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朱由检提出设立军机处，这原本是对内阁制度的一大挑战，不想却被东林党人痛快地接受了，其他阁臣自然更不会反对。 这其中的玄机在于，东林党人认为他们目前最大的政敌是温体仁和周延儒，而他们这一派是不懂军事的。皇帝既然已经声明，只有知兵者才能进军机处，那显然温、周及其党羽都无法入选。
相反，东林党人虽然懂军事的也不多，但多少比温周党要强一些，最起码兵部尚王洽是铁定要进军机处的。如此一来，便可巧妙地排挤温体仁和周延儒，让他们逐渐边缘化。
正因为抱着这种目的，所以东林党人对朱由检提出的军机处的种种权力，基本上也没有反对。这些权力主要包括：
一，建立值班制度，处理一切紧急军情；
二，下达军事部署，皇帝批准后生效；
三，凡是涉及到军事层面的事务，为皇帝和内阁提供参赞。
但是东林党人也不是对皇帝一味妥协，钱龙锡等人提出，军机处职责重大，其人选必须与阁臣一样实行廷推，而且必须由阁臣领衔。他们的如意算盘是，只要举行廷推，皇帝就不能任意提拔自己中意的官员，东林党完全可以凭借人数上的优势，把军机处牢牢控制在自己手中，并把温周一党以不知兵的理由排除在外。
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对此朱由检欣然同意。温体仁和周延儒一向善于揣摩圣意，过去朱由检想进行某项改革时，也常提前给他们暗中吹点风。可是此次他们一点思想准备也没有，也摸不清朱由检葫芦里卖的什么药。二人偷着对视一眼，又想着自己之所以能上位，全靠顺着皇帝的心意议政。这个军机处看起来对自己不利，但既是皇帝提出，必有深意，如果贸然反对，以后必将失**。因此权衡之下，也只好表示同意。
见大局已定，朱由检心满意足地又打了个呵欠，众臣便知趣地告退了。等众人全退出养心殿，朱由检的脸上才露出胜利的微笑，暗忖自己“温水煮青蛙”的把戏再一次获得成功。
其实这个军机处，当然是效仿清朝的军机处而来，朱由检连名字也懒得换了。东林党人也确实猜对了一部分，朱由检确有用军机处与内阁分权的想法。
因为现在的内阁权力实在太大，几乎所有朝政，均需内阁做出票拟。虽然朱由检费尽心机，在内阁中安插了温体仁、周延儒等人，但东林党还是占上风，内阁常常不能做出符合自己心意的票拟。虽然最终的批红权在皇帝手上，朱由检也不可能每个票拟都打回去让内阁重写。
而且内阁中斗争激烈，即使东林党内部，也常因意见不一而发生争吵，办事效率可想而知
。其他事务犹可，涉及军事可是半点也耽误不得的，因此朱由检过去经常不得不绕过内阁，直接下达特旨。这样做表面上看起来效率是高了，但官员集团对此意见非常大，抵触情绪也非常严重。幸亏几次军事行动都成功了，一旦有一次不成功，恐怕他们就要借机群起而攻之，朱由检的权威就会发生动摇。
现在朱由检设立军机处，把军事问题单从内阁里拿出来，尤其是规定军机处有权下达军事部署，这就等于是票拟了，无疑是减少了内阁和官员集团对自己的阻力。
但是朱由检的军机处与清朝的军机处还是有重大区别的。清朝的军机处其实就是让皇帝大权独揽的一个工具，军机处大臣看似位高权重，实则只是承旨下达。后来也不光是处置军情了，几乎所有朝政军机处都要管，等于是把内阁给架空了。
而且经军机处下达的旨意，和经内阁下达的“廷寄”还有一个显著的区别，那就是廷寄是晓谕天下的，而军机处的旨意叫“上谕”，只发给领旨的人，其他人无从知晓。这固然让皇帝的权力达到了无以复加的地步，但这种秘密政治实则对国家非常有害。因为整个社会都变得没有规则、没有法律可循，什么事都是皇帝一个人说了算，每个人都是奉旨办事；而皇帝的精力是有限的，不可能面面俱到，长此以往，国家必然陷入僵化和腐朽。
所以朱由检并不想架空内阁，只想把军权从内阁中分离出来。他真正想效仿的是现代的“中央军委”，或是“参谋长联席会议”，即只有军事指挥权，而不干涉其他事务。甚至像征兵、编制、装备、训练、军事科研、军人薪资待遇等“普通”军事事务，也仍归兵部管。说白了一句话，军机处只管打仗。
至于军机处的人选问题，东林党有东林党的打算，朱由检也有朱由检的高招，否则他也不会轻易提出这个构想，反被东林党利用。明朝的规矩是以文制武，这一点朱由检并不反对。但具体的军事作战，必须由武将去完成。明朝在这方面做得太过，连领兵打仗也必须由文官担任统帅，而文官又不知兵，必然导致军事失败，辽东如今的局面便是文官统帅造成的恶果。
现在朱由检虽然掌握了一部分军权，但还是不能完全放开手脚，任用有才能的武将。比如从辽东撤兵至山海关，名义上算是孙承宗指挥的，孙承宗为此还背了黑锅；平定西南叛乱，名义上算是成基命指挥；京师保卫战，名义上是内阁指挥，实际上是朱由检直接指挥，廷臣对此意见很大；此次平叛之战，则是卢象升和孙传庭两名文官指挥，幸好这两人军事才能都还不错。
所以军机处大臣的人选，朱由检其实心中已经有数。兵部尚王洽、兵部侍郎杨嗣昌是必不可少的，这两人都是阁臣，王洽还是东林党人，也算是给了东林党一个面子。
接下来还要有户部尚毕自严和工部尚徐光启。户部自不必说，兵马未动粮草先行，没有户部配合，任何军事行动都无法开展；工部也是一样，朱由检新设立的工厂，大部分归到工部，也基本都是军事用途。而且这两人都是中间派，也不会让军机处成了东林党的天下。
但是还有一个人，东林党绝不会想到，那就是卢象升。朱由检打算在廷推之时，让温体仁和周延儒力推卢象升。卢象升现在是直接掌兵的，只要他能入军机处，那就开了军事直接指挥者进入最高权力机构的先河，为下一步真正的武将进入军机处做了铺垫。
不过卢象升现在肩负驰援南京的重任，暂时还无法回京师。朱由检的思绪不禁飘到了千里之外的长江北岸，在那里，他的将士们能不能粉碎叛军的计划，将流贼一举歼灭呢？