商毅的一行人马出京经过了十几天的行走之后, 终于在五月上旬结尾时, 回到了穆陵关。
在经过临朐县的时候，商毅发现，过去的村庄屯镇大多又都恢复了起来，士兵的家属们都在这里定居下来，纷纷搭房盖屋，重建家园，沿路都可以见到以经修建好,或是正在修建的房屋。而大部分田地里也都种上了庄稼，虽然现在只是露出了一点秧苗，但却给人以无限希望的感觉。而且在田地间，还有无数农民正在辛勤的耕种，整个地区都显出一片生机勃勃的景像。
看到这样的场面,商毅也不得不感叹，中国农民的自我恢复能力确实是太强了, 或许这就是中华民族五千年来一直生生不息的主要原因。
就在商毅的大队人马经过的时候，田间的农夫，路上的行人见了，都纷纷在路边下拜，甚致在有的村庄路口，男女老携都一起出迎，在道口焚香顶礼，有人还牵猪担酒，向商毅表示自己的感激之情。因为谁都知道，是商毅带给自己现在的生活。
虽然大队人马从村庄田野间经过，但对村民们秋毫无犯，晚间也都是在野外扎营休息，包括商毅、叶瑶瑱、陈圆圆在内，全都住在营帐中，对百姓们没有丝毫的搔扰。而且面对百姓们的欢迎，商毅都用好言安抚，送来东西也是尽量拒绝，品果实在拒绝不了的，而按行市给予银钱补偿，也迎得了百姓们的由衷赞誉，还有不少人都当场落泪，这还是他们以前见过的官军吗。
这时消息早己送到了穆陵关里，留守关城的周世奇和唐镇也带领关里的大小各级将领到城外欢迎商毅一行人的归来。不过在欢迎的人群中没有周少卿, 商毅一问才知道, 原来朝廷以经下来了圣旨,周少卿被升任青州府通判，因为青州知府孟宏恭以经升任山东布政司，马上要到登州上任，而新任知府还没有到，因此一些公事都要移交给下属的各属官，周少卿也赶去了青州接手公事。
他们两人能够得以晋升，当然也都是沾了商毅的光，周少卿过去只县主簿，才是正九品，而一下子就升到了正六品府通判，晋升之快，虽然赶不上商毅，但也是少有的了，而周世奇自然知道，这一切都是商毅的功劳，对商毅也十分感激。
而在欢迎的人群中还多了几个生面孔，都是临朐、沂水两个县剩余的官员，有沂水县的典史张光远、巡检王仲平；临胊县主簿纪守成、教谕陈义文、师爷张文祥等人。清军攻破这两个县之后，知县和县丞都身亡，只剩下了这几名官吏，现在临朐、沂水两个县都该商毅管，因此这几个人也都到穆陵关来报到。
得知商毅以经晋升为山东都司指挥同知, 登州分守参将，还获得了一个临邑伯的爵位，而且连叶瑶瑱也被皓封二品夫人，关城里更是一片欢腾。其实大多数人都还不知道商毅究竟是多大的官，但周世奇和唐镇都是经历过官场的人，他们自然知道，现在的商毅以经是举足轻重的人物了。既然是在当初组建民团的时侯，两人都看好商毅，认为非池中之物，但商毅竟然晋升的如此之快，也是让他们始料未及的。不过商毅升官，自然也连带着他们都水涨船高，因此也都十分高兴。
众人相见互相问候了一番，这才把商毅的人马迎进了城中，商毅命人将从北京带回来的火炮、火枪、火药配料还有剩余的银两全都入库，然后在周世奇、唐镇等几个核心人员的配同下，回到过去的千总衙门里落座，现在这里仍然是商毅的府邸。然后商毅才把这次北京的详细经过，向众人讲说了一遍。众人也沒有想到，这次的经历竟然会这样曲折，商毅居然还被人陷害下狱，而且竟然还有人胆敢入宫行刺皇帝，因此也听得惊心动迫，长嘘短叹。
不过对于商毅入狱这件事情，一来他们都不在当场，只是听说，而且商毅毕竟也是平安回来了，二来朝廷和皇帝的权威在众人心中还是有很大的震慑力，因此众人也都不敢对朝廷说什么不满的说辞。商毅也清楚这一点，也没有刻意借此鼓动他们，反正大明也只剩下不到一年的寿命了。等大明一完，这伙人就只能死心蹋地的跟着自己走了。
随后商毅又向众人介绍了陈圆圆，因为她当初在小山村里也小住过一段时间，因此周世奇和唐镇这些最老资格的人都还记得她。商毅自然不能说是带她私奔的，只说是田国丈把她送给自己。权贵之间互相赠送歌姬，甚致是姬妾，在这时是十分常见的事情，谁也没有感到有什么惊奇的，而且以商毅现在的身份地位，纳几名姬妾是在正常也不过的事情了。于是众人也纷纷向商毅道贺。而陈圆圆本是出身风尘，很善于待人处事，应付起来八面玲珑，十分得体，加上她又长得倾国倾城之姿，也很受欢迎。
