在朱由崧升朝的第二天，朝野下都钱谦益、黄宗羲、候恂等人群起而攻之，就连有一些东林党的成员为加入了攻击他们的阵营中，弹亥的奏章也如雪片一样飞向朝中来，仅仅只一天的时间，弹亥的奏章就达到二百多份，昔日的正人君子，道德楷模，在一夜之间就变成了王莽、曹操之流的叛逆谋位之臣。而就在当天，钱谦益、黄宗羲、候恂等十七人因为承受不住这舆论巨大的压力，终于集体辞职。
好在朱由崧只是批准了他们的辞职，到也没有对他们进行什么追究。然后立刻下旨，将史可法和吴甡官复原职，仍出任首辅和次辅。而东林分裂之后的南京的政治争斗又一次发生了戏剧性的变化。
因为史可法现在就住在南京，因此当天就被招入宫中复职，全权负责南京的防务，而史可法一任，并且代表内阁提议，调商毅率军进南京驻守，也立刻得到了朱由崧的批准，并且决定以高弘图和司礼监掌印太监王德化为使，到杭州去调商毅，同时也是招吴甡回南京任职。
而且史可法还怕商毅不来南京，又亲自给商毅写去了一封信，请他千万以大局为重。并又给吴甡也写了一封信，请他尽力劝说商毅出兵。
高弘图和王德化是十二月二十日从南京出发，两人也知道现在情况危急，不容耽误，因此也是一路急行，这时江南入冬以后的第一场大雪已经过去了，气温也有些回暖，虽然路还有不少化雪的积水，但也算比积雪好走，而且由其是从湖州到杭州的这段路，都是新路，宽阔而平整，也没有积水，行程也大大加快，在二十二日就到杭州，而在进城的时候，两人也受到了商毅和吴甡的热烈欢迎。
在宣读完朝廷的诏之后，商毅也立刻表示，自己和东林党人并无私仇，为国效力，义不容辞，而且在浙江地区的兵马粮草物资都己经准备好了，明天自己就会出兵，赶到南京去驻守，也请两位使者放心。
高弘图和王德化听了，也不禁大为安心，想不到商毅一口就答应了下来，而且连史可法的信都没有出示。不过这样一来，南京到是还有守住的希望。
原来就在高弘图和王德化到达杭州的前一天，玄皇教的密使明石姬己经赶到杭州，面见商毅陈述利害，并且表示，现在东林党己经不是障碍了，而且玄皇教可以控制南京的局面，因此只要商毅愿意率军入南京驻守，玄皇教愿意尽一切力量配合商毅，守卫南京，抵抗清军。
其实在南京发生的事情，商毅也早就知道了，也觉得在金殿发生的事情十分好笑，想不到朱由崧居然能够想出这么一招，在金殿让东林党吃这样一个闷亏，当然这一切都玄皇教在背后指使策化的，到是真不容易。不过皇帝当到这一步，也确实够可以了。商毅并没有怀疑明石姬的话，因为凭朱由崧的智商，肯定想不出这种损招，看来玄皇教确实己经牢牢的把朱由崧抓在手里了，在剪除了东林党之后，也的确可以控制整个南京的局面。
虽然商毅己经做好了南京沦陷，以浙江的力量来抵抗清军的打算，但那些都是建立在东林党死都不肯调自己去驻守南京的最坏打算，从商毅心里来说，还是十分希望能够守住南京的，因为南京不失，清军就不可能绕过南京来进攻浙江地区，这样一来，浙江地区不用直接去面对清军的兵锋了，也可以大大减轻战争给浙江地区带来的破坏和影响。对浙江地区还是大有益处的。而且还可以加强自己抵抗清军的纵深空间，和回旋余地。
另外同时南京是整个南方的政治经济中心，又是现在南明的首都，因此无论是在战略意义还是在政治意义，守住南京，整个南方的抗淸局面，都是十分重要的。因此商毅在和明石姬商谈过之后，也决定立刻出兵，尽全力守住南京。
不过虽然决定出兵，但商毅也知道，想守住南京可并不容易。现在南京面临的局面确实十分危急，因为清军从长江两岸齐头并进，沿江的战略要占几乎全都失守，南京城也直接暴露在清军的兵锋面前。
