原来商毅全歼了西班牙远征舰队，又攻占了台湾北部，虽然这两次战役中都没有放走一个西班牙人，但纸终究是包不住火，时间一长，马尼拉的西班牙人多少也有所查觉，至少近半年的时间过去了，无论是西班牙远征舰队，还是台湾的驻军，都没有一点音信，尽管西班牙的菲律宾总督科奎拉对远征舰队的实力充满了信心，但这时多少也都有一些不好的预感了。
而在这段时间里，还是有不少中国商船来到马尼拉经商，因此在二三月间，科奎拉也找了一些中国商人，向他们询问远征舰队和台湾的情况。
不过因为远征舰队一到中国没几天，就被商家军给灭了，并没有造成多大的影响，而攻占台湾，商毅也没有大张旗鼓，因此到马尼拉经商的中国商人有的也听说了一点，而有的则对这事一无所知，但就是知道这件事的，也只是半鳞片甲，也说不出个子午卯酉来。当然也有人好像记得，中国军队打败过西班牙军。结果科奎拉也被弄得云里雾里。
不过仅仅是这些支言片语，科奎拉怎么也不能相信，强大的西班牙远征舰队会在中国全军覆没，就算是打了败战，至少也能够保留一批人返回马尼拉来。但问题是为什么半年时间过去了，远征舰队一点消息都没有呢？至于台湾，更是一点头绪都没有了。不也科奎拉也想到，台湾现在还有荷兰人在，西荷本来就有世仇，而且双方都想独占台湾，很有可能是荷兰人进攻台湾的西班牙军，使他们发不回来消息。
因此科奎拉和部下经过了几次商议，最后决定，再派出一支舰队到中国去，打听远征舰队的消息，当然这支舰队还要先到台湾，看一看台湾情况，如果遭到荷兰人的攻击，那么就先帮助台湾的守军，击败荷兰人。这也就是第二支西班牙舰队的来由。
商毅虽然不知道这里的细节，但也能推想出六七分来，毕竟这么一支庞大的舰队一下没了，谁都会来打探一下。而且一次西班牙远征舰队进攻，就是张庚秋首先报信，因此他提供的情报，应该还是比较可靠的。
不过现在商家军的海军实力己是今非昔比了，而时间才过去半年，因此西班牙囯内是不可能发来新的舰队，而且这个时候西班牙在欧州战场基本是败局己定，也没有力量再派遣新的远征舰队来，那么这第二支西班牙舰队，应该就是以西班牙在亚州的驻军为主。这么看来，也并不足为虑。
想通了这些问题之后，商毅立刻把亚莉桑徳拉找来，询问西班牙在亚州还有多少力量，派出的第二支舰队，会是怎么样的规模。因为亚莉桑徳拉曾经是西班牙驻马尼拉的武官，深知菲律宾的西班牙军虚实。
听完了商毅的介绍之后，亚莉桑德拉认真的想了一想，才道：“现在我们在亚州的力量并不多，战舰大概只有二十五艘左右，而且基本没有大型战舰，士兵的人数也不超过五千人。因此如果没有得到新的支援，我估计这支舰队的数量绝不会超过二十五艘，而战舰的数量，不会超过二十艘。”
商毅点了点头，又道：“亚妮？如果西班牙舰队真的打过来，你参战吗？”
亚莉桑徳拉怔了一怔，一下子也不知道该怎么回答，尽管她现在己经背叛了西班牙军，但要同自己的国家为敌，这个弯还转不过来。好在商毅也能够体量她的心情，因此马又道：“算了,这一次你就留下来。”
亚莉桑徳拉感激的看着商毅，道：“亲爱的，感谢你为我着想，这一次我的军队可以留下来，但我会以个人的名议，跟你一起参战，你看这样好吗？”
两天以后，驻守台湾的沈寿崇也发回了一封急信，是荷兰驻台湾大员德老典写给商毅的信，也是告诉商毅，西班牙人组织了第二批船队来了。
原来荷兰人在马尼拉也有自己的探子，科奎拉准备派出去中国的第二支舰队的消息，很快就被荷兰人知道了。两次到宁波来购买便易生丝，荷兰人一共买走了二十三万多斤生丝，从中狠赚了一笔，虽然商毅告诉他们，便易生丝己经没有了，但荷兰人也觉得十分满足，同时还定购了大量其他的商品，可以预见，今年台湾商馆的贸易额一定会比去年有大幅的提高，因此现在商毅和荷兰人正在蜜月期，荷兰人自然不希望双方的合作受到干挠，一得知这个消息，就立刻派人通知了基隆的沈寿崇。
收到了荷兰人的消息，商毅也基本确定，第二支西班牙舰队是真的，因此也立刻开始集积的准备迎战。