接下来自然就是庆贺，整个关城里也连续庆贺了三天。
而庆贺完了之后，就开始办正事。商毅也向众人宣布，朝廷以经下令，要调穆陵军南下湖广平乱，商毅打算在七月出兵。对此众人都没有异议，对于周世奇、唐镇等人来说，这是朝廷的命令，服从是天经地义的事情。而其他年轻诸将则都因为在连续获胜之后，对自己的战斗力非常自信，连清军都能杀得大败，何况是区区流寇，因此这次出兵反到是一次建功立业的好机会。
随后商毅又作出了一糸列的人事安排，首先要上表朝廷，推举唐镇为山东都司指挥佥事，周世奇为经历司经历。指挥佥事和经历都是都指挥使司的从属官职，一个正四品、一个正六品。同时又推举周少桓为奇山所千户、成进为金山左所千户、王信力百尺崖后所千户、罗远斌为海阳所千户，杨武丞和周琦为千总。
现在山东都司还沒有都指挥使，指挥同知也只有商毅一个人，山东地区的所有卫所实除都是商毅一个人说了算，而且朝廷正要用他，因此推举几个所千户，千总，朝廷还是会给这个面子的。不过就算朝廷批了下来，众将也不可能马上就去上任，因为马上就要出兵了。只不过是让每个人都有一个正式的官职而己。实际上商毅的人马和驻地依然是穆陵关和南北的两个县。
而接下来才是重点，商毅要正式成立自己的幕僚机构。
明朝的官员，由其是地方官员，一般都会有自已的幕僚机构，这里面什么人都有，一些都有功名但沒有官职，或是闲散小官不得施展的文士，往往都把给重臣当幕僚做为自己的进身抬阶，一般都是帮东主做一些文字性的工作，有时也会派一些重要的活给他们干，而在东主遇到难事的时候，也会招集幕僚们来商议对策。其中到也确实有一些人有真材实料，当然也不乏一点本事没有，只能干一些帮闲打杂事情的人，也扎在里面混吃混喝。
不过商毅需要的并不是这种幕僚，而是借成立幕僚机构，来组建一个完善行政管理班子。其实在商毅进京之前，穆陵关里就以经建立了一个基本的行政机构，但现在商毅手底下管着近十万军民，先前建立的行政机构显然以经管不过来了，同时在未来还要建立新的根据地，摊子一定会比现在大得多，因此未雨绸缪，进一步完善行政管理机构，还是非常有必要的。
按商毅的计划，手下的行政班子将分为民政部和统战部二个大部门，分别管理民政和军政。民政部下面又分为六个分司：行政司，总管目前两县一城的所有民事事务；仲栽司，管理民事纠纷事务，维护地方治安；农田司，负责农业耕作，畜牧、农田水利建设、粮食收存事务；教育司，主管教育事务；财政司，主管财务；工建司，负责民用各项建筑、施工工程。这些部门有三个是原来就有了的：民政司，教育司，财政司。另外三个新增设的：仲栽司，农田司，工建司。
另外还设立审计司，负责财务审计监督；文书司，负责处理有关的公文来往，人事档案资料等事务。这两个司将受商毅直接领导。
而统战部以下分为四个部门，参议司，负责组织安排，监督检查士兵的训练，制定作战计划，核算战争成本；军情司，负责收集各种情报信息；军器司，负责各种军事器械制造；后勤司，负责军队的后勤物资供应安排。
这样一来，管理机构更加完善，部门分得更为细化，同时互相分工也更为目确，行政管理的效率也会大大提高。虽然还有一些不足之处，但在现阶段是完全足够的。
而各司主事者的人选安排，过去有的，还是基本保留原来的人选，只是做出一个改变，就是过去主管财务的是叶瑶瑱，管审计的是孙和京，现在将两人互调过来。而其他新增设的各司主事，经过商毅和叶瑶瑱、周世奇、唐镇等人的仔细商议，也都一一做了决定。
最终民政部六司主事的人选为：民政司主事为周世奇；财政司为孙和京；教育司主事陈义文，他原是临朐县的教愉，出任教育司主事到正合适；仲栽司主事为王仲平，过去是沂水司的巡检，和商毅有过几面之识；农田司主事孙成，他过去是沂水县的县丞，也和商毅等人都相识；工建司主事鲁石，他是从过去军器工坊中分离出来。