原本支持三好家的二条晴良在得知三好三人众迅速从京都撤离后当场就傻眼了，他完全没有想到三好三人众竟然会连撤出京都的消息都不提前告知自己，甚至也没将织田·上杉联军击败六角家的消息通知他。
可还没等二条晴良带着四个儿子以及家卷逃离京都之时，织田·上杉联军就已经抵达了山城清水寺一带，并将京都周边的道路尽数封锁起来，使得二条一族根本无法离开京都。
而这时的朝廷，见三好军撤离京都后，当即对二条晴良、九条稙通（女婿十河一存，九条兼孝养父，）、高仓永家（高仓永相之父，女婿九条兼孝）、高仓永相等三好派公卿进行清算，在正亲町天皇的许可下，将他们的官位尽数褫夺。
而织田信长在率军进入京都后，并没有立即对亲三好派的公卿进行惩处，反而是先命令家臣管屋长赖与细川藤孝、一色藤长、三渊藤英、明智光秀等足利义昭麾下奉公众一同负责制定洛中法制，并派兵护卫皇室御所以及维护京都周边的治安。
可就在这时，身在大和的松永久秀倒是非常识相，把自己的儿子松永久通送往织田信长身边当人质，甚至还将自己珍藏的着名茶器‘天下一振吉光’、‘九十九发茄子’献给了织田信长，希望织田信长能从中斡旋，赦免三好义继、松永久通二人参与永禄大逆一事。
织田信长在得到‘天下一振吉光’、‘九十九发茄子’两样茶器后，感到非常高兴，顺势就将此事答应了下来。毕竟在他看来，松永久秀还有很大的利用价值，若是织田家获得了松永家的支持，那么必然可以迅速在京畿诸国之中站稳脚跟。说不准，织田家之后还能以松永久秀为先导役，向大和、河内、和泉、摄津、澹路等三好家控制下的领国发起侵攻。
得知松永久通已经身在织田军阵中的足利义昭则是对此感到非常不满，因为三好义继和松永久通二人可是与三好三人众一同发起永禄大逆的人，而且松永久秀作为三好家重臣、足利将军家幕臣不可能不知道此事，他对织田信长的好感度瞬间下降了不少。
不过，足利义昭并没有对未来感到太多的绝望，因为他还有上杉家的支持。负责护卫自己安全的就是上杉家重臣色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等人，这些人中不少是上杉家的谱代家臣出身，自己还能通过他们与上杉谦信、八条景定取得联系，若是织田信长将来对自己不利的话，还能借助上杉家的力量将织田信长讨伐。
尽管织田军在织田信长的命令下，在京都周边竖起大量‘严禁滥妨狼藉’的木牌后，还是出现了扰民的现象。
隶属上杉军的大井满实、大井行吉等大井一族武将所率的信浓众可是从未见识过京都的样子，更是极少离开出过信浓。他们在率军进入京都后不久，就刚好闯入最外围九条大路附近九条稙通府中，将九条稙通府中值钱的全都打包带走，九条稙通、九条兼孝二人只好眼睁睁看着上杉军将家中洗劫后扬长而去，完全是敢怒不敢言。
就在大井满实、大井行吉等人离开九条稙通府邸后不久，就迎面遇上了部分维持治安的织田军。而率领这支织田军的就是厌恶上杉家的明智光秀，他先前就协助今川氏真抵御过上杉军的侵攻，他深知上杉家协助足利义昭上洛动机不纯，并非是出于忠义之心，反而是想将版图延伸至京畿诸国罢了。
明智光秀可不会对此坐视不管，只要朝廷、足利义昭没有明确表示要进一步惩处亲三好派的公卿，那么上杉军就不能擅自滥妨狼藉。于是，他就勒令大井满实、大井行吉等人将抢掠来的财物归还原主。
这下大井满实、大井行吉等人就不乐意了，他们好不容易随色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等上杉家重臣一同率军出阵来到京都，总得带上些什么回信浓，不然的话岂不是白来了？
由于大井满实、大井行吉等人的拒绝，很快两军就发生了冲突。若不是斋藤朝信、直江景纲等人在听闻后及时率军前来弹压制止，说不准冲突还会进一步扩大。弄不好织田·上杉联军还会不欢而散。
但此事毕竟非同小可，加上三好军仍然在东山城的胜龙寺城一带盘踞，对京都虎视眈眈，织田信长也不敢轻易下达裁决，毕竟眼下上杉家还是织田家的有力援军之一，至少比不给自己面子的浅井长政要强很多。
在织田信长上报至足利义昭后，经足利义昭与色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等上杉家重臣沟通后，就令大井满实、大井行吉等大井一族武将率部离开京都周边，负责驻守山城、近江境目地带的山口城，提防六角义贤、六角义治父子以及神保茂定、保田知宗等原金吾畠山家重臣的袭扰。
值得织田·上杉联军庆幸的是，这时的三好家根本没有余力来反攻京都，反而还要应付赤井家、松永家、上杉家的多路攻势。就连其内部也不是铁板一块，尽管三好长治已经成为三好家实际上的一门总领、家督，但三好长治在稳住讃岐、阿波、澹路等国局势后已经错失了支援畠山政尚的最佳时机，导致河内畠山家被上杉家攻灭，纪尹一国也随之被上杉家兼并。
作为阿波三好家重臣出身的筱原长房如今却并没有什么大局观，就算在得知织田·上杉联军大举攻入近江之时，还在与镇守在河内高屋城的三好康长（三好笑岩，三好长庆之叔，三好长逸之兄）于河内、和泉等地争夺领地，双方一度发起冲突。最后还是在足利义荣、细川真之等人的斡旋调停之下才达成短暂和睦。
虽然三好康长暂时接受了足利义荣、细川真之等人的调停，但还是与三好长治、筱原长房等人结下了梁子。随后，三好康长就暗中与上杉家坐镇纪尹的畠山常重取得联系，准备叛离三好家。
上杉谦信在与绫姬互换身份后坐镇江户城，以防有图谋不轨之人趁机举兵。而八条景定则是与上杉氏虎、绫姬节制东国诸将，在织田信长还在近江左和山城一带休整之际，就率十六万六千余军势以及阵夫、水手十万人经海路在纪尹登陆。
为了显得上杉家此次出兵更加名正言顺，景定还特意带上了前关白近卫前久、关东公方足利赖纯二人。