当然在迎战西班牙舰队之前，首先要把自己内部的事情处理好。现在山东战区马就要进入临战况态了，也需要好好安排一下。
商毅基本同意周少桓的意见，趁着目前山东的无政府状态，先攻占莱州和青州，但也只陷于这三府的地方，在必要的时候，可以出境作战，但不能长期驻守。
现在清军的主要精力还在追击李自成，在山东投入的兵力有限，因此目前山东的兵力也，足够应付局面了。只是一但双方接手之后，说不定清军会加大对山东的投入，也必需预先作好准备，首先要优先供应给他们武器装配弹药，还有粮食。同时还有商家军和其他地方势力之间关系处理，以及以后和其他抵抗清军的武装力量的关系处理，也都要制定一个原则出来。
商毅立刻组织了一支四十艘船组成的运输船队，火炮二百门，其中重型火炮四十门，包括二门三寸六分重型青铜野战炮，中型火炮六十门，轻型火炮一百门。雷霆战车四十辆，煫发步枪三千支，线膛枪六十支，手榴弹二万枚，火箭炮发射箱五百个，孑弹三十万发，火帽二十万个。几乎把目前杭州积累的军火用去了六成以，另外还有三万石粮食。而这支运输船队由西班牙雇佃军舰队担任护航。
同时商毅也写信告诉周少桓等人，对別的地方势力，以好言答对，但绝不归附于任何一方，同时守好自己的防区，不要去理睬别人怎么闹腾，但对进犯自己地界的人，则要毫不客气的给予迎头痛击。对清军则更不留情，只要是在山东范围以内，趁着清军的大军还沒有到，狠狠打击一下清军，最好能先打几个漂亮的胜仗，扬一扬商家军的军威，同时商毅在南方，也能够在舆论占得先机。
而对其他抵抗清军的武装力量，将以团结为主，尽可能和他们处理好关系，携手合作，甚致还可以给予其一定后支援，共同抵抗清军。但合作关糸也并非全无原则，商毅经过了认真思考，制定了三条原则：
一是合作原则，即双方以平等身份，沒有下从属关系，共同合作抵抗清军。对这样武装力量，商家军主要以情报消息同享为主，也可以配合其作战，但双方各守自己的地盘，基本互不干涉，主要的战斗还是以自己为主，不可与其合作太深，并且对他们保持一定的警惕性，要预防对方突然投降清军。如果对方需要武器、物资，在一般情况下，都要支付一定的报酬。
二是依附原则，即对方依附于商家军，保持自己力量的整体性和独立性的情况下，听从商家军的命令调派，但不接受商家军的人事安排和对军队的重新整编。对这样的武装力量，在确保对方能服从命令和较好的完成作战任务的前提下，可以给予必要的物资支援和一定的武器支援，但也要对其有所预防，不能完全绝对信任。同时可以通过帮助他们训练指导等手段，拉陇分化对方的基层士兵，使其逐步完全倒向商家军的一方来。
三是完全归降，对这样的武装力量，将按目前商家军的招兵训练考核标准，重新整编训练，并且和商家军的其他士兵享有同样的待遇。
这三条原则不仅仅是适用于山东地区，同时也适用于以后其他的各支独立作战的商家军。
山东战区的安排处理完之后，商毅也着手布置迎战西班牙舰队的事务。这一次商毅也不打算仍然守在浙江，等着别人打来，而是主动出击，以基隆为基地，在台湾附近的海面，给西班牙舰队一个迎头痛击，御敌于国门之外。因为这一次西班牙军的实力并不强，而商家军的海军也有足够的力量，只是缺少实战经验，正好可以拿西班牙军来练练手。
当然商毅也不是对方出动二十艘船进攻，自己就派出三十条船迎战的人，而是要充份发挥商家军船多的优势，以压倒性的力量，一举击溃西班牙军队，同时也震慑一下荷兰人。
因此商毅和亚莉桑徳拉经过一番研究之后，也做出决定，将出动第一、第二、第三、第四这么四艘分舰队出战，而又以一、二、三分舰队为主战舰队，第四分舰队为预备队，第五分舰队将保卫运输船队，保证整个作战队伍的后勤物资供应。同时还出动五艘飞剪船，做为侦察船用。
就在六月三日，商毅和亚莉桑德拉蹬“银河”号，带领着商家军的舰队，扬帆出发了，驶向台湾，迎来了商家军海军的第一战。