虽然南京城的城防设施十分坚固，但需要防守的面积太大太广，至少也需要五到六个师才能完全守住，而现在的商家军，也不可能把这么多的兵力都集中在南京城里驻守。因此商毅也迅速作出计划，只以少量兵力驻守在南京城里，守住几个关建的要点，在清军进攻时，可以适当弃守几处城门，把淸军放进城里来，并且利用城市內的街道要点地区和自已对南京环境的熟悉，和淸军打巷战。
反正只要是不退出南京城，就表示南京并没有完全失守，在政治和战略层面，都能说得过去。同时还能拖住清军的大量兵力，保证浙江地区的安全。而且商家军的战术特点和武器，也比清军适合打巷战，因此在内线利用城市战牵制清军，同时商家军的主力人马在南京外围游动，寻找战机尽力歼灭清军的有生力量，把南京保卫战打成一场提前三百年进行的列宁格勒保卫战。
这也就是商毅在目前的条件下，所釆用保卫南京的最佳战术方案了。当然因为战场主要是在城市中进行，要施行这一战术，肯定会对南京的城市设施造成重大的损害，而且平民的伤亡也将可能十分巨大，但商毅也没有别的办法了，反正南京并不是自己的领地，死道不是贫道。就算是把南京打成一片废墟，但只要是能够把淸军挡住，保护住浙江地区，那也是值得的。
对于商毅提出的守卫南京的这个计划，明石姬也并没有表示异议，南京现在的局势,她自然是一清二楚，因此守住南京的希望，与其说是凭借商家军超强的战斗力，还不如说是依靠商毅去过百战百胜的威名。
只是打仗并不是纸谈兵，而是靠实力，以弱胜强的奇迹，并不是那么好演的，说得难听一点，现在的南京是天时、地利、人和一样都不占，凭什么去拒敌清军呢？就连玄皇教本身，也都是做好了一颗红心，两手准备，随时都打算撤出南京逃走。
不过玄皇教也清楚南京的重要性，因此不到万不得己的时候，也不愿轻易就放弃南京。而明石姬这次到杭州来，也是想看一看，商毅能不能拿出真正的办法来，守住南京。如果商毅也拿不出一个真正切实可行的办法来，玄皇教可不打算傻傻的待在南京城里等死。
而在商毅提出了这样一个计划之后，才使明石姬真正感觉到，如果按商毅的这个战术进行，守住南京，确实是可行的。因此也代表玄皇教，答应全力支持商毅的这个计划，共同抵抗清军的进攻。而且也保证玄皇教中的高手人员都会听商毅的调遣。
得到了明石姬的首肯之后，商毅也觉得又多了几分把握。因为打巷战的首要条件是城市环境对自己有利，这个环境包括地理环境和民众的支持环境，而且清廷显然也在南京派驻了不少情报人员，因此这一场南京保卫战不仅有明战，而且很可能还有暗战。虽然自己在南京也有情报网络，但很显然玄皇教在这方面的优势，显然是要比自己大得多，人家毕竟是南京的地头蛇，而且己经经营了百年。有了他们的全力配合，事情当然也就好办多了。
于是商毅和明石姬又讨论了一些合作的细节，双方对城防、统一指挥，以及暗中的动作等许多方面的合作，都达成了一致的意见，然后明石姬才向商毅告辞，并连夜赶回南京去向教中禀告。
正是由于商毅现在己经对所有的事情都己经做到了心里有底，因此在今天接持朝廷的使臣时，才显得从容不迫，而且一口答应马出兵，并且也慷慨激昂的表示，自己将会尽一切努力，力保南京不失，挽救明朝的命运。
而吴甡对此则是虑喜参半，一方面在辞职仅仅只有一个多月的时间之后，又能够马能够官复原职，自然是十分高兴，而且自己的政敌也被清除干净，也不用再担心有人对付自己，至少这一回在次辅的职位，也可以坐得长久一点。
但现在的局势吴甡心里也清楚，丝毫也不比当初崇祯留守北京的时候好多少，可以说南京也是危在旦夕，随时都有可能被清军攻破，因此这个时候被复职，也未必就是一件好事。不过商毅己经表示了将会率军驻守南京，也让吴甡心里有了一点底气。虽然吴甡现在还不知道商毅守卫南京的计划，但他对商毅的军事能力，还是十分相信的。
于是接待完两位使臣之后，商毅也将他们安排到馆驿中休息，而自己立刻招集众将开始布置，明天大家一起出发,率兵去南京驻守。