自缚！当下如何？”
庾亮直接朝陶侃跪下，陶侃身周之人无不震惊。
庾亮双眼失神说：“我庾亮用人无方，听信奸佞之言，致使兵败，今日之难，皆我庾亮一人所为耳！天子被擒，我本应当赴死，却每每梦中先帝嘱托，辅协幼子，复我炎晋。我受晋室厚恩，岂能苟且偷生！怎奈兵败如此，不得已而求也！”
陶侃走下来将庾亮扶起，说：“你庾亮知错能改，善莫大焉！！”
说完陶侃将温峤，庾亮二人请入府中。陶侃开口道：“欲救天子，现苏峻兵马几何？”
庾亮说：“三万之士！”
陶侃惊讶道：“朝中九万之士败于三万之卒？”
庾亮说：“指挥不利，连战连败，士卒溃逃。”
陶侃又说：“我有三万五千之士，加之温侯，共计五万。”
温峤说道：“还有郗鉴，刘建，公孙成，朱绰等入孤悬于外。可以为援！”
陶侃说道：“可我荆州兵马，要留此三万！”
温峤说：“为何？”
陶侃：“湘州王彬，宁州王陵，不得不防！”
温峤说：“此二人距离之远，我等若前去劝说，天子何日可救？”
陶侃说：“若我带军而走，此二人乘袭荆州如何是好？”
无论温峤怎么劝说陶侃，陶侃依旧不为所动。
陶侃安排二人入席，三人吃饭，每人一盘薤菜，庾亮吃的时候将尾部留下，只吃绿叶。
陶侃问道：“庾公何故如此？”
庾亮说：“薤菜之根，留下还可复种！”
陶侃说：“难怪有汉萧何之称谓也！”
温峤再劝陶侃，陶侃说：“不必再劝，我意已决！”
温峤和庾亮无奈，陶侃命手下邓骞和高宝带军五千，随温峤出发。
于是庾亮温峤二人回到江州，
这时建康消息传来，苏峻将皇帝迁入石头城，皇太后庾文君、羊曼、周导、陶瞻等纷纷被害！
庾亮得知痛哭流涕，温峤好言劝慰，二人决定不等陶侃，即刻带军救援天子。
温峤说：“最后一试吧！看看陶侃能不能倾其兵力！”
温峤写信送往江陵，陶侃收到温峤信件，温峤写到：“苏峻辱后，挟持天子，今正需要及时救难之人，得以匡扶，使君犹豫不断，岂能如此？陶瞻被苏峻所杀，使君即使不救天子，难道不想为子报仇雪恨呼？”
陶侃看到温峤信后，震惊不已，命手下打探消息，得知陶瞻被苏峻斩于城外。
陶侃对关陂说道：“即刻发兵，讨逆苏峻！！我要亲刃苏峻报失子之仇也！”
陶侃命人给温峤回信，写道：“我愿弃荆州之地，随尔等与苏峻相战！”
三人聚兵五万士卒，欲讨伐苏峻。
而此时刘建带军一万，攻芜湖祖涣，刘建新军未经战阵，与祖涣相战，两军交战，刘建大败，率残军五千士卒逃于宣城郡。